
seed used = 140004469

K12                                  ATG AAA AGA CTA TCT ATA ACC GTC CGT TTA ACC TTG CTT TTT ATA TTG CTA CTG TCT GTT GCT GGC GCC GGA ATT GTC TGG ACT CTC TAT AAT GGC CTG GCA AGT GAG TTG AAA TGG CGC GAT GAT ACA ACA CTC ATT AAC CGG ACA GCG CAG ATC AAG CAG TTG TTA ATT GAT GGG GTA AAT CCA GAT ACG TTA CCT GTG TAC TTT AAC CGG ATG ATG GAT GTT AGT CAG GAT ATC TTG ATT ATT CAT GGT GAT AGC ATC AAT AAA ATT GTT AAC CGG ACA AAT GTC AGT GAT GGC ATG TTA AAT AAC ATA CCT GCT AGT GAG ACA ATC AGC GCA GCT GGC ATT TAC AGA AGC ATT ATT AAT GAT ACA GAG ATA GAT GCT TTA CGA ATT AAT ATT GAT GAA GTT TCG CCA TCA TTA ACG GTT ACT GTG GCT AAA TTG GCT TCA GCC AGA CAT AAC ATG CTT GAA CAG TAT AAA ATT AAT AGC ATT ATA ATT TGC ATT GTC GCC ATT GTA CTT TGC TCA GTA TTA AGT CCG CTG TTA ATC AGA ACG GGA TTA CGA GAG ATC AAA AAG TTG AGT GGT GTA ACG GAA GCG CTG AAT TAT AAC GAT AGC CGA GAG CCT GTT GAG GTT AGC GCA TTA CCG AGA GAA CTA AAA CCT CTT GGG CAG GCG TTG AAT AAA ATG CAT CAT GCT TTA GTC AAA GAT TTT GAG CGT CTA AGT CAG TTT GCT GAC GAT CTC GCT CAT GAA CTT AGA ACG CCA ATT AAT GCA TTA CTG GGT CAG AAT CAG GTT ACG CTC AGT CAA ACC AGA AGT ATC GCT GAA TAT CAA AAA ACA ATT GCC GGA AAC ATT GAA GAG CTG GAA AAT ATT TCG CGG TTA ACA GAG AAC ATA CTG TTT CTT GCC AGG GCA GAT AAA AAC AAT GTT TTG GTG AAA CTG GAC TCG CTT TCT CTC AAT AAG GAA GTC GAA AAT TTG TTG GAC TAT CTT GAA TAC CTT TCA GAC GAG AAA GAG ATT TGC TTT AAG GTC GAG TGC AAT CAG CAA ATC TTT GCG GAT AAA ATT TTA CTA CAA CGA ATG TTA TCG AAT CTT ATT GTT AAT GCC ATT AGA TAT TCG CCA GAA AAA TCG CGT ATT CAT ATA ACC AGT TTT CTT GAT ACC AAC AGC TAT CTT AAT ATT GAT ATC GCC AGC CCT GGA ACG AAA ATT AAT GAG CCT GAA AAA CTC TTC CGT AGA TTT TGG CGG GGA GAT AAT TCG CGT CAT TCC GTA GGT CAG GGA CTA GGC CTT TCT TTA GTC AAA GCG ATT GCC GAA TTG CAT GGG GGA AGT GCT ACG TAT CAC TAT CTC AAT AAG CAT AAT GTG TTC CGG ATT ACG TTA CCG CAA AGA AAT 
S2457T                               ATG AAA AGA TTA TCT ATA ACC GTC CGT TTA ACC TTG CTT TTT ATA TTT CTG CAG TCT GTT GCT GGC GCT GGA ATT GTA TGG ACT CTC TAT AAT GGC CTG GCA AGT GAG TTG AAA TGG CGC GAT GAT ACA ACA CTC ATT AAC CGG ACA GCG CAG ATC AAG CAG TTG TTA ATT GAT GGG GTA AAT CCA GAT ACG TTA CCT GTG TAC TTT AAC CGG ATG ATG GAT GTT AGT CAG GAT ATT TTG ATC ATT CAT AGT GAT GGC ATC AAT AAA ATT GTT AAC CGG ACA AAT GTC AGT GAT GAC ATG TTA AAT AAC ATA CCT GCT AGT GAG ACA ATC AGC GCA GCA GGC ATT TAC AGA AGC ATT ATT AAT GAT ACA GAG ATA GAT GCT TTA CGA ATT AAC ATT GAT GAA GTT TCG CCA TCA TTA ACG GTT ACT GTG GCT AAA TTG GCT TCA GCC AGA CAT AAT ATG CTT GAA CAG TAT AAA ATT AAT AGC ATT ATA ATT TGC ATT GTC GCC ATT ATA CTG TGC TCA GTA TTA AGT CCG TTG TTA ATC AGG ACG GGG GTG CGA GAG ATC AAA AAG TTG AGT GGC GTA ACG GAA GCG CTG AAT TAT AAC GAT AGC CGA GTG CCG GTT GAG GTT AAC GCA TTA CCG AGA GAA CTA AAA CCT CTT GGG CAG GCG TTG AAT AAA ATG CAT CAT GCT TTA GTC AAA GAT TTT GAG CGC CTT AGT CAA TTT GCT GAC GAT CTC GCT CAT GAA CTT AGA ACG CCA ATT AAT GCA TTA CTG GGT CAG AAT CAG GTT ACG CTC AGT CAA ATC AGA AGT ATC GCT GAA TAT CAA AAA ACA ATT GCC GGA AAC ATT GAA GAG CTG GAA AAT ATT TCG CGG TTA ACA GAG AAT ATA CTG TTT CTT GCC AGG GCA GAC AAA AAC AAT GTT TTG GTG AAA CTG GAT TCG CTT TCT CTC AAT AAG GAA GTT GAA AAT CTT TTG GAC TAT CTT GAA TAT CTT TCA GAC GAG AAA GAG ATT TGC TTT AAG GTC AAG TGC AAT CAA CAA ATC TTT GCG GAT AAA ATT TTA CTG CAA CGA ATG TTA TCG AAT CTT ATT GTT AAC GCC ATT CGA TAT TCA CCA GAA AAA TCG CGT ATT CAT ATA ACC AGT TTT CTT GAT GCC AAC GGC TCT CTT AAT ATT GAT ATC GCC AGT CCT GGA ACG AAA ATT AAT GAG CCT GAA AAA CTC TTC CGT AGA TTT TGG CGG GGA GAT AAT TCG CGT CAT TCC GTA GGT CAG GGA CTT GGC CTT TCT TTA GTC AAA GCG ATT GCC GAA TTA CAT GGA GGA AGT GCT ACG TAT CAC TAT CTC AGT AAG CAT AAC GTG TTC CGA ATT ACG TTA CCG CAA AGA AAT 
Shig4337                             ATG AAA AGA TTA TCT ATA ACC GTC CGT TTA ACC TTG CTT TTT ATA TTT CTG CAG TCT GTT GCT GGC GCT GGA ATT GTA TGG ACT CTC TAT AAT GGC CTG GCA AGT GAG TTG AAA TGG CGC GAT GAT ACA ACA CTC ATT AAC CGG ACA GCG CAG ATC AAG CAG TTG TTA ATT GAT GGG GTA AAT CCA GAT ACG TTA CCT GTG TAC TTT AAC CGG ATG ATG GAT GTT AGT CAG GAT ATT TTG ATC ATT CAT AGT GAT GGC ATC AAT AAA ATT GTT AAC CGG ACA AAT GTC AGT GAT GAC ATG TTA AAT AAC ATA CCT GCT AGT GAG ACA ATC AGC GCA GCA GGC ATT TAC AGA AGC ATT ATT AAT GAT ACA GAG ATA GAT GCT TTA CGA ATT AAC ATT GAT GAA GTT TCG CCA TCA TTA ACG GTT ACT GTG GCT AAA TTG GCT TCA GCC AGA CAT AAT ATG CTT GAA CAG TAT AAA ATT AAT AGC ATT ATA ATT TGC ATT GTC GCC ATT ATA CTG TGC TCA GTA TTA AGT CCG TTG TTA ATC AGG ACG GGG TTG CGA GAG ATC AAA AAG TTG AGT GGC GTA ACG GAA GCG CTG AAT TAT AAC GAT AGC CGA GTG CCG GTT GAG GTT AAC GCA TTA CCG AGA GAA CTA AAA CCT CTT GGG CAG GCG TTG AAT AAA ATG CAT CAT GCT TTA GTC AAA GAT TTT GAG CGC CTT AGT CAA TTT GCT GAC GAT CTC GCT CAT GAA CTT AGA ACG CCA ATT AAT GCA TTA CTG GGT CAG AAT CAG GTT ACG CTC AGT CAA ATC AGA AGT ATC GCT GAA TAT CAA AAA ACA ATT GCC GGA AAC ATT GAA GAG CTG GAA AAT ATT TCG CGG TTA ACA GAG AAT ATA CTG TTT CTT GCC AGG GCA GAC AAA AAC AAT GTT TTG GTG AAA CTG GAT TCG CTT TCT CTC AAT AAG GAA GTT GAA AAT CTT TTG GAC TAT CTT GAA TAT CTT TCA GAC GAG AAA GAG ATT TGC TTT AAG GTC AAG TGC AAT CAA CAA ATC TTT GCG GAT AAA ATT TTA CTG CAA CGA ATG TTA TCG AAT CTT ATT GTT AAC GCC ATT CGA TAT TCA CCA GAA AAA TCG CGT ATT CAT ATA ACC AGT TTT CTT GAT GCC AAC GGC TCT CTT AAT ATT GAT ATC GCC AGT CCT GGA ACG AAA ATT AAT GAG CCT GAA AAA CTC TTC CGT AGA TTT TGG CGG GGA GAT AAT TCG CGT CAT TCC GTA GGT CAG GGA CTT GGC CTT TCT TTA GTC AAA GCG ATT GCC GAA TTA CAT GGA GGA AGT GCT ACG TAT CAC TAT CTC AGT AAG CAT AAC GTG TTC CGA ATT ACG TTA CCG CAA AGA AAT 
CFT073                               ATG AAA AGA TTA TCT ATA ACC GTC CGT TTA ACC TTG CTT TTT ATA TTG CTG CTG TCT GTT GCT GGC GCT GGA ATT GTA TGG ACT CTC TAT AAT GGC CTG GCA AGT GAG TTG AAA TGG CGC GAT GAT ACA ACA CTC ATT AAC CGG ACA GCG CAG ATC AAG CAG TTG TTA ATT GAT GGG GTA AAT CCA GAT ACG TTA CCT GTG TAC TTT AAC CGG ATG ATG GAT GTT AGT CAG GAT ATT TTG ATC ATT CAT GGT GAT GGC ATC AAT AAA ATT GTT AAC CGG ACA AAT GTC AGT GAT GAC ATG TTA AAT AAC ATA CCT GCT AGT GAG ACA ATC AGC GCA GCA GGC ATT TAC AGA AGC ATT ATT AAT GAT ACA GAG ATA GAT GCT TTA CGA ATT AAC ATT GAT GAA GTT TCG CCA TCA TTA ACG GTT ACT GTG GCT AAA TTG GCT TCA GCC AGA CAT AAT ATG CTT GAA CAG TAT AAA ATT AAT AGC ATT ATA ATT TGC ATT GTC GCC ATT ATA TTG TGC TCA GTA TTA AGT CCG TTG TTA ATC AGG ACG GGG TTG CGA GAG ATC AAA AAG TTG AGT GGC GTA ACG GAA GCG CTG AAT TAT AAC GAT AGC CGA GTG CCG GTT GAG GTT AGC GCA TTA CCG AGA GAA CTA AAA CCT CTT GGG CAG GCG TTG AAT AAA ATG CAT CAT GCT TTA GTC AAA GAT TTT GAG CGC CTT AGT CAA TTT GCT GAC GAT CTC GCT CAT GAA CTT AGA ACG CCA ATT AAT GCA TTA CTG GGT CAG AAT CAG GTT ACG CTC AGT CAA ATC AGA AGT ATC GCT GAA TAT CAA AAA ACA ATT GCC GGA AAC ATT GAA GAG CTG GAA AAT ATT TCG CGG TTA ACA GAG AAT ATA CTG TTT CTT GCC AGG GCA GAC AAA AAC AAT GTT TTG GTG AAA CTG GAT GCG CTT TCT CTC AAT AAG GAA GTT GAA AAT CTT TTG GAC TAT CTT GAA TAT CTT TCA GAC GAG AAA GAG ATT CGT TTT AAG GTC GAG TGC AAT CAA CAA ATC TTT GCG GAT AAA ATT TTA CTG CAA CGA ATG TTA TCG AAT CTT ATT GTT AAC GCC ATT CGA TAT TCA CCA GAA AAA TCG CGT ATT CAT ATA ACC AGT TTT CTT GAT GCC AAC GGT TCT CTT AAT ATT GAT ATC GCC AGT CCT GGA ACG AAA ATT AAT GAG CCT GAA AAA CTC TTC CGT AGA TTT TGG CGG GGA GAT AAT TCG CGT CAT TCC GTA GGT CAG GGA CTT GGC CTT TCT TTA GTC AAA GCG ATT GCC GAA TTA CAT GGA GGA AGT GCT ACG TAT CAC TAT CTC AGT AAG CAT AAC GTG TTC CGA ATT ACG TTA CCG CAA AGA AAT 
O157                                 ATG AAA AGA TTA TCT ATA ACC GTC CGT TTA ACC TTG CTT TTT ATA TTG CTG CTG TCT GTT GCT GGC GCC GGA ATT GTC TGG ACT CTC TAT AAT GGC CTC GCA AGT GAG TTG AAA TGG CGC GAT GAT ACA ACA CTC ATT AAC CGG ACA GCG CAG ATC AAG CAG TTA TTA ATT GAT GGG GTA AAT CCA GAT ACG TTA CCT GTA TAC TTT AAC CGG ATG ATG GAT GTT AGT CAG GAT ATC TTG ATC ATT CAT GGT GAT GGC ATC AAT AAA ATT GTT AAC CGG ACA AAT GTC AGT GAT GAC ATG TTA AAT AAC ATA CCT GCT AGT GAG ACA ATC AGC GCA GCT GGC ATT TAC AGA AGC ATT ATT AAT GAT ACA GAG ATA GAT GCT TTA CGA ATT AAT ATT GAT GAA GTT TCG CCA TCA TTA ACG GTT ACT GTG GCT AAA TTG GCT TCA GCC AGA CAT AAC ATG CTT GAA CAG TAT AAA ATC AAT AGC ATT ATA ATT TGC ATT GTC GCC ATT ATA CTG TGC TCA GTA TTA AGT CCG CTG TTA ATC CGA ACG GGG TTA CGA GAG ATC AAA AAG TTG AGT GGT GTA ACG GAA GCG CTG AAT TAT AAC GAT AGC CGG GAG CCT GTT GAG GTT AGC GCA TTA CCG AGA GAA CTA AAA CCT CTT GGG CAG GCG TTG AAT AAA ATG CAT CAT GCT TTA GTC AAA GAT TTT GAG CGT CTA AGT CAG TTT GCT GAC GAT CTC GCT CAT GAA CTT AGA ACG CCA ATT AAT GCA TTA CTG GGT CAG AAT CAG GTT ACG CTC AGT CAA ACC AGA AGT ATC GCT GAA TAT CAA AAA ACA ATT GCC GGT AAC ATT GAA GAG CTG GAA AAT ATT TCG CGG TTA ACA GAG AAC ATA CTG TTT CTT GCC AGG GCA GAT AAA AAC AAT GTT TTG GTG AAA CTG GAC TCG CTT TCT CTC AAT AAG GAA GTC GAA AAT TTG TTG GAC TAT CTT GAA TAT CTT TCA GAC GAG AAA GAG ATT TGC TTT AAG GTC GAG TGC AAT CAG CAA ATC TTT GCG GAT AAA ATT TTA CTG CAA CGA ATG TTA TCG AAT CTT ATT GTT AAC GCT ATT CGA TAT TCG CCA GAA AAA TCG CGT ATT CAT ATA ACC AGT TTT CTT GAT ACC AAC AGC TAT CTT AAT ATT GAT ATC GCC AGC CCT GGA GCG AAA ATT AAT GAG CCT GAA AAA CTC TTC CGT AGA TTT TGG CGG GGA GAT AAT TCG CGT CAT TCC GTA GGT CAG GGA CTT GGT CTT TCT TTA GTC AAA GCG ATT GCC GAA TTG CAT GGG GGA AGT GCT ACG TAT CAC TAT CTC AAT AAG CAT AAT GTG TTC CGG ATT ACG TTG CCG CAA AGA AAT 


CODONML (in paml 3.14, January 2004)    H:\users\mt269\runpaml\NEWdna80\b1968.phy   Model: One dN/dS ratio 
Codon frequencies: F3x4
Site-class models:  PositiveSelection

ns = 5  	ls = 452
# site patterns = 117
    7   18    8    1    4    7    3    6    4   15    8   12    9    1    2
    1   10   10    3    1    5   27    1    3    2    7    8   21    1    5
   11   11    1   18    8    8    5    5    8    8    5    1    2    4    4
    8    5    1    2    1    1    9    1    1    1    4    1    3    2   14
    5    4    3    6    2    1    3    1    1    3    1    1    1    1    1
    5    1    1    1    1    1    1    1    2    3    2    5    1    1    1
    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1
    1    1    2    1    1    1    1    1    1    1    1    1

1       
K12                   ATG AAA AGA CTA TCT ATA ACC GTC CGT TTA TTG CTT TTT TTG CTA CTG GTT GCT GGC GCC GGA ATT GTC TGG ACT CTC TAT AAT CTG GCA AGT GAG CGC GAT ACA AAC CGG GCG CAG ATC AAG TTG GGG GTA CCA ACG CCT GTG TAC ATC ATT CAT GGT AGC GGC AGC GCT CGA AAT GAA TCG TCA GTG GCC AAC ATT TGC GTA CTT CCG CTG AGA GGA TTA GGT CTG CGA GAG CCT AGC CTA CGT CTA CAG GAC GGT CAA ACC GGA AGG GAT GAC TCG GTC TTG TAC TGC GAG AAT GCC AGA TCG ACC AGC TAT AGC ACG TTC TCC CTA GGC TTG GGG CAC AAT CGG TTA 
S2457T                ... ... ... T.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ..G .A. ... ... ... ..T ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ..C ... A.. G.. .A. ... ..A ... ..C ... ... ... ... ... ..T ... ... A.. ..G ... T.. ..G ..G G.G ..C ... ... .T. ..G .A. ... ..C ..T ..A ... ... ... .T. ... ... ..C ..T ... ..T C.T ..T ... A.. ..C ... C.. ..A G.. G.. .C. ..T ... ... ... ..T ... ..A ..A ... .G. ..A ... 
Shig4337              ... ... ... T.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ..G .A. ... ... ... ..T ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ..C ... A.. G.. .A. ... ..A ... ..C ... ... ... ... ... ..T ... ... A.. ..G ... T.. ..G ..G ..G ..C ... ... .T. ..G .A. ... ..C ..T ..A ... ... ... .T. ... ... ..C ..T ... ..T C.T ..T ... A.. ..C ... C.. ..A G.. G.. .C. ..T ... ... ... ..T ... ..A ..A ... .G. ..A ... 
CFT073                ... ... ... T.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ..T ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ..C ... ... G.. .A. ... ..A ... ..C ... ... ... ... ... ..T ... ... A.. T.G ... T.. ..G ..G ..G ..C ... ... .T. ..G ... ... ..C ..T ..A ... ... ... .T. ... ... ..C ..T G.. ..T C.T ..T C.T ... ..C ... C.. ..A G.. G.T .C. ..T ... ... ... ..T ... ..A ..A ... .G. ..A ... 
O157                  ... ... ... T.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ..A ... ... ..C ... ... G.. .A. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... A.. ..G ... ... C.. ..G ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ..C ..T C.. ... ... ... ... ... G.. ... ... ..T ..T ... ... ... ... ... ..G 

Codon usage in sequences
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Phe TTT  9 10 10  9  9 | Ser TCT  4  5  5  5  4 | Tyr TAT  9  9  9  9 10 | Cys TGT  0  0  0  0  0
    TTC  2  2  2  2  2 |     TCC  1  1  1  1  1 |     TAC  3  2  2  2  2 |     TGC  4  4  4  3  4
Leu TTA 17 18 18 18 18 |     TCA  4  5  5  5  4 | *** TAA  0  0  0  0  0 | *** TGA  0  0  0  0  0
    TTG 12 10 11 13 12 |     TCG  7  6  6  5  7 |     TAG  0  0  0  0  0 | Trp TGG  3  3  3  3  3
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Leu CTT 13 15 15 15 13 | Pro CCT  6  5  5  5  6 | His CAT  9  9  9  9  9 | Arg CGT  5  4  4  5  5
    CTC  7  7  7  7  8 |     CCC  0  0  0  0  0 |     CAC  1  1  1  1  1 |     CGC  1  2  2  2  1
    CTA  6  1  1  1  2 |     CCA  4  4  4  4  4 | Gln CAA  5  7  7  7  5 |     CGA  4  6  6  6  5
    CTG  8  9  9  9 10 |     CCG  3  4  4  4  3 |     CAG 10  9  9  8 10 |     CGG  6  5  5  5  7
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Ile ATT 29 29 29 29 27 | Thr ACT  2  2  2  2  2 | Asn AAT 25 23 23 23 24 | Ser AGT 11 14 14 13 11
    ATC  9 10 10 10 11 |     ACC  5  3  3  3  5 |     AAC 10 12 12 11 11 |     AGC  8  4  4  5  7
    ATA  7  8  8  8  8 |     ACA  8  8  8  8  8 | Lys AAA 18 18 18 18 18 | Arg AGA 10  8  8  8  8
Met ATG  7  7  7  7  7 |     ACG  9  9  9  9  8 |     AAG  5  6  6  5  5 |     AGG  1  2  2  2  1
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Val GTT 10 11 11 11 10 | Ala GCT 11 11 11 11 12 | Asp GAT 19 19 19 19 19 | Gly GGT  4  2  2  4  6
    GTC  8  6  6  6  8 |     GCC  8  8  8  8  7 |     GAC  4  5  5  5  5 |     GGC  5  7  7  6  4
    GTA  5  5  5  5  5 |     GCA  5  6  6  6  5 | Glu GAA 14 14 14 14 14 |     GGA  7  7  7  7  5
    GTG  4  6  5  5  3 |     GCG  5  5  5  6  6 |     GAG 13 11 11 12 13 |     GGG  3  3  3  3  4
--------------------------------------------------------------------------------------------------

Codon position x base (3x4) table for each sequence.

#1: K12            
position  1:    T:0.16593    C:0.19469    A:0.36283    G:0.27655
position  2:    T:0.33850    C:0.18142    A:0.32080    G:0.15929
position  3:    T:0.36726    C:0.16814    A:0.25221    G:0.21239

#2: S2457T         
position  1:    T:0.16593    C:0.19469    A:0.36062    G:0.27876
position  2:    T:0.34071    C:0.18142    A:0.32080    G:0.15708
position  3:    T:0.37168    C:0.16372    A:0.25442    G:0.21018

#3: Shig4337       
position  1:    T:0.16814    C:0.19469    A:0.36062    G:0.27655
position  2:    T:0.34071    C:0.18142    A:0.32080    G:0.15708
position  3:    T:0.37168    C:0.16372    A:0.25442    G:0.21018

#4: CFT073         
position  1:    T:0.16593    C:0.19469    A:0.35619    G:0.28319
position  2:    T:0.34292    C:0.18142    A:0.31637    G:0.15929
position  3:    T:0.37389    C:0.15929    A:0.25442    G:0.21239

#5: O157           
position  1:    T:0.16814    C:0.19690    A:0.35619    G:0.27876
position  2:    T:0.33850    C:0.18142    A:0.32301    G:0.15708
position  3:    T:0.36947    C:0.17035    A:0.24115    G:0.21903

Sums of codon usage counts
------------------------------------------------------------------------------
Phe F TTT      47 | Ser S TCT      23 | Tyr Y TAT      46 | Cys C TGT       0
      TTC      10 |       TCC       5 |       TAC      11 |       TGC      19
Leu L TTA      89 |       TCA      23 | *** * TAA       0 | *** * TGA       0
      TTG      58 |       TCG      31 |       TAG       0 | Trp W TGG      15
------------------------------------------------------------------------------
Leu L CTT      71 | Pro P CCT      27 | His H CAT      45 | Arg R CGT      23
      CTC      36 |       CCC       0 |       CAC       5 |       CGC       8
      CTA      11 |       CCA      20 | Gln Q CAA      31 |       CGA      27
      CTG      45 |       CCG      18 |       CAG      46 |       CGG      28
------------------------------------------------------------------------------
Ile I ATT     143 | Thr T ACT      10 | Asn N AAT     118 | Ser S AGT      63
      ATC      50 |       ACC      19 |       AAC      56 |       AGC      28
      ATA      39 |       ACA      40 | Lys K AAA      90 | Arg R AGA      42
Met M ATG      35 |       ACG      44 |       AAG      27 |       AGG       8
------------------------------------------------------------------------------
Val V GTT      53 | Ala A GCT      56 | Asp D GAT      95 | Gly G GGT      18
      GTC      34 |       GCC      39 |       GAC      24 |       GGC      29
      GTA      25 |       GCA      28 | Glu E GAA      70 |       GGA      33
      GTG      23 |       GCG      27 |       GAG      60 |       GGG      16
------------------------------------------------------------------------------


Codon position x base (3x4) table, overall

position  1:    T:0.16681    C:0.19513    A:0.35929    G:0.27876
position  2:    T:0.34027    C:0.18142    A:0.32035    G:0.15796
position  3:    T:0.37080    C:0.16504    A:0.25133    G:0.21283

Codon frequencies under model, for use in evolver:
  0.02172972  0.00967206  0.01472850  0.01247255
  0.01158542  0.00515675  0.00785264  0.00664986
  0.02045815  0.00910607  0.00000000  0.00000000
  0.01008779  0.00449015  0.00000000  0.00579025
  0.02541858  0.01131400  0.01722882  0.01458990
  0.01355217  0.00603217  0.00918572  0.00777875
  0.02393115  0.01065193  0.01622064  0.01373614
  0.01180030  0.00525240  0.00799830  0.00677321
  0.04680247  0.02083213  0.03172292  0.02686395
  0.02495320  0.01110686  0.01691339  0.01432278
  0.04406370  0.01961308  0.02986657  0.02529194
  0.02172754  0.00967109  0.01472702  0.01247130
  0.03631226  0.01616286  0.02461261  0.02084272
  0.01936024  0.00861739  0.01312246  0.01111250
  0.03418736  0.01521705  0.02317234  0.01962305
  0.01685758  0.00750343  0.01142614  0.00967601



Nei & Gojobori 1986. dN/dS (dN, dS)
(Note: This matrix is not used in later m.l. analysis.
Use runmode = -2 for ML pairwise comparison.)

K12                 
S2457T               0.1257 (0.0155 0.1236)
Shig4337             0.1177 (0.0146 0.1237)-1.0000 (0.0010 0.0000)
CFT073               0.0965 (0.0126 0.1307) 0.8098 (0.0077 0.0095) 0.7077 (0.0068 0.0096)
O157                 0.0584 (0.0039 0.0660) 0.1098 (0.0136 0.1236) 0.1019 (0.0126 0.1237) 0.0720 (0.0097 0.1345)


TREE #  1:  ((1, (2, 3)), (4, 5));   MP score: 96
This is a rooted tree.  Please check!
lnL(ntime:  8  np: 13):  -2290.453492     +0.000000
   6..7     7..1     7..8     8..2     8..3     6..9     9..4     9..5  
  0.00000  0.12065  0.01293  0.00234  0.00000  0.00000  0.01334  0.11484  4.26081  0.94223  0.00000  0.00000  3.26339
Note: Branch length is defined as number of nucleotide substitutions per codon (not per neucleotide site).

tree length =   0.26410

((1: 0.120652, (2: 0.002340, 3: 0.000004): 0.012930): 0.000000, (4: 0.013337, 5: 0.114840): 0.000000);

((K12: 0.120652, (S2457T: 0.002340, Shig4337: 0.000004): 0.012930): 0.000000, (CFT073: 0.013337, O157: 0.114840): 0.000000);

Detailed output identifying parameters

kappa (ts/tv) =  4.26081


dN/dS for site classes (K=3)

p:   0.94223  0.00000  0.05777
w:   0.00000  1.00000  3.26339

dN & dS for each branch

 branch           t        S        N    dN/dS       dN       dS   S*dS   N*dN

   6..7       0.000    354.4   1001.6   0.1885   0.0000   0.0000    0.0    0.0
   7..1       0.121    354.4   1001.6   0.1885   0.0189   0.1004   35.6   19.0
   7..8       0.013    354.4   1001.6   0.1885   0.0020   0.0108    3.8    2.0
   8..2       0.002    354.4   1001.6   0.1885   0.0004   0.0019    0.7    0.4
   8..3       0.000    354.4   1001.6   0.1885   0.0000   0.0000    0.0    0.0
   6..9       0.000    354.4   1001.6   0.1885   0.0000   0.0000    0.0    0.0
   9..4       0.013    354.4   1001.6   0.1885   0.0021   0.0111    3.9    2.1
   9..5       0.115    354.4   1001.6   0.1885   0.0180   0.0956   33.9   18.0


Positively selected sites (*: P>95%; **: P>99%)

            Pr(w>1)     post mean +- SE for w

    16 L      1.000**       3.263
    18 L      1.000**       3.263
    84 G      1.000**       3.263
    86 S      1.000**       3.263
    99 G      1.000**       3.263
   170 V      1.000**       3.263
   184 L      1.000**       3.263
   204 E      1.000**       3.263
   209 S      1.000**       3.263
   265 T      1.000**       3.263
   309 S      1.000**       3.263
   319 L      0.831         2.711
   333 C      1.000**       3.263
   337 E      1.000**       3.263
   378 T      1.000**       3.263
   380 S      1.000**       3.263
   381 Y      1.000**       3.263
   391 T      1.000**       3.263
   439 N      1.000**       3.263


Bayes Empirical Bayes (BEB) analysis
Positively selected sites (*: P>95%; **: P>99%)

            Pr(w>1)     post mean +- SE for w

   204 E      0.860         4.831 +- 2.369
   265 T      0.856         4.808 +- 2.373
   319 L      0.839         4.751 +- 2.637
   378 T      0.874         4.897 +- 2.333
   380 S      0.866         4.855 +- 2.351
   381 Y      0.857         4.813 +- 2.373
   439 N      0.620         3.569 +- 2.549



The grid (see ternary graph for p0-p1)

w0:   0.050  0.150  0.250  0.350  0.450  0.550  0.650  0.750  0.850  0.950
w2:   1.500  2.500  3.500  4.500  5.500  6.500  7.500  8.500  9.500 10.500


Posterior on the grid

w0:   1.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
w2:   0.014  0.071  0.162  0.213  0.196  0.145  0.094  0.056  0.031  0.017

Posterior for p0-p1 (see the ternary graph)

 0.000
 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.001 0.998

sum of density on p0-p1 =   1.000000
