Supplemental Table 7. Alignment of miRNA families with arm switching evolution FAMILY: miRBase cbr-mir-79 (in Cbri); miRBase cel-mir-79 (in Cele); miRBase cel-mir-244 (in CEL); miRBase cbr-mir-244 (in CBR); miRBaseHomolog cbr-mir-79 (in Crem); miRBaseHomolog cbr-mir-244 (in CRE); Cbrisblock10 (miRBase cbr-mir-244)_MATURE (mat 11, star 4) 5P hp ((.(((((..((((((((((((((((((..((((((((((((......)).))))))))))))))))))))))))))))..))))).)) seq CCCAAATTTCTCGATTTCTTTGGTTGTACAAAGTGGTATGGCTCTCTTGCTCATACCGCTTTACAGCTAAAGGAATCGATTGATTTTGGA mat 11 reads 5P TCTTTGGTTGTACAAAGTGGTATG star 4 reads 3P TACCGCTTTACAGCTAAAGG Cremsblock7 (miRBaseHomolog cbr-mir-244)_MATURE(9,5) chrUn:8759833:8759929:-1 5P hp .(((((........((((...((((((..(((((((((...((((((((((((((...((....))..))).))))))))))).)))))))))..))))))...))))......))))) seq CTATTATTCCTTCTCCAGTTTCTCGATCTCTTTGGTTGTACAAAGTGGTATGGCACTTCTCAATAGTCTGCTCATACCGCTTTTCGGCTAAAGGAATCGAGTCTTTGGTGTCATTAATAC mat 9 reads 5P TCTTTGGTTGTACAAAGTGGTATG star 5 reads 3P TACCGCTTTTCGGCTAAAGG Ppacsblock75_MATURE(97,5) chrUn:8759833:8759929:-1 5P hp .(((....((((((((.....((((((..(((..(((.(((((((.(((((((((.....))))))))).))))))).)))..)))..)))))))))))))))) seq TTCCTTCAATGGGACAGTCATTATCGTCTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGATTTGAAATGTAAATCATAAAGCTGGAAAACTGAAGGAACGATGTGTCTCATGGA mat 97 reads 5P TCTTTGGTTATCTAGCTGTATG star 5 reads 3P ATAAAGCTGGAAAACTGAAGG Cbrisblock9 (miRBase cbr-mir-79)_STAR(701,24) chrUn:8759833:8759929:-1 5P hp ((((.....((((.((((((((((..(((((..((((.(((.........))))))).)))))..)))))))))).)))).......)))) seq GAACATTCTCCGATCTTTGGTGATTCAGCTTAAATGATAGAATTCAGACGTCTTCATAAAGCTAGGTTACCAAAGCTCGGCGTTCCAGTTCG mat 701 reads 3P ATAAAGCTAGGTTACCAAAGCT star 24 reads 5P CTTTGGTGATTCAGCTTAAATG Celesblock8 (miRBase cel-mir-79)_STAR(1424,176) chrUn:8759833:8759929:-1 5P hp ...((((((..(.((((.((((((((((..(((((..((((..(((.....)))....)))).)))))..)))))))))).)))).)...)).))) seq TAGTAGACATTCTCCGATCTTTGGTGATTCAGCTTCAATGATTGGCTACAGGTTTCTTTCATAAAGCTAGGTTACCAAAGCTCGGCGTCTTGATCTA mat 1424 reads 3P ATAAAGCTAGGTTACCAAAGCT star 176 reads 5P CTTTGGTGATTCAGCTTCAATG Celesblock2 (miRBase cel-mir-244)_STAR(18,12) chrUn:8759833:8759929:-1 5P hp ((.((.((((((((..(((((((((...((((..((((((((.........))).)))))..)))).)))))))))..))))))))..)).))..... seq CTCCATATCTCAATCTCTTTGGTTGTACAAAGTGGTATGGCTCATCGAATAAGCACATACTGCTTTTCAGCTAAAGGAATTGAGATTTTGTAGGCTTTT mat 18 reads 3P TACTGCTTTTCAGCTAAAGG star 12 reads 5P TCTTTGGTTGTACAAAGTGGTATG Cremsblock122 (miRBaseHomolog cbr-mir-79)_STAR(963,13) chrUn:8759833:8759929:-1 5P hp (((......(((((..((..((((.((((((((((..(((((..((((..(((.......))).....)))).)))))..)))))))))).))))..))....)))))........))) seq GAATATCAAATAGAAAGTTTCCGATCTTTGGTGATTCAGCTTAAATGATAGACTCAATATGTTAGACTTCATAAAGCTAGGTTACCAAAGCTCGGCGGCCGAATCTATCTTTTTTTTTCT mat 963 reads 3P ATAAAGCTAGGTTACCAAAGCT star 13 reads 5P CTTTGGTGATTCAGCTTAAATG FAMILY: miRBase cel-mir-238 (in Cele); miRBase cel-mir-239a (in CEL); miRBaseHomolog cel-mir-238 (in Cbri); miRBase cbr-mir-239b (in CBR); miRBase cbr-mir-239a (in CBR); miRBaseHomolog cel-mir-238 (in Crem); miRBaseHomolog cbr-mir-239b (in CRE); miRBaseHomolog cbr-mir-239a (in CRE); miRBaseHomolog cbr-mir-239b (in Ppac); miRBaseHomolog cbr-mir-239b (in PPA); Cbrisblock87 (miRBase cbr-mir-239a)_MATURE (mat 62, star 2) 5P hp .........(((((..(((...((.((((((((((((....(((((.(((((((((......).)))..))))).)))))...)))))))))))).)).))).))))).... seq GAGAATGACGATCCAAGTTTATGCGATTTTTGTACTACAATTAGGTACTGGACACCAGCAGCGAGTGTATCCAGAATCTATACTAGTACAAAAATAGCTAACAGGATTAAGAT mat 62 reads 5P TTTGTACTACAATTAGGTACTGG star 2 reads 3P CAGAATCTATACTAGTAC Cremsblock15 (miRBaseHomolog cbr-mir-239a)_MATURE(140,2) chrUn:8759833:8759929:-1 5P hp (((((.(((..(((((((((((((((...((((((.(((((.((........)).))))).))))))..))))))))))))))))))))))) seq AATCCAAGATTGCGATTTTTGTACTACACATAGGTACTGGACACTGAGATTTGTATCCAGAATCTATTCTAGTGCAAAAATTGCTCTGGATTC mat 140 reads 5P TTTGTACTACACATAGGTACTGG star 2 reads 3P CAGAATCTATTCTAGTGC Celesblock78 (miRBase cel-mir-239a)_STAR(54,28) chrUn:8759833:8759929:-1 5P hp .((((....(((((.(((((((((.((.(((..((((((................))))))..))))).))))))))).)))))...))))...... seq TACACGTTTGCAATTTTTGTACTACACATAGGTACTGGACAATTTTCAAAATATATCCAGTGTCTAGTCTAGTGCAAACATTGCTCGGTGTTGTTTGA mat 54 reads 3P CAGTGTCTAGTCTAGTGC star 28 reads 5P TTTGTACTACACATAGGTACTGG FAMILY: miRBaseHomolog cel-mir-79 (in Ppac); miRBase cel-mir-75 (in Cele); miRBase cel-mir-79 (in CEL); miRBase cbr-mir-75 (in Cbri); miRBase cbr-mir-79 (in CBR); miRBaseHomolog cbr-mir-75 (in Crem); miRBaseHomolog cbr-mir-79 (in CRE); Celesblock72 (miRBase cel-mir-75)_MATURE (mat 32, star 1) 3P hp .......((((((..(((.(((.(((((((((..(((((.(((((((.......))).)))).)))))..))))))))).))).)))...)))))) seq TTCTTGTTGCTTTGAAGAATTGCAGTCGGTTGCAAGCTTAAATACAAATCCGAATTGTTATTAAAGCTACCAACCGGCTTCAAGTCTGAAAGAGCAG mat 32 reads 3P TTAAAGCTACCAACCGGCTTC star 1 reads 5P CAGTCGGTTGCAAGCTTAAAT Celesblock8 (miRBase cel-mir-79)_MATURE(1424,176) chrUn:8759833:8759929:-1 3P hp ...((((((..(.((((.((((((((((..(((((..((((..(((.....)))....)))).)))))..)))))))))).)))).)...)).))) seq TAGTAGACATTCTCCGATCTTTGGTGATTCAGCTTCAATGATTGGCTACAGGTTTCTTTCATAAAGCTAGGTTACCAAAGCTCGGCGTCTTGATCTA mat 1424 reads 3P ATAAAGCTAGGTTACCAAAGCT star 176 reads 5P CTTTGGTGATTCAGCTTCAATG Cbrisblock68 (miRBase cbr-mir-75)_MATURE(7,1) chrUn:8759833:8759929:-1 3P hp .((((...(((.(((.((.((((((..(((((.(((((((((....)))..)).)))).)))))..)))))).)).))).)))....)))) seq TGCGAGACCGAATTGCAGTCGGTTGCAAGCTTCAATACAGACAATGGTTCTTGATATTAAAGCTACCAACCGCCTTCAAATCGTGCATCGCG mat 7 reads 3P TTAAAGCTACCAACCGCCTTC star 1 reads 5P CAGTCGGTTGCAAGCTTCAAT Cbrisblock9 (miRBase cbr-mir-79)_MATURE(701,24) chrUn:8759833:8759929:-1 3P hp ((((.....((((.((((((((((..(((((..((((.(((.........))))))).)))))..)))))))))).)))).......)))) seq GAACATTCTCCGATCTTTGGTGATTCAGCTTAAATGATAGAATTCAGACGTCTTCATAAAGCTAGGTTACCAAAGCTCGGCGTTCCAGTTCG mat 701 reads 3P ATAAAGCTAGGTTACCAAAGCT star 24 reads 5P CTTTGGTGATTCAGCTTAAATG Cremsblock122 (miRBaseHomolog cbr-mir-79)_MATURE(963,13) chrUn:8759833:8759929:-1 3P hp (((......(((((..((..((((.((((((((((..(((((..((((..(((.......))).....)))).)))))..)))))))))).))))..))....)))))........))) seq GAATATCAAATAGAAAGTTTCCGATCTTTGGTGATTCAGCTTAAATGATAGACTCAATATGTTAGACTTCATAAAGCTAGGTTACCAAAGCTCGGCGGCCGAATCTATCTTTTTTTTTCT mat 963 reads 3P ATAAAGCTAGGTTACCAAAGCT star 13 reads 5P CTTTGGTGATTCAGCTTAAATG Ppacsblock75_STAR(97,5) chrUn:8759833:8759929:-1 3P hp .(((....((((((((.....((((((..(((..(((.(((((((.(((((((((.....))))))))).))))))).)))..)))..)))))))))))))))) seq TTCCTTCAATGGGACAGTCATTATCGTCTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGATTTGAAATGTAAATCATAAAGCTGGAAAACTGAAGGAACGATGTGTCTCATGGA mat 97 reads 5P TCTTTGGTTATCTAGCTGTATG star 5 reads 3P ATAAAGCTGGAAAACTGAAGG FAMILY: miRBaseHomolog cel-mir-246 (in Crem); miRBase cel-mir-358 (in Cele); miRBase cbr-mir-246 (in Cbri); miRBaseHomolog cel-mir-246 (in CRE); Cremsblock97 (miRBaseHomolog cel-mir-246)_MATURE (mat 19, star 4) 5P hp .((((........(((((((.((((.(((((..((((((((((((.........)))))))))))).))))).)))).))))))).......))) seq AGTCCAAACAATAGAACAGCACCTGGCCGATTTCATGTAATATCTGAAAAGAAAAGATATTACATGTATCGGGTAGGAGCTGTTTGAGTAAAGGAT mat 19 reads 5P ACCTGGCCGATTTCATGTAATAT star 4 reads 3P TTACATGTATCGGGTAGGAG Cremsblock39 (miRBaseHomolog cel-mir-246)_MATURE(19,4) chrUn:8759833:8759929:-1 5P hp .((((........(((((((.((((.(((((..((((((((((((.........)))))))))))).))))).)))).))))))).......))) seq AGTCCAAACAATAGAACAGCACCTGGCCGATTTCATGTAATATCTGAAAAGAAAAGATATTACATGTATCGGGTAGGAGCTGTTTGAGTAAAGGAT mat 19 reads 5P ACCTGGCCGATTTCATGTAATAT star 4 reads 3P TTACATGTATCGGGTAGGAG Celesblock55 (miRBase cel-mir-358)_STAR(22,3) chrUn:8759833:8759929:-1 5P hp .(((((((((.(((.(((((((.((((.((.((((.((((...................)))).)))).)).))))))).)))))))..)))))..))) seq CTCGCGACGGCTGGCGACCTGGCCAGGCATTCCAACTGTCAAACTTACAAAGCTTTCTCGACAATTGGTATCCCTGTCAAGGTCTCAATCCGTTCAGCGA mat 22 reads 3P AATTGGTATCCCTGTCAAGGTCT star 3 reads 5P ACCTGGCCAGGCATTCCAACTGTC Cbrisblock39 (miRBase cbr-mir-246)_STAR(10,2) chrUn:8759833:8759929:-1 5P hp ((((((.....((((((.((((.((((((.(((((((((((((.......))))).)))))))))))))).)))).))))))...)))).)) seq CCTAGTGATAAAACAGCACCTGGCCAATATTATGTAATATCAGAAGCAAATTGATTATTACATGTATTGGGTAGGAGCTGTTCAAGCTATGGT mat 10 reads 3P TTACATGTATTGGGTAGGAGC star 2 reads 5P ACCTGGCCAATATTATGTAAT FAMILY: miRBaseHomolog cbr-mir-790-1 (in Crem); miRBase cel-mir-791 (in Cele); miRBase cel-mir-790 (in CEL); miRBase cbr-mir-790-1 (in Cbri); miRBase cbr-mir-790-2 (in CBR); miRBaseHomolog cbr-mir-790-1 (in CRE); Celesblock45 (miRBase cel-mir-790)_MATURE (mat 41, star 3) 5P hp (((((.(((((((..((.(((.((((((.............)))))).))).))...))))))).)))) seq GCCGGCTTGGCACTCGCGAACACCGCGATTTCACTTATAACTCGCGGCGTTAGCTCTGTGTCAAACCGGC mat 41 reads 5P CTTGGCACTCGCGAACACCGCG star 3 reads 3P GCGGCGTTAGCTCTGTGTC Celesblock74 (miRBase cel-mir-791)_STAR(14,2) chrUn:8759833:8759929:-1 5P hp ((((..((((((.(((((((((..((.(((((((((...((...))..)))))))))))..))..))))))).))))))..))) seq GAACCTTCGATTACCTTATCCGTTGTAGCCAAAGTTCAACGAAGCGGCAACTTTGGCACTCCGCAGATAAGGCAATCGATTGTTT mat 14 reads 5P ACCTTATCCGTTGTAGCCAAAGT star 2 reads 3P TTTGGCACTCCGCAGATAAGGC FAMILY: miRBase cel-mir-49 (in Cele); miRBase cel-mir-83 (in CEL); miRBase cbr-mir-83 (in Cbri); miRBase cbr-mir-49 (in CBR); miRBaseHomolog cbr-mir-49 (in Crem); miRBaseHomolog cbr-mir-83 (in CRE); Celesblock77 (miRBase cel-mir-49)_MATURE (mat 13, star 3) 3P hp ..........((((.(((((.(((((((.(((((..(((((.((..(........)..)).)))))))))).))))))).))))).))))...... seq TTTTGAAAAAGACCACCGTCCGCAGTTTGTTGTGATGTGCTCCAAGCAATCATGAGTCTGAAGCACCACGAGAAGCTGCAGATGGAGGTTCTGATTT mat 13 reads 3P AAGCACCACGAGAAGCTGCAG star 3 reads 5P CGCAGTTTGTTGTGATGTGCTCC Celesblock46 (miRBase cel-mir-83)_MATURE(88,2) chrUn:8759833:8759929:-1 3P hp (((.((((.(((((..((((((((((((((.((.((.((((((........))..)).)).)).))))))))))))))))..))))).)).).).)) seq AGCACCACTCGGAACCACTGAATTTATGTGTGTACTTGACGGCCAACAAGAGCATCGATCTAGCACCATATAAATTCAGTAATTTCGCGTCGAGAGCT mat 88 reads 3P TAGCACCATATAAATTCAGT star 2 reads 5P ACTGAATTTATGTGTGTACTTG Cbrisblock66 (miRBase cbr-mir-49)_MATURE(13,3) chrUn:8759833:8759929:-1 3P hp ((((((((......(((((.((((((((((((.(.(((((.((.(((......).)).)).)))))))))))))))))).)))))..)))))))) seq ACCGAAACCATTTGCCATCCGCAGTTTTTTGTAGTGTGCTCCGCGCCATCTTAGTGCCCGAAGCACCACGAGAAGCTGCAGATGGAAGTTTTGGTT mat 13 reads 3P AAGCACCACGAGAAGCTGCAG star 3 reads 5P CGCAGTTTTTTGTAGTGTGCTCCG Cbrisblock41 (miRBase cbr-mir-83)_STAR(6,4) chrUn:8759833:8759929:-1 3P hp (((.((((..(((((.((((((((((((((.((.((.((((((.......))..)).)).)).)))))))))))))))).))))))))).......))) seq GGCACCACTCGAAAAAACTGAGTTTATGTGTGTACTTGACGGCGATCAGAGCAACGATCTAGCACCATATAAATTCAGTGTTTTCGTGGACAGAGAGCCA mat 6 reads 5P ACTGAGTTTATGTGTGTACTTG star 4 reads 3P TAGCACCATATAAATTCAGTGT FAMILY: miRBaseHomolog cel-mir-63 (in Crem); miRBase cel-mir-63 (in Cele); Cremsblock84 (miRBaseHomolog cel-mir-63)_MATURE (mat 10, star 8) 5P hp (((..(((......(((((..((.(((.(((((((((((((((.(((((.(((((...............))))).)))))))))..))))))))))).))))).)))))))).))) seq TTCCTCCAACATGTCAGAAAACATCCACTTCTAACTCGTCGGTAGTCATTGTTTCCATAAACCAGGAAGTGAAACTATGACACTGAAGCGAGTTAGAAATGGTGATTCTGTGGCGAAG mat 10 reads 5P TCTAACTCGTCGGTAGTCATTGT star 8 reads 3P TATGACACTGAAGCGAGTTAG Celesblock70 (miRBase cel-mir-63)_STAR(155,17) chrUn:8759833:8759929:-1 5P hp .((((.((((((.(((((((((((((((((.(((((.(((((........)))))...)))))))))..))))))))))))).)))..))).))) seq ACAAGCAGACACAATTTCTAACTCGTCGGTAGTCATCGTTCTAGCTGAAAAGGACACTATGACACTGAAGCGAGTTGGAAATAGTGGTTCTACTTG mat 155 reads 3P TATGACACTGAAGCGAGTTGG star 17 reads 5P TCTAACTCGTCGGTAGTCATCGT