
seed used = 140002377

K12                                  TTG AGT TAC TCC GGT AAT GTC GTC TTA GCA AAG CTG GTA AGC AAT GGA TGG TCA AAT AAT TTC CTC AAT GCC GCC TTT ACC TCG GCA TTA ATG TTT GGT TAT TTC ATC GGC TCA CTT ACT GGT GGG TTT ATT GGT GAC TAC TTT GGG CGG CGC AGG GCG TTT CGC ATA AAT CTT CTC ATC GTC GGT ATT GCT GCA ACA GGG GCC GCT TTT GTC CCT GAT ATG TAC TGG CTC ATC TTC TTT CGC TTC CTG ATG GGA ACA GGA ATG GGG GCG CTG ATT ATG GTT GGC TAT GCC TCA TTT ACG GAG TTT ATC CCC GCG ACG GTG CGT GGA AAA TGG TCC GCG CGG CTC TCA TTT GTT GGT AAC TGG TCG CCC ATG CTG TCT GCG GCG ATA GGC GTG GTG GTT ATC GCT TTT TTT AGT TGG CGA ATA ATG TTT CTG CTG GGT GGT ATT GGC ATA CTG TTA GCC TGG TTT CTC TCA GGT AAA TAC TTT ATC GAG TCG CCA CGA TGG CTG GCA GGG AAA GGG CAA ATC GCA GGT GCA GAA TGC CAA CTT CGT GAA GTA GAG CAG CAA ATT GAA AGA GAG AAG AGT ATT CGT TTA CCC CCG CTT ACT TCG TAT CAG AGC AAC AGC AAG GTT AAA GTA ATC AAG GGT ACT TTC TGG CTC CTG TTT AAA GGT GAA ATG TTA CGA CGT ACA TTA GTC GCG ATT ACT GTT TTA ATT GCA ATG AAC ATT TCG CTT TAT ACC ATC ACC GTA TGG ATA CCG ACC ATA TTT GTT AAC TCC GGC ATT GAT GTC GAT AAA TCA ATA TTA ATG ACC GCT GTT ATT ATG ATT GGC GCT CCG GTA GGA ATA TTT ATT GCG GCA TTA ATT ATT GAT CAT TTT CCT CGT CGG TTA TTT GGC TCC ACC TTA CTT ATT ATT ATT GCC GTG TTA GGC TAT ATC TAT TCA ATT CAG ACT ACA GAG TGG GCG ATT TTA ATC TAT GGA CTG GTG ATG ATC TTC TTT TTA TAC ATG TAT GTT TGC TTC GCG TCG GCG GTT TAT ATC CCG GAG CTT TGG CCA ACG CAT TTA CGC CTG CGC GGT TCG GGT TTC GTT AAT GCC GTC GGA CGG ATC GTC GCA GTC TTC ACG CCC TAT GGC GTT GCG GCA TTA TTA ACA CAT TAT GGG TCG ATC ACG GTG TTT ATG GTA CTT GGT GTT ATG TTA TTG CTC TGT GCG CTG GTT CTC TCC ATT TTT GGC ATC GAA ACG CGG AAG GTG TCG TTG GAA GAG ATT TCT GAG GTG AAT 
S2457T                               TTG AGT TAC TCA GGT AAT GTC GTC TTA GCA AAG CTG GTA AGC AAT GGA TGG TCA AAT AAT TTC CTC TAT GCC GCC TTT ACC TCG GCA TTA ATG TTT GGT TAT TTC ATC GGC TCA CTT ACT GGT GGG TTT ATT GGT GAC TAC TTT GGG CGG CGC AGG GCG TTT CGC ATA AAT CTT CTC ATC GTC GGT ATT GCT GCA ACA GGG GCC GCT TTT GTC CCT GAT ATG TAC TGG CTC ATT TTC TTT CGC TTC CTG ATG GGA ACA GGA ATG GGG GCG CTG ATT ATG GTT GGC TAT GCC TCA TTT ACG GAG TTT ATC CCC GCG ACG GTG CGT GGA AAA TGG TCC GCG CGG CTC TCA TTT GTT GGT AAC TGG TCG CCC ATG CTG TCT GCG GCG ATA GGC GTG GTG GTT ATC GCT TTT TTT AGT TGG CGA ATA ATG TTT CTT CTG GGT GGT ATT GGC ATA CTG TTA GCC TGG TTT CTC TCA GGT AAA TAC TTT ATC GAG TCG CCA CGA TGG CTG GAA GGG AAA GGG CAA ATC GCC GGT GCA GAA AGC CAA CTT CGT GAA GTA GAG CAG CAA ATT GAA AGG GAG AAG AGT ATT CGT TTA CCC CAG CTT ACT TTG AAC CAG AGC AAC AGC AAG GTT AAG GTA ATC AAG GGT ACC TTC AGG CTC CTG TTT AAA GGG GAA ATG TTA CGA CGT ACA TTA GTT GCG ATA ACT GTT TTA ATT GCA ATG AAC ATT TCG CTT TAT ACC ATT ACC GTA TGG ATA CCG ACC ATA TTT GTT AAC TCC GGC ATT GAT GTC GAT AAA TCA ATA TTA ATG ACC GCT GTT ATT ATG ATT GGT GCT CCG GTA GGA ATA TTT ATT GCG GCA TTA ATT ATT GAT CAT TTT CCT CGT CGA TTA TTT GGC TCC GCC TTA CTT ATT ATT ATT GCC GTG TTA GGC TAT ATC TAT TCA AGT CAG ACT ACA GAG TGG GCG ATT TTA ATC TAT GGT CTG GTG ATG ATC TTC TTT TTA TAC ATG TAT GTT TGC TTC GCG TCG GCG GTT TAT ATC CCG GAG CTT TGG CCA ACG CAT TTA CGC CTG CGC GGT TCG GGT TTC GTT AAT GCC GTC GGA CGG ATC GTC GCA GTT TTC ACG CCC TAT GGC GTT GCG GCA TTA TTA ACA CAT TAT GGG TCG ATC ACG GTG TTT ATG GTG CTT GGT GTC ATG TTA GTG CTC TGT GCG CTG GTT CTC TCC ATT TTT GGC ATC GAA ACG CGG AAG GTG TCG CTG GAA GAG ATT TCT GAG GTG AAT 
Shig4337                             TTG AGT TAC TCA GGT AAT GTC GTC TTA GCA AAG CTG GTA AGC AAT GGA TGG TCA AAT AAT TTC CTC TAT GCC GCC TTT ACC TCG GCA TTA ATG TTT GGT TAT TTC ATC GGC TCA CTT ACT GGT GGG TTT ATT GGT GAC TAC TTT GGG CGG CGC AGG GCG TTT CGC ATA AAT CTT CTC ATC GTC GGT ATT GCT GCA ACA GGG GCC GCT TTT GTC CCT GAT ATG TAC TGG CTC ATT TTC TTT CGC TTC CTG ATG GGA ACA GGA ATG GGG GCG CTG ATT ATG GTT GGC TAT GCC TCA TTT ACG GAG TTT ATC CCC GCG ACG GTG CGT GGA AAA TGG TCC GCG CGG CTC TCA TTT GTT GGT AAC TGG TCG CCC ATG CTG TCT GCG GCG ATA GGC GTG GTG GTT ATC GCT TTT TTT AGT TGG CGA ATA ATG TTT CTT CTG GGT GGT ATT GGC ATA CTG TTA GCC TGG TTT CTC TCA GGT AAA TAC TTT ATC GAG TCG CCA CGA TGG CTG GAA GGG AAA GGG CAA ATC GCC GGT GCA GAA AGC CAA CTT CGT GAA GTA GAG CAG CAA ATT GAA AGG GAG AAG AGT ATT CGT TTA CCC CAG CTT ACT TTG AAC CAG AGC AAC AGC AAG GTT AAG GTA ATC AAG GGT ACC TTC AGG CTC CTG TTT AAA GGG GAA ATG TTA CGA CGT ACA TTA GTT GCG ATA ACT GTT TTA ATT GCA ATG AAC ATT TCG CTT TAT ACC ATT ACC GTA TGG ATA CCG ACC ATA TTT GTT AAC TCC GGC ATT GAT GTC GAT AAA TCA ATA TTA ATG ACC GCT GTT ATT ATG ATT GGT GCT CCG GTA GGA ATA TTT ATT GCG GCA TTA ATT ATT GAT CAT TTT CCT CGT CGA TTA TTT GGC TCC GCC TTA CTT ATT ATT ATT GCC GTG TTA GGC TAT ATC TAT TCA AGT CAG ACT ACA GAG TGG GCG ATT TTA ATC TAT GGT CTG GTG ATG ATC TTC TTT TTA TAC ATG TAT GTT TGC TTC GCG TCG GCG GTT TAT ATC CCG GAG CTT TGG CCA ACG CAT TTA CGC CTG CGC GGT TCG GGT TTC GTT AAT GCC GTC GGA CGG ATC GTC GCA GTT TTC ACG CCC TAT GGC GTT GCG GCA TTA TTA ACA CAT TAT GGG TCG ATC ACG GTG TTT ATG GTG CTT GGT GTC ATG TTA GTG CTC TGT GCG CTG GTT CTC TCC ATT TTT GGC ATC GAA ACG CGG AAG GTG TCG CTG GAA GAG ATT TCT GAG GTG AAT 
CFT073                               TTG AGT TAC TCC GGT AAT GTC GTC TTA GCA AAG CTG GTA AGC AAT GGA TGG TCA AAT AAT TTC CTC AAT GCC GCC TTT ACC TCG GCA TTA ATG TTT GGT TAT TTC ATC GGC TCT CTT ACC GGT GGG TTT ATT GGT GAC TAC TTT GGG CGG CGC AGG GCG TTT CGC ATA AAT CTT CTC ATC GTC GGT ATT GCG GCA ACA GGG GCC GCT TTT GTC CCT GAT ATG CAC TGG CTC ATC TTC TTT CGC TTC CTG ATG GGA ACA GGA ATG GGG GCG CTG ATT ATG GTT GGC TAT GCC TCA TTT ACG GAG TTT ATC CCC GCG ACG GTG CGT GGA AAA TGG TCC GCG CGG CTC TCA TTT GTT GGT AAC TGG TCG CCC ATG CTC TCT GCG GCG ATA GGC GTG GTG GTT ATC GCT TTT TTT AGT TGG CGG ATA ATG TTT CTG CTG GGC GGT ATT GGC ATA CTG TTA GCG TGG TTT CTC TCA GGT AAA TAC TTT ATT GAG TCG CCA CGA TGG CTG GCA GGG AAA GGG CAA ATC GCA GGT GCA GAA AGC CAA CTT CGT GAA GTA GAG CAG CAA ATT GAA AGA GAG AAG AGT ATT CGT TTA CCC CCG CTT ACT TTG AAC CAG AGC AAC AGC AAG GTT AAG GTA ATC AAG GGT ACC TTC TGG CTC CTG TTT AAA GGG GAA ATG TTA CGA CGT ACA TTA GTC GCG ATT ACT GTT TTA ATT GCA ATG AAC ATT TCG CTT TAT ACC ATC ACC GTA TGG ATA CCG ACC ATA TTT GTT AAC TCC GGC ATT GAT GTT GAT AAA TCA ATA TTA ATG ACC GCT GTT ATT ATG ATT GGC GCT CCG GTA GGG ATA TTT ATT GCG GCA TTA ATT ATT GAT CAT TTT CCT CGT CGA TTA TTT GGC TCT GCC TTA CTT ATT ATT ATT GCT GTG TTA GGC TAT ATC TAT TCA ATT CAG ACT ACA GAG TGG GCG ATT TTA ATC TAT GGC CTG GTG ATG ATC TTC TTT TTA TAC ATG TAT GTG TGC TTC GCG TCG GCG GTT TAT ATC CCG GAA CTT TGG CCA ACG CAT TTA CGC CTG CGT GGT TCG GGT TTC GTT AAT GCC GTC GGA CGG ATC GTC GCA GTC TTC ACG CCC TAT GGC GTT GCG GCA TTA TTA ACA CAT TAT GGG TCG ATC ACG GTG TTT ATG GTG CTT GGT GTC ATG TTA GTG CTC TGT GCG CTG GTT CTC TCC ATT TTT GGC ATC GAA ACG CGG AAG GTG TCG CTG GAA GAG ATT TCT GAG GTG AAT 
O157                                 TTG AGT TAC TCC GGT AAT GTC GTC TTA GCA AAG CTG GTA AGC AAT GGA TGG TCA AAT AAT TTC CTC AAT GCC GCC TTT ACC TCG GCA TTA ATG TTT GGT TAT TTC ATC GGC TCT CTT ACC GGT GGG TTC ATC GGT GAT TAC TTT GGG CGG CGC AGG GCG TTT CGC ATA AAT CTT CTC ATC GTC GGT ATT GCT GCA ACA GGG GCC GCT TTT GTC CCT GAT ATG TAC TGG CTT ATC TTC TTT CGC TTC CTG ATG GGA ACA GGA ATG GGG GCG CTG ATT ATG GTT GGC TAT GCC TCA TTT ACG GAG TTT ATC CCC GCG ACG GTG CGT GGA AAA TGG TCC GCG CGG CTC TCA TTT GTT GGT AAC TGG TCG CCC ATG CTG TCT GCG GCG ATA GGT GTG GTG GTT ATC GCT TTT TTT AGT TGG CGG ATA ATG TTT CTG TTG GGT GGT ATT GGC ATA CTG TTA GCC TGG TTT CTC TCA GGT AAA TAC TTT ATT GAG TCG CCA CGA TGG CTG GCA GGG AAA GGG CAA ATC GCA GGT GCA GAA TGC CAA CTT CGT GAA GTA GAG CAG CAA ATT GAA AGA GAG AAG AGT ATT CGT TTA CCC CCG CTT ACT TCG TAT CAG AGC AAC AGC AAG GTT AAA GTA ATC AAG GGT ACT TTC TGG CTC CTG TTT AAA GGT GAA ATG TTA CGA CGT ACA TTA GTC GCG ATT ACT GTT TTA ATT GCA ATG AAC ATT TCG CTT TAT ACC ATC ACC GTA TGG ATA CCG ACC ATA TTT GTT AAC TCC GGC ATT GAT GTC GAT AAA TCA ATA TTA ATG ACC GCT GTT ATT ATG ATT GGC GCT CCG GTA GGA ATA TTT ATT GCG GCA TTA ATT ATT GAT CAT TTT CCT CGT CGG TTA TTT GGC TCC ACC TTA CTT ATT ATT ATT GCA GTG TTA GGC TAT ATC TAT TCA ATT CAG ACT ACA GAG TGG GCG ATT TTA ATC TAT GGC CTG GTG ATG ATC TTC TTT TTA TAC ATG TAT GTT TGC TTC GCG TCG GCG GTT TAT ATC CCG GAG CTT TGG CCA ACG CAT TTA CGC CTG CGC GGT TCG GGT TTC GTT AAT GCC GTC GGA CGG ATC GTC GCA GTC TTC ACG CCC TAT GGC GTT GCG GCA TTA TTA ACA CAT TAT GGG TCG ATC ACG GTG TTT ATG GTA CTT GGT GTC ATG TTA TTG CTC TGT GCG CTG GTT CTC TCC ATT TTT GGC ATC GAA ACG CGG AAG GTG TCG TTG GAA GAG ATT TCT GAG GTA AAT 


CODONML (in paml 3.14, January 2004)    H:\users\mt269\runpaml\NEWdna80\b1769.phy   Model: One dN/dS ratio 
Codon frequencies: F3x4
Site-class models:  PositiveSelection

ns = 5  	ls = 416
# site patterns = 106
    1    3    4    1   13    7    6   18    8    5    9    5    3    5   10
    6    9    7    1    5   22    5    8   15   10   13    8    1    8    1
    7    1    1    1    4    4    1   13    8   19    1    5    4    2    4
    1    1    2   11    6    7    4    7    5    5    3    4    1    2    1
    1    1    1    1    1    1    2    2    1    3    1    6    1    3    1
    1    3    1    1    1    1    1    1    2    1    3    1    1    1    3
    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1
    1

1       
K12                   TTG AGT TAC TCC GGT AAT GTC TTA GCA AAG CTG GTA AGC GGA TGG TCA TTC CTC AAT GCC TTT ACC TCG ATG TAT ATC GGC TCA CTT ACT GGG TTT ATT GAC CGG CGC AGG GCG ATA ATT GCT ACA GCT CCT GAT TAC CTC ATC GTT ACG GAG CCC GTG CGT AAA TCC AAC CTG TCT GGC CGA CTG CTG GGT GCC ATC CCA CGA GCA CAA GCA GAA TGC CAG AGA CCG ACT TCG TAT AAA ACT TGG GGT GTC ATT CCG GTC GGC GGA CAT CGG TCC ACC GCC ATT GGA GTT TGC GAG CGC GTA GTT TTG TGT TTG GTG 
S2457T                ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... T.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... .A. ... ..C ... A.. ... ..G .A. ... .T. A.C ..G ..C A.. ..G ..T ..A ... ... ..T ... ... ..A ... G.. ... .G. ..T ... ... ... ... ..G ..C G.. ... C.. ... 
Shig4337              ... ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... T.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... .A. ... ..C ... A.. ... ..G .A. ... .T. A.C ..G ..C A.. ..G ..T ..A ... ... ..T ... ... ..A ... G.. ... .G. ..T ... ... ... ... ..G ..C G.. ... C.. ... 
CFT073                ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... ... C.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ..G ... ... ..C ..G ..T ... ... ... ... ... ... A.. ... ... ... ... .T. A.C ..G ..C ... ..G ... ... ... ..T ... ..G ... ..A ..T G.. ..T ... ..C ..G ... ..A ..T ..G ..C G.. ... C.. ... 
O157                  ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ..C ... ..C ..C ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ..G ... T.. ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A ... ..C ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ..A 

Codon usage in sequences
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Phe TTT 23 23 23 23 22 | Ser TCT  2  2  2  4  3 | Tyr TAT 11 11 11 10 11 | Cys TGT  1  1  1  1  1
    TTC  9  9  9  9 10 |     TCC  5  4  4  4  5 |     TAC  5  5  5  4  5 |     TGC  2  1  1  1  2
Leu TTA 18 18 18 18 18 |     TCA  7  8  8  6  6 | *** TAA  0  0  0  0  0 | *** TGA  0  0  0  0  0
    TTG  3  2  2  2  4 |     TCG  9  8  8  8  9 |     TAG  0  0  0  0  0 | Trp TGG 11 10 10 11 11
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Leu CTT  8  9  9  8  9 | Pro CCT  2  2  2  2  2 | His CAT  3  3  3  3  3 | Arg CGT  5  5  5  6  5
    CTC  8  8  8  9  7 |     CCC  4  4  4  4  4 |     CAC  0  0  0  1  0 |     CGC  5  5  5  4  5
    CTA  0  0  0  0  0 |     CCA  2  2  2  2  2 | Gln CAA  3  3  3  3  3 |     CGA  3  4  4  3  2
    CTG 12 12 12 12 11 |     CCG  4  3  3  4  4 |     CAG  3  4  4  3  3 |     CGG  5  4  4  5  6
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Ile ATT 22 22 22 23 22 | Thr ACT  5  4  4  3  4 | Asn AAT  8  7  7  8  8 | Ser AGT  3  4  4  3  3
    ATC 16 14 14 15 16 |     ACC  6  6  6  7  7 |     AAC  4  5  5  5  4 |     AGC  3  4  4  4  3
    ATA  8  9  9  8  8 |     ACA  5  5  5  5  5 | Lys AAA  6  5  5  5  6 | Arg AGA  1  0  0  1  1
Met ATG 15 15 15 15 15 |     ACG  6  6  6  6  6 |     AAG  5  6  6  6  5 |     AGG  1  3  3  1  1
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Val GTT 13 14 14 12 12 | Ala GCT  5  5  5  5  5 | Asp GAT  4  4  4  4  5 | Gly GGT 15 16 16 13 16
    GTC  9  8  8  9 10 |     GCC  7  9  9  6  6 |     GAC  1  1  1  1  0 |     GGC 10  9  9 12 10
    GTA  6  5  5  5  7 |     GCA 10  8  8 10 11 | Glu GAA  6  7  7  7  6 |     GGA  7  6  6  5  6
    GTG  8 10 10 11  7 |     GCG 13 13 13 15 13 |     GAG  8  8  8  7  8 |     GGG  7  8  8  9  7
--------------------------------------------------------------------------------------------------

Codon position x base (3x4) table for each sequence.

#1: K12            
position  1:    T:0.25481    C:0.16106    A:0.27404    G:0.31010
position  2:    T:0.42788    C:0.22115    A:0.16106    G:0.18990
position  3:    T:0.31250    C:0.22596    A:0.19712    G:0.26442

#2: S2457T         
position  1:    T:0.24519    C:0.16346    A:0.27644    G:0.31490
position  2:    T:0.42788    C:0.21394    A:0.16587    G:0.19231
position  3:    T:0.31731    C:0.22115    A:0.19231    G:0.26923

#3: Shig4337       
position  1:    T:0.24519    C:0.16346    A:0.27644    G:0.31490
position  2:    T:0.42788    C:0.21394    A:0.16587    G:0.19231
position  3:    T:0.31731    C:0.22115    A:0.19231    G:0.26923

#4: CFT073         
position  1:    T:0.24279    C:0.16587    A:0.27644    G:0.31490
position  2:    T:0.43029    C:0.21875    A:0.16106    G:0.18990
position  3:    T:0.30769    C:0.22837    A:0.18750    G:0.27644

#5: O157           
position  1:    T:0.25721    C:0.15865    A:0.27404    G:0.31010
position  2:    T:0.42788    C:0.22115    A:0.16106    G:0.18990
position  3:    T:0.31490    C:0.22596    A:0.19471    G:0.26442

Sums of codon usage counts
------------------------------------------------------------------------------
Phe F TTT     114 | Ser S TCT      13 | Tyr Y TAT      54 | Cys C TGT       5
      TTC      46 |       TCC      22 |       TAC      24 |       TGC       7
Leu L TTA      90 |       TCA      35 | *** * TAA       0 | *** * TGA       0
      TTG      13 |       TCG      42 |       TAG       0 | Trp W TGG      53
------------------------------------------------------------------------------
Leu L CTT      43 | Pro P CCT      10 | His H CAT      15 | Arg R CGT      26
      CTC      40 |       CCC      20 |       CAC       1 |       CGC      24
      CTA       0 |       CCA      10 | Gln Q CAA      15 |       CGA      16
      CTG      59 |       CCG      18 |       CAG      17 |       CGG      24
------------------------------------------------------------------------------
Ile I ATT     111 | Thr T ACT      20 | Asn N AAT      38 | Ser S AGT      17
      ATC      75 |       ACC      32 |       AAC      23 |       AGC      18
      ATA      42 |       ACA      25 | Lys K AAA      27 | Arg R AGA       3
Met M ATG      75 |       ACG      30 |       AAG      28 |       AGG       9
------------------------------------------------------------------------------
Val V GTT      65 | Ala A GCT      25 | Asp D GAT      21 | Gly G GGT      76
      GTC      44 |       GCC      37 |       GAC       4 |       GGC      50
      GTA      28 |       GCA      47 | Glu E GAA      33 |       GGA      30
      GTG      46 |       GCG      67 |       GAG      39 |       GGG      39
------------------------------------------------------------------------------


Codon position x base (3x4) table, overall

position  1:    T:0.24904    C:0.16250    A:0.27548    G:0.31298
position  2:    T:0.42837    C:0.21779    A:0.16298    G:0.19087
position  3:    T:0.31394    C:0.22452    A:0.19279    G:0.26875

Codon frequencies under model, for use in evolver:
  0.03445231  0.02463894  0.02115678  0.02949286
  0.01751616  0.01252687  0.01075648  0.01499469
  0.01310812  0.00937441  0.00000000  0.00000000
  0.01535080  0.01097829  0.00000000  0.01314104
  0.02248046  0.01607715  0.01380500  0.01924438
  0.01142946  0.00817390  0.00701870  0.00978418
  0.00855317  0.00611689  0.00525241  0.00732194
  0.01001655  0.00716344  0.00615105  0.00857466
  0.03811037  0.02725504  0.02340315  0.03262435
  0.01937598  0.01385694  0.01189857  0.01658679
  0.01449991  0.01036976  0.00890423  0.01241263
  0.01698072  0.01214394  0.01042767  0.01453632
  0.04329817  0.03096515  0.02658892  0.03706536
  0.02201355  0.01574323  0.01351827  0.01884468
  0.01647371  0.01178136  0.01011632  0.01410231
  0.01929223  0.01379704  0.01184714  0.01651509



Nei & Gojobori 1986. dN/dS (dN, dS)
(Note: This matrix is not used in later m.l. analysis.
Use runmode = -2 for ML pairwise comparison.)

K12                 
S2457T               0.1715 (0.0108 0.0629)
Shig4337             0.1715 (0.0108 0.0629)-1.0000 (0.0000 0.0000)
CFT073               0.0804 (0.0065 0.0804) 0.0737 (0.0065 0.0876) 0.0737 (0.0065 0.0876)
O157                 0.0000 (0.0000 0.0459) 0.1057 (0.0108 0.1021) 0.1057 (0.0108 0.1021) 0.0768 (0.0065 0.0840)


TREE #  1:  ((1, (2, 3)), (4, 5));   MP score: 64
This is a rooted tree.  Please check!
lnL(ntime:  8  np: 13):  -2024.894858     +0.000000
   6..7     7..1     7..8     8..2     8..3     6..9     9..4     9..5  
  0.00758  0.00384  0.07947  0.00000  0.00000  0.00585  0.06585  0.02117  2.55478  0.96221  0.00000  0.00000  4.32012
Note: Branch length is defined as number of nucleotide substitutions per codon (not per neucleotide site).

tree length =   0.18376

((1: 0.003842, (2: 0.000004, 3: 0.000004): 0.079470): 0.007579, (4: 0.065849, 5: 0.021167): 0.005846);

((K12: 0.003842, (S2457T: 0.000004, Shig4337: 0.000004): 0.079470): 0.007579, (CFT073: 0.065849, O157: 0.021167): 0.005846);

Detailed output identifying parameters

kappa (ts/tv) =  2.55478


dN/dS for site classes (K=3)

p:   0.96221  0.00000  0.03779
w:   0.00000  1.00000  4.32012

dN & dS for each branch

 branch           t        S        N    dN/dS       dN       dS   S*dS   N*dN

   6..7       0.008    368.9    879.1   0.1633   0.0010   0.0062    2.3    0.9
   7..1       0.004    368.9    879.1   0.1633   0.0005   0.0031    1.2    0.4
   7..8       0.079    368.9    879.1   0.1633   0.0105   0.0645   23.8    9.3
   8..2       0.000    368.9    879.1   0.1633   0.0000   0.0000    0.0    0.0
   8..3       0.000    368.9    879.1   0.1633   0.0000   0.0000    0.0    0.0
   6..9       0.006    368.9    879.1   0.1633   0.0008   0.0047    1.8    0.7
   9..4       0.066    368.9    879.1   0.1633   0.0087   0.0535   19.7    7.7
   9..5       0.021    368.9    879.1   0.1633   0.0028   0.0172    6.3    2.5


Positively selected sites (*: P>95%; **: P>99%)

            Pr(w>1)     post mean +- SE for w

    23 N      1.000**       4.320
    75 Y      1.000**       4.320
   169 A      1.000**       4.320
   179 C      1.000**       4.320
   198 P      1.000**       4.320
   201 S      1.000**       4.320
   202 Y      1.000**       4.320
   216 W      1.000**       4.320
   295 T      1.000**       4.320
   309 I      1.000**       4.320
   391 L      1.000**       4.320


Bayes Empirical Bayes (BEB) analysis
Positively selected sites (*: P>95%; **: P>99%)

            Pr(w>1)     post mean +- SE for w

   179 C      0.899         5.025 +- 2.458
   201 S      0.867         4.868 +- 2.525
   202 Y      0.896         5.017 +- 2.466
   295 T      0.874         4.902 +- 2.513
   391 L      0.868         4.873 +- 2.524



The grid (see ternary graph for p0-p1)

w0:   0.050  0.150  0.250  0.350  0.450  0.550  0.650  0.750  0.850  0.950
w2:   1.500  2.500  3.500  4.500  5.500  6.500  7.500  8.500  9.500 10.500


Posterior on the grid

w0:   1.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
w2:   0.032  0.101  0.165  0.183  0.163  0.128  0.093  0.064  0.043  0.028

Posterior for p0-p1 (see the ternary graph)

 0.000
 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.994

sum of density on p0-p1 =   1.000000
