Full length cDNA clones from 5'- and 3'RACE over Fab7

>Fab8-RA / pri-mir-iab8 SF4
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>Fab8-RB SF4
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>Fab8-RC SF4
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>Fab7-RA SF4
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>Fab7-RB SF4
ttacttttctgtgatacctaaatcatcaaaaccatggtattttatgcttagtcggggtgtttcttaatttattaatttggtgcagagataaacactttattcaacacaaactgtagttaagctgtgattaaagtaacattacatcaatttttttttgcaaagacataaattaggttaaattaataattaataaatacaaatcagcatttgtttatctgaaattttaatacgctccttaatttttatgggttcaaaatcggttcataccctaaaaggcaaactggtttcgttttagccctgcgaagatatgcaaaagttttggtatccagtgattccacaacttggtaacagcaataaagcataggtccagaagcagaggcaaattaagtaggtgcaaaaggcgatgaataaacaggggacagtaaaatcttaagaccgaaatcaatctgtaaattggcgcaaataactcgggcagagacataaatcaaggggcattatggcaacgaacgccggagatgaagccacttgacgggattcccggattgacggcagaatcgagggatcttgggaggacgacgacgaggacgagcaacggacgtcataatcgtttcagtgacaaagcataaaatttgagttttacgatttaactgggccataaagcaaccaattagtgtcagtggcaaagacacggctcgccgaaggggcggtggaatcgttttggggggcgtggcagtgcgtgtggattgaatacttgcctacggttatgagtgtgaaatgcgtttaattgctttatgataattctgacagctcattaaaagaaaagtccacaaagcttctggggctttaccgttcaccggcttctgtatttccttagtcaccaatggctatgggcttacattgcgttttccgttcaagtgactttttaaggagctgcctaaaatacgacttcccactgcccgaaaagctggaatctcaatcttaaccgggcccacggtagggagtcataaaaatgacgacaatttcgttttattttttatgacaaagcgtcgcctgcggtcccaaatcctccacttcccctcctcgccaggtgtgtagtcctccgattcgcatgtgtgtgttggctggttgtgcaggtgaataatttttattgccgtaaatcactgtgtcaattgtggttgtaatggccgcccaatggatgtacacgaaaatgaagacatcgaggaggatttatggcctaaagggaaacggagagagatactgcattaaaataatgtggatttcataagttattatcaaaggtgtacttaatcagttgactatgtatcagaaaatgtgttatacgttttgcatgtttataagcaagtatatatatatttaagcagctctgctggtttacatgccatggaccttatttgactattagattcaacaaatcaccctctttacatagagtagagaatgagcaagcctatcagtaaattttatgtttaaattaataattataaatattctgactgcgctcagttgcaatcggaaccaattaatttcgtattggagtcggaaccaggccggaataaatttcttatctcaattaagagcactctatggccaatgcatttgtgcctagtagttatggagccaatttccaatggcccggtcaaattgcttgccaattatgatttatggcccctgattgttcaggccgaatcaaacgcggcctgcccaatcgattgcccgttggccgggccaagatgcagctgccaagttccagcgagcagaaataatgtttatttgaaagccaatctccattcgaagtgcgcggtaccggcttttaactccctgaagtagtctgcgatcgggtataaaatagtctcgctccttgaataaataaaatggccagcaggcaggaaatttgaaaacaaacaagagaccacaagcatggagtacgccccaaggtgagtgagtaaacaaaaatgaagaatgttcgctgattgacattatccggtgagcatgcaatgtcgggaatggtaattgtgaattggtaatcggcggagggaaaaaggaatgggaatgggtatgtggatgcatttccatacaagacccaggcccaatcccatttagcatttccgctgcggccatatttcaatcgacctgtcttggagctgctgcgccgagaatatctgattaacatggacatcccgcggcgaaagatactgggtttattaagtcataaattaagcaaaaatgcttctgtagtttttttttttgatggattgctcctgctgtcgttcttgagctatggctaaaataaactaaactattcgtgctgccccagcagttttccattccgattccgtctaaaatgacagcagaagagaaaaaattatttaatttacctaaaagctttggcagctgctttcgtttccccatttcttcccgttttttggttttttttcggtgcattccttggtcggttcttttttgacaaaatgaaatatttaaacgacgaggaaaaaaaaacaaaaaagtcgaggctaggagacttcaaatacttgccgctgccagtgtgcgtgtgtatctgtatccgtgcctgcgtgagtatctcacaaatgtttaaaagcgcttcagctttagttttcgtttctggttctggcattctgcctgcagctctttgttgtttgcccctctattttttattctttgatttccttgagttcttccactttcaatgcctctccttcgaagcaagggaaattacactttgaaaagtaaaaagtaaaaaagttgaaaataaatatccctttatggtaatagccatatcgcagaagagtctccaatttacataaattagtgcgtaaaataaataaatctggaagctgttatattcatggatcataatgattttagtttaaaagattttcttcccgtgtagatatcatcatcattgttcgaccattgcgatttctttttgtttttcttattttccttttaccatttcttggcagcccctccttaccacctcagatacaccttcggttccattctcaactcgtattcgtactcgctcccatcgctttttcgtttcgcatcataattttccgttcagcgacaacaaaagggaaacgacattgaaaatcacgttcgtcggaagtggagaaaggagctgcgaattccttgggatgggcttgagtcgcatacctcctctctcttggccaactcaaccggccggaacgcccacatagttcgtgtttcgtactaagttcggagccaacctccttcttagatatatataaattggtctccacgggcccacttcaactggggacttttcaaatgtgctgtaagcaaagcacgcgccgataaactaaggaaagcgaggggcggacttcagatttccgttacgtgttcttggccatttgccgagcacccaagctcaccgattccatttatcggccattaaattaatgctgcaactaatgctgatctgcccagcgtaaatcggttaagtttacggttaagaacctcttcggtctatttaacttactttacaatttttcagagtgactctagcgattacacaactaaaaatatgttatagcatgttgctacctaatgaaaattcgtgctaacattatctaataactttagtacaagctaaacagcttgaacggtaccaaatgttccattttttgttgctcttaagtatcttatcagcctttttttc


Primers used for 5'- and 3'RACE over Fab7

>fabcore1_low #34
ggcagccatcatggatgtgaaa	

>fabcore2_low #35
tggatgtgaaagagagcgtgctctt

>fabcore1_up #37
GAGCATGGCCGCTGTGGAATA	

>fabcore2_up #36
GCTGTGGAATACCGCACTGTCGTA



>Fab7_IX_low
ATGATGGCCGAGCTGAAAATGAA	

>Fab7_IV_low
AGCTTTTGCCACTCGTCCTGTTC

>Fab7_III_up
GCCTTGCCCCTGGAAATTCTC

>Fab7_IV_UP
AGCAGAGCTGTGCCATTGTTTGA


>fabprox1_up #40
GCCTCTGCTTCTGGACCTATGCTTTA		

>fabprox2_up #41
CCAAGTTGTGGAATCACTGGATACCAA		
	
>fabprox1_low #46
GGTTCATACCCTAAAAGGCAAACTGGTT		

>fabprox2_low #47
ggtttcgttttagccctgcgaagata		


cDNA Ends obtained by 5'- and 3'RACE over Fab7

> 507B 5pEnd from core Fab7
gctgtggaataccgcactgtcgtaggcacgagcgcgagcgagagaggccaagagcacgctctctttcacatccatgatggctgccgctgtctcgcctcttcttcttcattttcagctcggccatcatggggctccattaaatccactgcctcttcgccgggaatccgaattgccgacattttcgattccgccgacggcattttgttgggcattttcggggcggagacataataagtaaggagctcttcaattagcaaactttgaggcggtttccgttcctccggtgggccgaggactatgctctagtatacatattttagcagcaccataattcagggccgctatttacgtctcgtgtgtcagaagcggaggccacaaatcactttaattgaagtcacgccccgcaaactcaagggagccggtccaaaagctgcaacactgtcccttcagctgccaaaccgcaaggcggaaatgctggtaaatacatttttctccatgtttttcatatccaatatttttctcaagtcgcacacgcgaatttgtaatccacattcacaattggccaaccgaacgcgcgcggatgcggattcgaatgcggatgcggacgcggggtcaaagtgcttgttctttgtcattattataattaattttggtatttttggcaacaaacgatgccgaaccggctctttttgatttacagccacttctttcattttctttatatactttgagtagacttctcgtatacttttgggttcccatctgcagcgtttttggcttttgttgtcggattggtgcacaattggtgcaacgccgccgccaccgaagacaaaggccgtggctccgggacccacagtcagacttcgaatgcgactccaggaactccaggagctccgcaggacaatgcccaccgaacggggagcaggacgagtggcagcaagtaatcgtcgtttgagctccgggcgacgcgacgtcgacctgatggcaaagtgtccaaaaaataatattttttctactccttcagtccatgtcagtgtcc

> 003B 3pEnd from core Fab7
ggcagccatcatggatgtgaaagagagcgtgctcttggcctctctcgctcgcgctcgtgcctacgacagtgcggtattccacagcggccatgctcgctccatgctgctctgctcgccactcacctgcgacgtcgtctgttgtgaagttcttgcgacgtgagcgaccgaaactcggggccccgaaaaactagaggcccaaaaaacaggattgtgagcgagcgagggagcggaggaatttcgagggactttctgcgactgcgtcgtcgcccagacaaaaacaaaaaaaatgcagaaacaaaggccgacggacgaaggaagttgcccaggtttgattacacatcgacccctggagcgaggacttaacccgacggcagctgcatcagtttcagttctccgagggacatgtagatggatactctgggccctcatctgcgtcttcgcgtgtgtttgtgtgtttttataacatttgtggattacgcctataaaaactacacttcaccgcgaagccagcgaagtgggcaccagctacaacaaaggacaataattattctgcaaaaatgatacaacctggtcgctcgagagattacaaacggagctgtttttatggtttgttccgcttttgtttaacgattccgaggatcacacgtaataacccacgcaatccaccaccgaagtcggaaaaccgactcaacggaacgcagcgcaacttgactcaaccgaaactcgacacttatccctgggaactcaaaatagtgttttattgttggaaattacgattcttttatttatttactttttctgcatttctttgctgccccacacacacccaccgtttcaatttttatatgtttattacggttattatcgcttaatggggctcgctcgctggttattgctgttgttgtgttgcttgcaacagtagttgtgtcagactaacgtgtgaagttgttttattatttgttttgattatcaaaatgggcgttttacatttttccggtcgttgggcggcccacctgccacgggcccaccgcttatagtccacatcccataaccccggagcaagggcagtaaatcacagcccgctgtgagtggctgagtacctgggcagcagtacacttgaaaaataataacccttctcttttaattattgggcggctagacattatattcaattacatcacagcaataaaccatttttcgggcttctataacaagttgaattaagctaaagaactttttaatttatttaaaaaccattttgaatttatttagttaaatttagttacttcaaatgttccatctatcatatataaattagtaatatgtcataaaaaaaatagtttaattcaatactatttcgttacaataatacaaattttgcatcatcaaaggttatacaaaataaaattaccagttatattttcagtgcatgagtaaatccactcattcgcactcgctgtatgacccataagcagaaaccaaagtgtggcaaaatgcttaatttagaatttatgagcaattaattttaaagcgctctctggccattaacgccgttactgcttctcccccttgaacgtaatacacctttggtcattaaagaattaagaagccagtgtgccaaaaattgattgtttagccaatccgctgatggatcaattattcaattgttatagccaaagagttggcaatccaatttgagcacgagtcgtattccaacaaatagacaggtaggaagcacattaactggcagatttatgaataagaaataatttaaataaatttgttatgctttagaaattgtttattaaggttaatttatgagtgttaaatggctaaaaattatttaattgaaggataagaaaatgttgtgatgtggtatgatttaaataaaaaatacaaaaataaaaaaaaaaaaaaaaaaacactgtcatgccgttacgtagc

> 004N 3pEnd from core Fab7
gctacgtaacggcatgacagtgtttttttttttttttttggctttgttgctgttgctgtgtccgctggcattttgggactttgataaatgtcgcaaagctgttcggcggaggagggcaaagtcactgaacgcttaaatcgaattccgattccaccttttcaagcgtatttttttgtttttcctgattctcgatgttgttttcctttcgggcaatgttgttgttgtttgttctttgttagcttccattgttatccaaaatggctgcattatttgtacagactttttcatttcagacacccgtccatgtgttctttgttggccttttttggggggaactcggtctgaagacgctcaggacgtgattcatgtgtgtggctgctgccactgtaactgtcgtttatattgatggcgtgtattttattttatcgtgcattcctgttgtaaacactaccagagagtttcaggaccagaggaccaggagcatatggccaaagccgctggtcgaattgctcttccccgtttcgttatcgtttctgtctgattgttgggccattttcataaacacactaaataaaattcatgggtttcgcgcttattgtttaccttaccttattctcccattcccttcgtgttaaataaccaaaatattgaatatgcttagagcagcttaaacgggttaaatcggcttggtgacaattacctgaaactgatgcagctgccgtcgggttaagtcctcgctccaggggtcgatgtgtaatcaaacctgggcaacttccttcgtccgtcggcctttgtttctgcattttttttgtttttgtctgggcgacgacgcagtcgcagaaagtccctcgaaattcctccgctccctcgctcgctcacaatcctgttttttgggcctctagtttttcggggccccgagtttcggtcgctcacgtcgcaagaacttcacaacagacgacgtcgcaggtgagtggcgagcagagcagcatggagcgagcatggccgctgtggaataccgcactgtcgtaggcacgagcgcgagcgagagaggccaagagcacgctctctttcacatccatgatggctgcc

> 505D 5pEnd from middle Fab7
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> 506B 5pEnd from middle Fab7
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> 000H 3pEnd from middle Fab7
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> 508C 5pEnd from proximal Fab7
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> 009B 3pEnd from proximal Fab7
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Primer used for amplification of full length cDNA clones

>cap1_low #48
AAATATTATTTTTTGGACACTTTGCCATCA	

>cap2_low #49
ACTCACCTGCGACGTCGTCTGTT	

>cap3_low #50
TTACTTTTCTGTGATACCTAAATCATCAAAACCAT

>polyA1_up #51
CAGATAAACAAATGCTGATTTGTATTTATTAATTATT

>polyA2_up #52
GGCTTTGTTGCTGTTGCTGTGTC	

>polyA3_up #53
ATTTTTGTATTTTTTATTTAAATCATACCACATCACA

>polyA11 #54
GAAAAAAAGGCTGATAAGATACTTAAGAGCAACAA




Genomic sequence of the Fab7 Element (Zink D, Paro R, 1995)

> Fab7 3.6kb Hind III
aagcttgatgctatcgcgttcgattgttgacgggtgtactagggaatttacccgtagtggaggtcgaggtggcgcatgatggggcattaaattgtattaaaatgcgcaacgcacacacactccccacccacacctactccttccccttgggaaccgcctcacgcccccaaaagtgttccctgatcgcctcgactaaaaggcggcatttatttttagttgccgccggtgagcgtggccaaaagtctagaaaacttgggcaagggaattgtgtggacgatgtcggattcctgaacaaatggtattttatttatttttattggcaaatgtcaacgaggcgtcgcgcgtcgtcgctgcctttgtttgacagcgatggaaatctcattggacactttcctcctctctctgtttattgccatcccgaagaaatagttttgctaaagtgtttcggtctgccattaaaaataaatgccgatttattttaaattggattcgactaaagtttaaaattgaaagtttcggactgcattaatgaatcataaataattctgtttacacaatctaaaaaattaaatcaaataaaacagccttataatcgagcttataaaaaattattgggttcggtaagaggtctacaaaggtctatttatttatgaacaagataaaagtcttaatttccgtcttaatatttactattatttttagagtattaacaaggcttttccaagaacatcagtttcgtatgcgagttatagataaaatagctttccataattaaataaatccaacattatcatttcttttcagccccgaaaatgcccaacaaaatgccgtcggcggaatcgaaaatgtcggcaattcggattcccggcgaagaggcagtggatttaatggagccccatgatggccgagctgaaaatgaagaagaagaggcgagacagcggcagccatcatggatgtgaaagagagcgtgctcttggcctctctcgctcgcgctcgtgcctacgacagtgcggtattccacagcggccatgctcgctccatgctgctctgctcgccactcacctgcgacgtcgtctgttgtgaagttcttgcgacgtgagcgaccgaaactcggggccccgaaaaactagaggcccaaaaaacaggattgtgagcgagcgagggagcggaggaatttcgagggactttctgcgactgcgtcgtcgcccagacaaaaacaaaaaaaatgcagaaacaaaggccgacggacgaaggaagttgcccagggtaagtaacggtatttaggggtggctaagagcgagatgggtatactaaggctcaaaagggatgcgcagcactgctcggacttagtcggtacgcaaaccaaaaggtgagggtcaccgctagagttggaaaccagttggcttaattggagaatcatttaaaaaataaaatgctaatttcaaaattaaaaaaaaaattataaaagctacgaattcttaggcaaagcattgtttttagacttgcctcagcctctgaattaattttttatattttatcaaaaatatttcgaacggcaactgaattccaatcaaaccatcaaacctagccgctctcttgcttaccaatacattcaagcagtcgctctcttccaattggattttgcggtggtgtgcgtgcggttctcttatcacgtctctcttaatttatctatgtgttagtgagcggtcgctcttagccaatactctttccaactctctttgcttatatttactactgcacctgttcacgtgtcgctctttgagcgacattctacctcgctctttttgtttttctttttggcgcgttgatatgccccaatgttttttcccctttctgcactctctgtgcttccccgtgacagctgccatttgcttattgggcgctgcactttccgctctcttcctcttccccccgccacacagcttgaaatcttgttagaatttaatagaatctcaaaagtcctgcgcaagtttcgctgctttggggaaatgcaattttcttttttacgatttttgctgctttgccagcttttgccactcgtcctgttctttttctcgtctttttttttttttgtttttttgggcttgcattcattttttgaggggattgtgcgggcgaaatataataagtttttcgctcacttggcaacaaagttggatgcattgtgggtggcaaaatatcaaacaatggcacagctctgctttttgctgataagaatgattggggcaatcgcacggctcaacaacaatgttgaacaaagtctgcaccaatgggtttctttcccaattggaaatgcgtccttggggttcgtgtcttcactgcagttggatttaatttaagatcatcttaatcagagtatatttcgatctcattgaattataggtgaaattataatgagaatttccaggggcaaggccgaatgaaaggagcatttaatcgagggcagcaatttgagataaggtgcggttaattatcatttccattcccgattgccgttccattcgtcacagtttcgcgccttcacccacataaacaaatcaatccgatcggaaaatacacccatatagtcacaccagcatgtggaatagtttaaatatatcgcattgtttgttgttgaaacaatgctcctatacattggagccgaacacaaacatttattttcgtttcttatatatttctttttgtttacttcgcacatttgaatagagcgaacaccgagtggtggggtcaaatttatgcacgaccttcacgagttggagaaattacttttctgtgatacctaaatcatcaaaaccatggtattttatgcttagtcggggtgtttcttaatttattaatttggtgcagagataaacactttattcaacacaaactgtagttaagctgtgattaaagtaacattacatcaatttttttttgcaaagacataaattaggttaaattaataattaataaatacaaatcagcatttgtttatctgaaattttaatacgctccttaatttttatgggttcaaaatcggttcataccctaaaaggcaaactggtttcgttttagccctgcgaagatatgcaaaagttttggtatccagtgattccacaacttggtaacagcaataaagcataggtccagaagcagaggcaaattaagtaggtgcaaaaggcgatgaataaacaggggacagtaaaatcttaagaccgaaatcaatctgtaaattggcgcaaataactcgggcagagacataaatcaaggggcattatggcaacgaacgccggagatgaagccacttgacgggattcccggattgacggcagaatcgagggatcttgggaggacgacgacgaggacgagcaacggacgtcataatcgtttcagtgacaaagcataaaatttgagttttacgatttaactgggccataaagcaaccaattagtgtcagtggcaaagacacggctcgccgaaggggcggtggaatcgttttggggggcgtggcagtgcgtgtggattgaatacttgcctacggttatgagtgtgaaatgcgtttaattgctttatgataattctgacagctcattaaaagaaaagtccacaaagct