
seed used = 140017761

K12                                  ATG TTC GGC ATA ATT ATA TCT GTC ATC GTA TTA ATT ACG ATG GGC TAT TTG ATC CTG AAA AAC TAC AAA CCT CAG GTG GTG CTG GCT GCC GCA GGT ATC TTC CTG ATG ATG TGC GGT GTC TGG TTA GGG TTC GGT GGT GTA CTC GAT CCC ACC AAA AGC AGC GGC TAC TTG ATC GTC GAT ATT TAT AAT GAA ATC CTG CGC ATG CTG TCC AAC CGC ATT GCC GGA TTG GGG CTG TCG ATT ATG GCG GTG GGC GGT TAT GCC CGC TAC ATG GAG CGC ATA GGG GCC AGT CGC GCG ATG GTG AGC TTG TTA AGC CGC CCG TTA AAA CTC ATT CGC TCG CCG TAT ATT ATT CTG TCG GCA ACT TAC GTC ATC GGC CAA ATC ATG GCG CAG TTT ATT ACC AGC GCC TCC GGT CTG GGT ATG TTG CTG ATG GTC ACC TTA TTT CCG ACG CTG GTG AGT CTG GGA GTA AGT CGT CTC TCT GCG GTG GCA GTT ATC GCA ACC ACG ATG TCC ATT GAG TGG GGG ATT CTG GAA ACG AAC TCC ATT TTT GCT GCC CAG GTA GCG GGA ATG AAA ATT GCC ACA TAC TTC TTC CAC TAC CAG CTT CCG GTC GCC TCT TGC GTC ATT ATC TCG GTG GCG ATC TCC CAC TTT TTC GTG CAA CGC GCT TTT GAC AAA AAA GAT AAA AAT ATC AAT CAC GAA CAG GCA GAG CAA AAA GCT CTC GAT AAT GTC CCG CCG CTC TAT TAC GCC ATT TTA CCT GTG ATG CCG TTA ATC CTG ATG CTC GGC TCG CTG TTC CTC GCC CAC GTC GGG CTG ATG CAG TCA GAA CTG CAT CTG GTG GTG GTG ATG TTA CTG AGT TTG ACT GTG ACG ATG TTT GTT GAG TTC TTC CGC AAG CAT AAC TTG CGC GAA ACA ATG GAC GAT GTG CAG GCG TTT TTT GAC GGC ATG GGT ACG CAG TTT GCC AAC GTG GTA ACG CTG GTG GTC GCG GGT GAA ATA TTT GCG AAA GGC TTA ACG ACG ATT GGC ACT GTC GAT GCG GTT ATC AGG GGG GCG GAG CAT TCT GGT CTG GGC GGT ATT GGC GTG ATG ATT ATT ATG GCG CTG GTC ATT GCC ATT TGT GCC ATT GTG ATG GGC TCT GGC AAT GCG CCG TTT ATG TCA TTT GCC AGT CTT ATT CCG AAT ATC GCA GCC GGA CTA CAT GTA CCA GCG GTT GTA ATG ATT ATG CCG ATG CAT TTT GCC ACG ACG CTA GCG CGC GCG GTT TCG CCG ATT ACT GCG GTG GTG GTC GTT ACG TCA GGA ATT GCA GGC GTT TCG CCT TTT GCG GTG GTG AAG CGG ACA GCG ATC CCC ATG GCA GTC GGT TTC GTG GTG AAT --- --- --- ATG ATT GCC ACA ATC ACG CTA TTT TAT 
S2457T                               ATG TTC GGC ATA ATT ATA TCT GTC ATC GTA TTA ATT ACG ATG GGC TAT TTG ATC CTG AAA AAC TAC AAA CCT CAG GTG GTG CTG GCT GCC GCA GGT GTC TTC CTG ATG ATG TGC GGA GTC TGG TTA GGG TTC GGT GGT GTA CTC GAT CCC GCC AAA AGC AGC GGC TAC TTG ATC GTC GAC ATT TAT AAT GAA ATC CTG CGC ATG CTG TCC AAC CGC ATT GCC GGA TTG GGG CTG TCG ATT ATG GCG GTG GGC GGT TAT GCC CGC TAC ATG GAG CGC ATA GGA GCC AGT TGC GCG ATG GTG AGC TTG CTA AGC CGC CCG TTA AAA CTC ATT CGC TCG CCG TAT ATT ATT CTG TCG GCA ACT TAC GTC ATC GGC CAA ATC ATG GCG CAG TTT ATT ACC AGC GCC TCC GGT CTG GGT ATG TTG CTG ATG GTC ACC TTA TTT CCG ACG CTG GTG AGT CTG GGA GTA AGT CGC CTC TCT GCG GTG GCG GTT ATC GCA ACC ACG ATG TCC ATT GAG TGG GGG ATT CTG GAA ACG AAC TCC ATT TTT GCA GCC CAG GTC GCG GGA ATG AAA ATT GCC ACA TAC TTC TTC CAC TAC CAG CTT CCG GTC GCC TCT TGC GTC ATT ATC TCG GTG GCG ATC TCC CAC TTT TTC GTG CAA CGC GCT TTT GAC AAA AAA GAT AAA AAT ATC AAT CAC GAA CAG GCA GAG CAA AAA ACT CTC GAT AAT GTC CCG CCG CTC TAT TAC GCC ATT TTA CCT GTG ATG CCG TTA ATC CTG ATG CTC GGC TCG CTG TTC CTC GCC CAC GTC GGG CTG ATG AAG TCA GAA CTG CAT CTG GTG GTG GTG ATG TTA CTA AGT TTG ACG GTG ACG ATG TTT GTT GAG TTC TTC CGC AAG CAT AAC TTG CGC GAA ACA ATG GAC GAT GTG CAG GCG TTT TTT GAC GGC ATG GGT ACG CAG TTT GTC AAC GTG GTA ACG CTG GTG GTC GCG GGT GAA ATA TTT GCG AAA GGC TTA ACG ACG ATT GGC ACT GTT GAT GCG GTT ATC AGG GGT GCG GAG CAT TCT GGT CTG GGC GGT ATT GGC GTG ATG ATT ATT ATG GCG CTA GTC ATT GCC ATT TGT GCC ATT GTG ATG GGC TCT GGC AAT GCG CCG TTT ATG TCA TTT GCC AGT CTT ATT CCG AAT ATC GCA GCC GGA CTA CAT GTA CCA GCG GTT GTA ATG ATT ATG CCG ATG CAT TTT GCC ACG ACG CTA GCG CGC GCG GTT TCG CCG ATT ACT GCG GTG GTG GTC GTT ACG TCA GGA ATT GCA GGC GTT TCG CCT TTT GCG GTG GTG AAG CGG ACA GCG ATC CCC ATG GCA GTC GGT TTC GTG GTG AAT --- --- --- ATG ATT GCC ACA ATC ACG CTA TTT TAT 
Shig4337                             ATG TTC GGC ATA ATT ATA TCT GTC ATC GTA TTA ATT ACG ATG GGC TAT TTG ATC CTG AAA AAC TAC AAA CCT CAG GTG GTG CTG GCT GCC GCA GGT GTC TTC CTG ATG ATG TGC GGA GTC TGG TTA GGG TTC GGT GGT GTA CTC GAT CCC GCC AAA AGC AGC GGC TAC TTG ATC GTC GAC ATT TAT AAT GAA ATC CTG CGC ATG CTG TCC AAC CGC ATT GCC GGA TTG GGG CTG TCG ATT ATG GCG GTG GGC GGT TAT GCC CGC TAC ATG GAG CGC ATA GGA GCC AGT TGC GCG ATG GTG AGC TTG CTA AGC CGC CCG TTA AAA CTC ATT CGC TCG CCG TAT ATT ATT CTG TCG GCA ACT TAC GTC ATC GGC CAA ATC ATG GCG CAG TTT ATT ACC AGC GCC TCC GGT CTG GGT ATG TTG CTG ATG GTC ACC TTA TTT CCG ACG CTG GTG AGT CTG GGA GTA AGT CGC CTC TCT GCG GTG GCG GTT ATC GCA ACC ACG ATG TCC ATT GAG TGG GGG ATT CTG GAA ACG AAC TCC ATT TTT GCA GCC CAG GTC GCG GGA ATG AAA ATT GCC ACA TAC TTC TTC CAC TAC CAG CTT CCG GTC GCC TCT TGC GTC ATT ATC TCG GTG GCG ATC TCC CAC TTT TTC GTG CAA CGC GCT TTT GAC AAA AAA GAT AAA AAT ATC AAT CAC GAA CAG GCA GAG CAA AAA ACT CTC GAT AAT GTC CCG CCG CTC TAT TAC GCC ATT TTA CCT GTG ATG CCG TTA ATC CTG ATG CTC GGC TCG CTG TTC CTC GCC CAC GTC GGG CTG ATG AAG TCA GAA CTG CAT CTG GTG GTG GTG ATG TTA CTA AGT TTG ACG GTG ACG ATG TTT GTT GAG TTC TTC CGC AAG CAT AAC TTG CGC GAA ACA ATG GAC GAT GTG CAG GCG TTT TTT GAC GGC ATG GGT ACG CAG TTT GTC AAC GTG GTA ACG CTG GTG GTC GCG GGT GAA ATA TTT GCG AAA GGC TTA ACG ACG ATT GGC ACT GTT GAT GCG GTT ATC AGG GGT GCG GAG CAT TCT GGT CTG GGC GGT ATT GGC GTG ATG ATT ATT ATG GCG CTA GTC ATT GCC ATT TGT GCC ATT GTG ATG GGC TCT GGC AAT GCG CCG TTT ATG TCA TTT GCC AGT CTT ATT CCG AAT ATC GCA GCC GGA CTA CAT GTA CCA GCG GTT GTA ATG ATT ATG CCG ATG CAT TTT GCC ACG ACG CTA GCG CGC GCG GTT TCG CCG ATT ACT GCG GTG GTG GTC GTT ACG TCA GGA ATT GCA GGC GTT TCG CCT TTT GCG GTG GTG AAG CGG ACA GCG ATC CCC ATG GCA GTC GGT TTC GTG GTG AAT --- --- --- ATG ATT GCC ACA ATC ACG CTA TTT TAT 
O157                                 ATG TTC GGC ATA ATT ATA TCT GTC ATC GTA TTA ATT ACG ATG GGC TAT TTG ATC CTG AAA AAC TAC AAA CCT CAG GTG GTG CTG GCT GCA GGT --- ATC TTC CTG ATG ATG TGC GGT GTC TGG TTA GGG TTA GGT GGT GTA CTC GAT CCC GCC AAA AGC AGC GGC TAC TTG ATC GTC GAT ATT TAT AAT GAA ATC CTG CGC ATG CTG TCC AAC CGC ATT GCC GGA TTG GGG CTG TCG ATT ATG GCG GTG GGC GGT TAT GCC CGC TAC ATG GAG CGC ACA GGA GCC AGT CGC GCG ATG GTG AGC TTG TTA AGC CGC CCG TTA AAA CTC ATT CGC TCG CCG TAT ATT ATT CTG TCG GCA ACT TAC GTC ATC GGC CAA ATC ATG GCG CAG TTT ATT ACC AGC GCC TCC GGC CTG GGT ATG TTG CTG ATG GTC ACC TTA TTT CCG ACA CTG GTG AGT CTG GGA GTA AGC CGT CTC TCT GCG GTG GCG GTT ATC GCA ACC ACA ATG TCC ATT GAG TGG GGG ATT CTG GAA ACG AAC TCC ATT TTT GCA GCC CAG GTA GCG GGA ATG AAA ATT GCC ACT TAC TTC TTC CAC TAC CAG CTT CCG GTC GCC TCT TGC GTC ATT ATC TCG GTG GCG ATC TCC CAC TTT TTC GTG CAA CGC GCT TTT GAC AAA AAA GAT AAA AAT ATC AAT CAC GAA CAG GCA GAG CAA AAA GCT CTC GAT AAT GTC CCG CCG CTC TAT TAC GCC ATT TTA CCT GTG ATG CCG TTA ATC CTG ATG CTC GGC TCG CTA TTC CTT GCC CAC ATC GGG CTG ATG CAG TCA GAA CTG CAT CTG GTG GTG GTG ATG TTA CTG AGT TTG --- --- ACG ATG TTT GTT GAG TTC TTC CGC AAG CAT AAC TTG CGC GAA ACA ATG GAC GAT GTG CAG GCG TTT TTT GAC GGC ATG GGT ACG CAG TTT GCC AAC GTG GTA ACG CTG GTG GTC GCG GGT GAA ATA TTT GCG AAA GGC TTA ACG ACG ATT GGC ACT GTC GAT GCG GTT ATC AGG GGT GCG GAG CAT TCT GGT CTG GGC GGT ATT GGC GTG ATG ATT ATT ATG GCG CTG GTC ATT GCC ATT TGT GCC ATT GTG ATG GGC TCT GGC AAT GCG CCG TTT ATG TCA TTT GCC AGT CTT ATT CCG AAT ATC GCA GCC GGA CTA CAT GTA CCA GCG GTT GTA ATG ATT ATG CCG ATG CAT TTT GCC ACG ACG CTA GCG CGC GGT TTC GCC GAT TAC TGC GGT GGT GGT CGT TAC GTC AGG AAT TGC AGG CGT TTC GCC --- TTT TGC GGT GGT GAA GCG GAC AGC GAT CCC CAT GGC AGT CGG TTT CGT GGT GAA TAT GAT TGC CAC AAT CAC GCT ATT TTA TTA AGT CAT 
EDL933                               ATG TTC GGC ATA ATT ATA TCT GTC ATC GTA TTA ATT ACG ATG GGC TAT TTG ATC CTG AAA AAC TAC AAA CCT CAG GTG GTG CTG GCT GCA GGT --- ATC TTC CTG ATG ATG TGC GGT GTC TGG TTA GGG TTA GGT GGT GTA CTC GAT CCC GCC AAA AGC AGC GGC TAC TTG ATC GTC GAT ATT TAT AAT GAA ATC CTG CGC ATG CTG TCC AAC CGC ATT GCC GGA TTG GGG CTG TCG ATT ATG GCG GTG GGC GGT TAT GCC CGC TAC ATG GAG CGC ACA GGA GCC AGT CGC GCG ATG GTG AGC TTG TTA AGC CGC CCG TTA AAA CTC ATT CGC TCG CCG TAT ATT ATT CTG TCG GCA ACT TAC GTC ATC GGC CAA ATC ATG GCG CAG TTT ATT ACC AGC GCC TCC GGC CTG GGT ATG TTG CTG ATG GTC ACC TTA TTT CCG ACA CTG GTG AGT CTG GGA GTA AGC CGT CTC TCT GCG GTG GCG GTT ATC GCA ACC ACA ATG TCC ATT GAG TGG GGG ATT CTG GAA ACG AAC TCC ATT TTT GCA GCC CAG GTA GCG GGA ATG AAA ATT GCC ACT TAC TTC TTC CAC TAC CAG CTT CCG GTC GCC TCT TGC GTC ATT ATC TCG GTG GCG ATC TCC CAC TTT TTC GTG CAA CGC GCT TTT GAC AAA AAA GAT AAA AAT ATC AAT CAC GAA CAG GCA GAG CAA AAA GCT CTC GAT AAT GTC CCG CCG CTC TAT TAC GCC ATT TTA CCT GTG ATG CCG TTA ATC CTG ATG CTC GGC TCG CTA TTC CTT GCC CAC ATC GGG CTG ATG CAG TCA GAA CTG CAT CTG GTG GTG GTG ATG TTA CTG AGT TTG --- --- ACG ATG TTT GTT GAG TTC TTC CGC AAG CAT AAC TTG CGC GAA ACA ATG GAC GAT GTG CAG GCG TTT TTT GAC GGC ATG GGT ACG CAG TTT GCC AAC GTG GTA ACG CTG GTG GTC GCG GGT GAA ATA TTT GCG AAA GGC TTA ACG ACG ATT GGC ACT GTC GAT GCG GTT ATC AGG GGT GCG GAG CAT TCT GGT CTG GGC GGT ATT GGC GTG ATG ATT ATT ATG GCG CTG GTC ATT GCC ATT TGT GCC ATT GTG ATG GGC TCT GGC AAT GCG CCG TTT ATG TCA TTT GCC AGT CTT ATT CCG AAT ATC GCA GCC GGA CTA CAT GTA CCA GCG GTT GTA ATG ATT ATG CCG ATG CAT TTT GCC ACG ACG CTA GCG CGC GGT TTC GCC GAT TAC TGC GGT GGT GGT CGT TAC GTC AGG AAT TGC AGG CGT TTC GCC --- TTT TGC GGT GGT GAA GCG GAC AGC GAT CCC CAT GGC AGT CGG TTT CGT GGT GAA TAT GAT TGC CAC AAT CAC GCT ATT TTA TTA AGT CAT 


CODONML (in paml 3.14, January 2004)    H:\users\mt269\runpaml\NEWdna80\b3227.phy   Model: One dN/dS ratio 
Codon frequencies: F3x4
Site-class models:  PositiveSelection

ns = 5  	ls = 458
# site patterns = 129
   27    8   13    3   24    5   10   13    6    8    9    5    7   18   10
    5    7    2    7   17    2    1    1    1    1    2    1    2    4    1
    8    6    5    2    1    5    1    6    6   10    5   14    4    5   15
    5    1    1    4    1    1   10    4    2    3   14    3    1    2    1
    1    1    4    1    1    1    4    2    3    1    1    1    1    1    2
    5    2    1    1    1    1    1    1    1    1    1    2    1    2    2
    2    1    1    1    5    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1
    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1
    1    1    1    1    1    1    1    1    1

K12                                  ATG TTC GGC ATA ATT TCT GTC ATC GTA TTA ACG TAT TTG CTG AAA AAC TAC CCT CAG GTG GCT GCC GCA GGT ATC TGC GGT TGG GGG TTC GGT CTC GAT CCC ACC AGC GAT AAT GAA CGC TCC GCC GGA TCG GCG GAG ATA GGG AGT CGC TTA CCG GCA ACT CAA TTT ACC GGT ACG AGT CGT GCA GTT GCT GTA ACA CAC CTT GAC GCT CTG CTC GTC CAG TCA CAT CTG ACT GTG AAG ACA GCC GTC AGG GGG TGT CTA CCA GCG GTT TCG CCG ATT ACT GTG GTC GTT ACG TCA GGA ATT GCA GGC CCT GCG AAG CGG ACA GCG ATC ATG GCA GTC GGT TTC GTG AAT --- --- --- ATG ATT GCC ACA ATC ACG CTA TTT TAT 
S2457T                               ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... G.. ... ..A ... ... ... ... ... ... ... G.. ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ... T.. C.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ..G ... ..A ..C ... ... ... ... A.. ... ... ... A.. ... ... ..A ..G ... ... ... .T. ..T ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... --- --- --- ... ... ... ... ... ... ... ... ... 
Shig4337                             ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... G.. ... ..A ... ... ... ... ... ... ... G.. ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ... T.. C.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ..G ... ..A ..C ... ... ... ... A.. ... ... ... A.. ... ... ..A ..G ... ... ... .T. ..T ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... --- --- --- ... ... ... ... ... ... ... ... ... 
O157                                 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .GT --- ... ... ... ... ... ..A ... ... ... ... G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .C. ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ..A ..C ... ..G ... ..A ... ..T ... ... ... ... ..A ..T A.. ... ... ... ... --- --- ... ... ... ... ... ..T ... ... ... .GT T.C G.C GAT TAC TGC .GT CGT TAC GTC AGG AAT TGC AGG C.T --- TGC G.A GC. GAC AGC GAT CAT .GC AGT C.G ..T CGT G.A TAT GAT TGC CAC .A. CA. G.T ..T TTA T.. AG. C.. 
EDL933                               ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .GT --- ... ... ... ... ... ..A ... ... ... ... G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .C. ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ..A ..C ... ..G ... ..A ... ..T ... ... ... ... ..A ..T A.. ... ... ... ... --- --- ... ... ... ... ... ..T ... ... ... .GT T.C G.C GAT TAC TGC .GT CGT TAC GTC AGG AAT TGC AGG C.T --- TGC G.A GC. GAC AGC GAT CAT .GC AGT C.G ..T CGT G.A TAT GAT TGC CAC .A. CA. G.T ..T TTA T.. AG. C.. 



Codon usage in sequences
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Phe TTT 15 15 15 15 15 | Ser TCT  5  5  5  5  5 | Tyr TAT  6  6  6  6  6 | Cys TGT  1  1  1  1  1
    TTC 10 10 10 10 10 |     TCC  5  5  5  5  5 |     TAC  7  7  7  9  9 |     TGC  2  3  3  6  6
Leu TTA  9  8  8 12 12 |     TCA  3  3  3  2  2 | *** TAA  0  0  0  0  0 | *** TGA  0  0  0  0  0
    TTG  7  7  7  7  7 |     TCG  7  7  7  5  5 |     TAG  0  0  0  0  0 | Trp TGG  2  2  2  2  2
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Leu CTT  2  2  2  3  3 | Pro CCT  3  3  3  2  2 | His CAT  5  5  5  7  7 | Arg CGT  1  0  0  4  4
    CTC  7  7  7  6  6 |     CCC  2  2  2  2  2 |     CAC  4  4  4  6  6 |     CGC 11 11 11 11 11
    CTA  3  6  6  3  3 |     CCA  1  1  1  1  1 | Gln CAA  3  3  3  3  3 |     CGA  0  0  0  0  0
    CTG 21 19 19 20 20 |     CCG 11 11 11 10 10 |     CAG  8  7  7  8  8 |     CGG  1  1  1  1  1
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Ile ATT 27 27 27 25 25 | Thr ACT  4  4  4  3  3 | Asn AAT  7  7  7  8  8 | Ser AGT  5  5  5  6  6
    ATC 16 15 15 15 15 |     ACC  4  3  3  3  3 |     AAC  5  5  5  5  5 |     AGC  5  5  5  7  7
    ATA  4  4  4  3  3 |     ACA  4  4  4  4  4 | Lys AAA 10 10 10 10 10 | Arg AGA  0  0  0  0  0
Met ATG 29 29 29 27 27 |     ACG 13 14 14  9  9 |     AAG  2  3  3  1  1 |     AGG  1  1  1  3  3
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Val GTT  7  8  8  4  4 | Ala GCT  4  2  2  4  4 | Asp GAT  6  5  5  9  9 | Gly GGT 12 12 12 18 18
    GTC 14 16 16 12 12 |     GCC 17 17 17 18 18 |     GAC  3  4  4  4  4 |     GGC 14 14 14 15 15
    GTA  7  6  6  7  7 |     GCA  8  8  8  6  6 | Glu GAA  6  6  6  8  8 |     GGA  5  7  7  5  5
    GTG 24 24 24 17 17 |     GCG 19 20 20 17 17 |     GAG  5  5  5  5  5 |     GGG  6  4  4  4  4
--------------------------------------------------------------------------------------------------

Codon position x base (3x4) table for each sequence.

#1: K12            
position  1:    T:0.17363    C:0.18242    A:0.29890    G:0.34505
position  2:    T:0.44396    C:0.24176    A:0.16923    G:0.14505
position  3:    T:0.24176    C:0.27692    A:0.13846    G:0.34286

#2: S2457T         
position  1:    T:0.17363    C:0.18022    A:0.29890    G:0.34725
position  2:    T:0.44615    C:0.23956    A:0.16923    G:0.14505
position  3:    T:0.23516    C:0.28132    A:0.14505    G:0.33846

#3: Shig4337       
position  1:    T:0.17363    C:0.18022    A:0.29890    G:0.34725
position  2:    T:0.44615    C:0.23956    A:0.16923    G:0.14505
position  3:    T:0.23516    C:0.28132    A:0.14505    G:0.33846

#4: O157           
position  1:    T:0.18722    C:0.19163    A:0.28414    G:0.33700
position  2:    T:0.40969    C:0.21145    A:0.19604    G:0.18282
position  3:    T:0.26432    C:0.29515    A:0.14097    G:0.29956

#5: EDL933         
position  1:    T:0.18722    C:0.19163    A:0.28414    G:0.33700
position  2:    T:0.40969    C:0.21145    A:0.19604    G:0.18282
position  3:    T:0.26432    C:0.29515    A:0.14097    G:0.29956

Sums of codon usage counts
------------------------------------------------------------------------------
Phe F TTT      75 | Ser S TCT      25 | Tyr Y TAT      30 | Cys C TGT       5
      TTC      50 |       TCC      25 |       TAC      39 |       TGC      20
Leu L TTA      49 |       TCA      13 | *** * TAA       0 | *** * TGA       0
      TTG      35 |       TCG      31 |       TAG       0 | Trp W TGG      10
------------------------------------------------------------------------------
Leu L CTT      12 | Pro P CCT      13 | His H CAT      29 | Arg R CGT       9
      CTC      33 |       CCC      10 |       CAC      24 |       CGC      55
      CTA      21 |       CCA       5 | Gln Q CAA      15 |       CGA       0
      CTG      99 |       CCG      53 |       CAG      38 |       CGG       5
------------------------------------------------------------------------------
Ile I ATT     131 | Thr T ACT      18 | Asn N AAT      37 | Ser S AGT      27
      ATC      76 |       ACC      16 |       AAC      25 |       AGC      29
      ATA      18 |       ACA      20 | Lys K AAA      50 | Arg R AGA       0
Met M ATG     141 |       ACG      59 |       AAG      10 |       AGG       9
------------------------------------------------------------------------------
Val V GTT      31 | Ala A GCT      16 | Asp D GAT      34 | Gly G GGT      72
      GTC      70 |       GCC      87 |       GAC      19 |       GGC      72
      GTA      33 |       GCA      36 | Glu E GAA      34 |       GGA      29
      GTG     106 |       GCG      93 |       GAG      25 |       GGG      22
------------------------------------------------------------------------------

(Ambiguity data are not used in the counts.)


Codon position x base (3x4) table, overall

position  1:    T:0.17906    C:0.18522    A:0.29300    G:0.34272
position  2:    T:0.43115    C:0.22877    A:0.17994    G:0.16014
position  3:    T:0.24813    C:0.28597    A:0.14210    G:0.32380

Codon frequencies under model, for use in evolver:
  0.01952856  0.02250632  0.01118391  0.02548408
  0.01036210  0.01194213  0.00593432  0.01352217
  0.00815019  0.00939295  0.00000000  0.00000000
  0.00725347  0.00835949  0.00000000  0.00946552
  0.02020031  0.02328050  0.01156862  0.02636069
  0.01071853  0.01235292  0.00613845  0.01398730
  0.00843054  0.00971604  0.00482813  0.01100155
  0.00750297  0.00864704  0.00429691  0.00979111
  0.03195583  0.03682853  0.01830095  0.04170123
  0.01695616  0.01954167  0.00971071  0.02212718
  0.01333667  0.01537027  0.00763784  0.01740388
  0.01186931  0.01367917  0.00679749  0.01548903
  0.03737777  0.04307722  0.02140606  0.04877666
  0.01983310  0.02285730  0.01135832  0.02588149
  0.01559950  0.01797814  0.00893375  0.02035679
  0.01388317  0.01600011  0.00795082  0.01811705



Nei & Gojobori 1986. dN/dS (dN, dS)
(Pairwise deletion)
(Note: This matrix is not used in later m.l. analysis.
Use runmode = -2 for ML pairwise comparison.)

K12                 
S2457T               0.1520 (0.0059 0.0388)
Shig4337             0.1520 (0.0059 0.0388)-1.0000 (0.0000 0.0000)
O157                 0.4916 (0.0757 0.1541) 0.4748 (0.0801 0.1687) 0.4748 (0.0801 0.1687)
EDL933               0.4916 (0.0757 0.1541) 0.4748 (0.0801 0.1687) 0.4748 (0.0801 0.1687)-1.0000 (0.0000 0.0000)


TREE #  1:  ((1, (2, 3)), (4, 5));   MP score: -1
This is a rooted tree.  Please check!
lnL(ntime:  8  np: 13):  -2394.498686     +0.000000
   6..7     7..1     7..8     8..2     8..3     6..9     9..4     9..5  
  0.53191  0.01433  0.03034  0.00000  0.00000  1.00984  0.00000  0.00000  1.95380  0.88523  0.00000  0.01327 73.14645
Note: Branch length is defined as number of nucleotide substitutions per codon (not per neucleotide site).

tree length =   1.58644

((1: 0.014332, (2: 0.000004, 3: 0.000004): 0.030344): 0.531913, (4: 0.000004, 5: 0.000004): 1.009835);

((K12: 0.014332, (S2457T: 0.000004, Shig4337: 0.000004): 0.030344): 0.531913, (O157: 0.000004, EDL933: 0.000004): 1.009835);

Detailed output identifying parameters

kappa (ts/tv) =  1.95380


dN/dS for site classes (K=3)

p:   0.88523  0.00000  0.11477
w:   0.01327  1.00000 73.14645

dN & dS for each branch

 branch           t        S        N    dN/dS       dN       dS   S*dS   N*dN

   6..7       0.532    389.6    984.4   8.4067   0.2364   0.0281   11.0  232.7
   7..1       0.014    389.6    984.4   8.4067   0.0064   0.0008    0.3    6.3
   7..8       0.030    389.6    984.4   8.4067   0.0135   0.0016    0.6   13.3
   8..2       0.000    389.6    984.4   8.4067   0.0000   0.0000    0.0    0.0
   8..3       0.000    389.6    984.4   8.4067   0.0000   0.0000    0.0    0.0
   6..9       1.010    389.6    984.4   8.4067   0.4487   0.0534   20.8  441.7
   9..4       0.000    389.6    984.4   8.4067   0.0000   0.0000    0.0    0.0
   9..5       0.000    389.6    984.4   8.4067   0.0000   0.0000    0.0    0.0


Positively selected sites (*: P>95%; **: P>99%)

            Pr(w>1)     post mean +- SE for w

    31 A      0.997**       72.900
    33 I      0.977*        71.434
    44 F      0.845         61.817
    51 T      0.986*        72.137
    93 I      0.876         64.113
    97 R      0.942         68.898
   235 A      0.973*        71.168
   264 V      0.849         62.078
   268 Q      0.926         67.771
   314 A      0.971*        71.013
   409 A      0.996**       72.840
   410 V      0.983*        71.907
   411 S      0.996**       72.882
   412 P      1.000**       73.146
   413 I      1.000**       73.146
   414 T      1.000**       73.146
   415 A      0.996**       72.840
   416 V      0.994**       72.715
   417 V      0.994**       72.715
   418 V      1.000**       73.146
   419 V      1.000**       73.146
   420 T      1.000**       73.146
   421 S      1.000**       73.146
   422 G      1.000**       73.146
   423 I      1.000**       73.146
   424 A      1.000**       73.146
   425 G      0.991**       72.473
   426 V      0.983*        71.907
   427 S      0.996**       72.882
   430 A      1.000**       73.146
   431 V      0.994**       72.715
   432 V      0.994**       72.715
   433 K      0.989*        72.320
   434 R      1.000**       73.145
   435 T      1.000**       73.146
   436 A      1.000**       73.146
   437 I      1.000**       73.146
   439 M      1.000**       73.146
   440 A      0.996**       72.878
   441 V      1.000**       73.146
   442 G      0.997**       72.954
   444 V      1.000**       73.146
   445 V      0.994**       72.715
   446 N      1.000**       73.142
   450 M      1.000**       73.146
   451 I      0.908         66.402
   452 A      1.000**       73.145
   453 T      0.994**       72.679
   455 T      1.000**       73.146
   457 F      1.000**       73.145
   458 Y      0.894         65.396


Bayes Empirical Bayes (BEB) analysis
Positively selected sites (*: P>95%; **: P>99%)

            Pr(w>1)     post mean +- SE for w

    31 A      0.914         9.599 +- 2.797
    33 I      0.804         8.489 +- 3.979
    44 F      0.801         8.461 +- 3.997
    51 T      0.880         9.250 +- 3.254
    93 I      0.831         8.765 +- 3.748
    97 R      0.867         9.123 +- 3.397
   235 A      0.836         8.816 +- 3.703
   264 V      0.751         7.958 +- 4.334
   268 Q      0.845         8.907 +- 3.617
   314 A      0.816         8.611 +- 3.881
   409 A      0.908         9.531 +- 2.896
   410 V      0.861         9.066 +- 3.460
   411 S      0.883         9.280 +- 3.222
   412 P      0.999**       10.439 +- 0.399
   413 I      0.995**       10.400 +- 0.725
   414 T      0.996**       10.411 +- 0.653
   415 A      0.908         9.531 +- 2.896
   416 V      0.893         9.386 +- 3.092
   417 V      0.893         9.386 +- 3.092
   418 V      0.994**       10.390 +- 0.791
   419 V      0.994**       10.390 +- 0.788
   420 T      0.994**       10.396 +- 0.751
   421 S      0.997**       10.422 +- 0.564
   422 G      0.999**       10.437 +- 0.417
   423 I      0.995**       10.403 +- 0.705
   424 A      0.996**       10.408 +- 0.675
   425 G      0.871         9.161 +- 3.356
   426 V      0.861         9.066 +- 3.460
   427 S      0.883         9.280 +- 3.222
   430 A      0.999**       10.436 +- 0.427
   431 V      0.893         9.386 +- 3.092
   432 V      0.893         9.386 +- 3.092
   433 K      0.891         9.364 +- 3.119
   434 R      0.994**       10.391 +- 0.780
   435 T      0.998**       10.431 +- 0.486
   436 A      0.998**       10.434 +- 0.459
   437 I      0.992**       10.372 +- 0.892
   439 M      0.999**       10.439 +- 0.393
   440 A      0.910         9.553 +- 2.864
   441 V      0.992**       10.370 +- 0.900
   442 G      0.897         9.429 +- 3.035
   444 V      0.997**       10.418 +- 0.597
   445 V      0.893         9.386 +- 3.092
   446 N      0.990**       10.358 +- 0.960
   450 M      0.999**       10.439 +- 0.400
   451 I      0.816         8.610 +- 3.881
   452 A      0.994**       10.391 +- 0.781
   453 T      0.862         9.073 +- 3.452
   455 T      0.997**       10.422 +- 0.562
   457 F      0.992**       10.378 +- 0.856
   458 Y      0.867         9.124 +- 3.396



The grid (see ternary graph for p0-p1)

w0:   0.050  0.150  0.250  0.350  0.450  0.550  0.650  0.750  0.850  0.950
w2:   1.500  2.500  3.500  4.500  5.500  6.500  7.500  8.500  9.500 10.500


Posterior on the grid

w0:   0.956  0.042  0.001  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
w2:   0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.002  0.046  0.952

Posterior for p0-p1 (see the ternary graph)

 0.000
 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.001 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.041 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.105 0.851 0.000 0.000

sum of density on p0-p1 =   1.000000
