
seed used = 139997221

K12                                  ATG GGC ATC AAA CAA CAC AAT GGG AAT ACC AAA GCA GAT CGT CTC GCT GAA TTA AAA ATC CGT TCG CCC TCA ATT CAA CTG ATA AAA TTT GGC GCT ATT GGT TTG AAT GCA ATT ATC TTT TCC CCC CTG CTG ATA GCT GCT GAT ACA GGA AGT CAA TAT GGC ACC AAT ATT ACT ATT AAT GAT GGT GAC AGA ATT ACA GGA GAT ACC GCC GAT CCA TCA GGA AAC CTC TAT GGT GTA ATG ACC CCA GCA GGA AAC ACG CCT GGC AAT ATC AAC CTG GGT AAT GAT GTC ACC GTC AAT GTC AAC GAC GCC TCT GGA TAT GCA AAA GGA ATC ATT ATT CAG GGC --- AAA AAC AGC TCC CTG ACA GCT AAC CGA CTC ACA GTA GAT GTT GTT GGT CAA ACC TCT GCC ATC GGC ATT AAC TTA ATT GGT GAC TAT ACC CAT GCT GAC TTA GGC ACA GGC AGC ACC ATT AAG AGT AAC GAT GAC GGC ATC ATT ATT GGG CAT AGC TCA ACA CTA ACA GCC ACT CAA TTC ACC ATT GAA AAC TCG AAC GGT ATA GGC CTA ACC ATC AAT GAC TAT GGC ACC AGT GTC GAT CTT GGA AGC GGA AGT AAA ATC ACG ACC GAT GGA AGT ACA GGT GTT TAT ATC GGT GGT CTC AAC GGC AAT AAC GCC AAT GGT GCT GCG CGT TTT ACG GCT ACA GAC CTG ACA ATC GAT GTT CAG GGC TAC AGC GCC ATG GGG ATA AAC GTA CAG AAA AAC TCT GTT GTC GAT CTC GGA ACA AAC AGT ACC ATT AAA ACC AAT GGC GAT AAT GCT CAC GGC CTC TGG AGC TTT GGC CAG GTT AGC GCG AAT GCA CTC ACT GTT GAT GTA ACT GGA GCC GCG GCC AAT GGC GTC GAA GTT CGT GGT GGT ACA ACC ACT ATC GGT GCA GAT AGC CAT ATT TCT TCC GCG CAG GGC GGT GGC CTC GTC ACC AGT GGT TCA GAC GCG ATA ATC AAT TTT ACT GGC ACG GCA GCG CAA CGA AAC AGC ATC TTT TCC GGC GGT TCT TAT GGT GCC TCG --- GCC CAG ACG GCA ACG GCT GTT GTC AAC ATG CAA AAT ACC GAT ATT ACA GTT GAT CGT AAT GGC AGT CTG GCG CTG GGT TTG TGG GCT CTC AGC GGC GGT AGA ATA ACC GGA GAC AGT TTG GCT ATC ACC GGC GCG GCA GGA GCC AGG GGA ATT TAT GCC ATG ACC AAC AGC CAG ATC GAC CTC ACG AGC GAT CTG GTC ATT GAT ATG AGT ACA CCC GAC CAG ATG GCC ATC GCA ACG CAA CAT GAC GAT GGT TAT GCC GCC AGC CGC ATC AAC GCC TCG GGT CGT ATG CTT ATC AAC GGT AGC GTT CTT TCC AAA GGT GGG CTA ATC AAT CTG GAT ATG CAC CCT GGG TCG GTT TGG ACA GGT TCC TCC CTC AGC GAT AAT GTC AAT GGC GGA AAA CTG GAC GTT GCA ATG AAT AAC AGC GTC TGG AAC GTA ACA AGT AAT TCT AAT CTC GAC ACG CTG GCG CTG AGC CAT TCA ACT GTC GAT TTT GCC AGC CAC GGG TCA ACT GCC GGC ACA TTT GCC ACA TTA AAC GTA GAG AAC CTG AGC GGT AAC AGT ACC TTT ATT ATG CGT GCT GAT GTT GTT GGC GAG GGT AAT GGC GTT AAT AAT AAA GGG 
S2457T                               ATG GGC ATC AAA CAA CAC AAT GGG AAT ACC AAA GCC GAT CGT CTC GCT GAA TTA AAA ATC CGT TCG CCC TCA ATT CAA CTG ATA AAA TTT GGC GCT ATT GGT TTG AAT GCA ATT ATC TTT TCC CCC CTG CTG ATA GCT GCT GAT ACA GGA AGT CAA TAT GGC ACC AAT ATT ACT ATT AAT GAT GGT GAC AGA ATT ACA GGA GAT ACC GCC GAT CCA TCA GGA AAC CTC TAT GGT GTA ATG ACC CCA GCA GGA AAC ACG CCT GGC AAT ATC AAC CTG GGT AAT GAT GTC ACC GTC AAT GTC AAC GAC GCC TCT GGA TAT GCA AAA GGA ATC ATT ATT CAG GGC --- AAA AAC AGC TCC CTG ACA GCT AAC CGA CTC ACA GTA GAT GTT GTT GGT CAA ACC TCT GCC ATC GGC ATT AAC TTA ATT GGT GAC TAT ACC CAT GCT GAC TTA GGC ACA GGC AGC ACC ATT AAG AGT AAC GAT GAC GGC ATC ATT ATT GGG CAT AGC TCA ACA CTA ACA GCC ACT CAA TTC ACC ATT GAA AAC TCG AAC GGT ATA GGC CTA ACC ATC AAT GAC TAT GGC ACC AGT GTC GAT CTT GGA AGC GGA AGT AAA ATC AAG ACC GAT GGA AGT ACA GGT GTT TAT ATC GGT GGT CTC AAC GGC AAT AAC GCC AAT GGT GCT GCG CGT TTT ACG GCG ACA GAC CTG ACA ATC GAT GTT CAG GGC TAC AGC GCC ATG GGG ATA AAC GTA CAG AAA AAC TCT GTT GTC GAT CTC GGA ACA AAC AGT ACC ATT AAA ACC AAT GGC GAT AAT GCT CAC GGC CTC TGG AGC TTT GGC CAG GTT AGC GCG AAT GCA CTC ACT GTT GAT GTA ACT GGA GCC GCG GCC AAT GGC GTC GAA GTT CGT GGT GGT ACA ACC ACT ATC GGT GCA GAT AGC CAT ATT TCT TCC GCG CAG GGC GGT GGC CTC GTC ACC AGT AGT TCA GAC GCG ACA ATC AAT TTT TCT GGC ACG GCA GCG CAA CGA AAC AGC ATC TTT TCC GGC GGT TCT TAT GGT GCC TCG --- GCC CAG ACG GCA ACG GCT GTT ATC AAC ATG CAA AAT ACC GAT ATT ACG GTT GAT CGT AAT GGC AGT CTG GCG CTG GGT TTG TGG GCG CTC AGC GGC GGT AGA ATA ACC GGA GAC AGT TTG GCT ATC ACC GGC GCG GCA GGA GCC AGA GGG ATT TAT GCC ATG ACC AAC AGC CAG ATC GAC CTC ACG AGC GAT CTG GTC ATT GAT ATG AGT ACA CCC GAC CAG ATG GCC ATC GCA ACG CAA CAT GAC GAT GGT TAT GCC GCC AGC CGC ATC AAC GCC TCG GGT CGT ATG CTT ATC AAC GGT AGC GTT CTT TCC AAA GGT GGG CTA ATC AAT CTG GAT ATG CAC CCT GGG TCG GTT TGG ACA GGT TCC TCC CTC AGC GAT AAT GTC AAT GGC GGG AAA CTG GAC GTT GCA ATG AAT AAC AGC GTC TGG AAC GTA ACA AGT AAT TCT AAT CTC GAC ACG CTG GCG CTG AGC CAT TCA ACT GTC GAT TTT GCC AGC CAC GGG TCA ACT GCC GGC ACA TTT ACC ACA TTA AAC GTA GAG AAC CTG AGC GGT AAC AGT ACC TTT ATT ATG CGT GCT GAT GTT GTT GGC GAG GGT AAT GGC GTT AAT AAT AGA GGG 
Shig4337                             ATG GGC ATC AAA CAA CAC AAT GGG AAT ACC AAA GCC GAT CGT CTC GCT GAA TTA AAA ATC CGT TCG CCC TCA ATT CAA CTG ATA AAA TTT GGC GCT ATT GGT TTG AAT GCA ATT ATC TTT TCC CCC CTG CTG ATA GCT GCT GAT ACA GGA AGT CAA TAT GGC ACC AAT ATT ACT ATT AAT GAT GGT GAC AGA ATT ACA GGA GAT ACC GCC GAT CCA TCA GGA AAC CTC TAT GGT GTA ATG ACC CCA GCA GGA AAC ACG CCT GGC AAT ATC AAC CTG GGT AAT GAT GTC ACC GTC AAT GTC AAC GAC GCC TCT GGA TAT GCA AAA GGA ATC ATT ATT CAG GGC --- AAA AAC AGC TCC CTG ACA GCT AAC CGA CTC ACA GTA GAT GTT GTT GGT CAA ACC TCT GCC ATC GGC ATT AAC TTA ATT GGT GAC TAT ACC CAT GCT GAC TTA GGC ACA GGC AGC ACC ATT AAG AGT AAC GAT GAC GGC ATC ATT ATT GGG CAT AGC TCA ACA CTA ACA GCC ACT CAA TTC ACC ATT GAA AAC TCG AAC GGT ATA GGC CTA ACC ATC AAT GAC TAT GGC ACC AGT GTC GAT CTT GGA AGC GGA AGT AAA ATC AAG ACC GAT GGA AGT ACA GGT GTT TAT ATC GGT GGT CTC AAC GGC AAT AAC GCC AAT GGT GCT GCG CGT TTT ACG GCG ACA GAC CTG ACA ATC GAT GTT CAG GGC TAC AGC GCC ATG GGG ATA AAC GTA CAG AAA AAC TCT GTT GTC GAT CTC GGA ACA AAC AGT ACC ATT AAA ACC AAT GGC GAT AAT GCT CAC GGC CTC TGG AGC TTT GGC CAG GTT AGC GCG AAT GCA CTC ACT GTT GAT GTA ACT GGA GCC GCG GCC AAT GGC GTC GAA GTT CGT GGT GGT ACA ACC ACT ATC GGT GCA GAT AGC CAT ATT TCT TCC GCG CAG GGC GGT GGC CTC GTC ACC AGT AGT TCA GAC GCG ACA ATC AAT TTT TCT GGC ACG GCA GCG CAA CGA AAC AGC ATC TTT TCC GGC GGT TCT TAT GGT GCC TCG --- GCC CAG ACG GCA ACG GCT GTT ATC AAC ATG CAA AAT ACC GAT ATT ACG GTT GAT CGT AAT GGC AGT CTG GCG CTG GGT TTG TGG GCG CTC AGC GGC GGT AGA ATA ACC GGA GAC AGT TTG GCT ATC ACC GGC GCG GCA GGA GCC AGA GGG ATT TAT GCC ATG ACC AAC AGC CAG ATC GAC CTC ACG AGC GAT CTG GTC ATT GAT ATG AGT ACA CCC GAC CAG ATG GCC ATC GCA ACG CAA CAT GAC GAT GGT TAT GCC GCC AGC CGC ATC AAC GCC TCG GGT CGT ATG CTT ATC AAC GGT AGC GTT CTT TCC AAA GGT GGG CTA ATC AAT CTG GAT ATG CAC CCT GGG TCG GTT TGG ACA GGT TCC TCC CTC AGC GAT AAT GTC AAT GGC GGG AAA CTG GAC GTT GCA ATG AAT AAC AGC GTC TGG AAC GTA ACA AGT AAT TCT AAT CTC GAC ACG CTG GCG CTG AGC CAT TCA ACT GTC GAT TTT GCC AGC CAC GGG TCA ACT GCC GGC ACA TTT ACC ACA TTA AAC GTA GAG AAC CTG AGC GGT AAC AGT ACC TTT ATT ATG CGT GCT GAT GTT GTT GGC GAG GGT AAT GGC GTT AAT AAT AGA GGG 
O157                                 ATG GGC ATC AAA CAA CAC AAT GGG AAT ACC AAA GCC GAT CGT CTC GCT GAA TTA AAA ATC CGT TCG CCC TCA ATT CAA CTG ATA AAA TTT GGC GCT ATT GGT TTG AAT GCA ATT CTC TTT TCC CCC CTG CTG ATA GCT GCT GAT ACA GGA AGT CAA TAT GGC ACC AAT ATT ACT ATT AAT GAT GGT GAC AGA ATT ACT GGA GAT ACC GCC GAT CCA TCA GGA AAC CTC TAT GGT GTA ATG ACC CCA GCA GGA AAC ACG CCT GGC AAT ATC AAC CTG GGT AAT GAT GTC ACC GTC AAT GTC AAC GAC GCC TCT GGA TAT GCA AAA GGA ATC ATT ATT CAG GGC --- AAA AAC AGC TCC CTG ACA GCT AAC CGA CTC ACA GTA GAT GTT GTT GGT CAA ACC TCT GCC ATC GGC ATT AAT TTA ATT GGT GAC TAT ACC CAT GCT GAC TTA GGC ACA GGC AGC ACC ATT AAG AGT AAC GAT GAC GGC ATC ATT ATT GGG CAT AGC TCA ACA CTA ACA GCC ACT CAA TTC ACC ATT GAA AAC TCG AAC GGT ATA GGC CTA ACC ATC AAT GAC TAT GGC ACC AGT GTC GAT CTT GGA AGC GGA AGT AAA ATC AAG ACC GAT GGA AGT ACA GGT GTT TAT ATC GGT GGT CTC AAC GGC AAT AAC GCC AAT GGT GCT GCG CGT TTT ACG GCG ACA GAC CTG ACA ATC GAT GTT CAG GGC TAC AGC GCC ATG GGG ATA AAC GTA CAG AAA AAC TCT GTT GTC GAT CTC GGA ACA AAC AGT TCC ATT AAA ACC AGT GGC GAT AAT GCA CAC GGC CTC TGG AGC TTT GGC CAG GTT AGC GCG AAT GCA CTC ACT GTT GAT GTA ACT GGA GCC GCG GCC AAT GGC GTC GAA GTT CGT GGT GGT ACA ACC ACT ATC GGT GCA GAT AGC CAT ATT TCT TCC GCG CAG GGC GGT GGT CTC GTC ACC AGT GGT TCA GAC GCG ACA ATC AAT TTT TCT GGC ACG GCA GCG CAA CGA AAC AGC ATC TTT TCC GGC GGT TCT TAT GGT GCC TCG --- GCC CAG ACG GCA ACG GCT GTT ATC AAC ATG CAA AAT ACC GAT ATT ACG GTT GAT CGT AAT GGC AGT CTG GCG CTG GGT TTG TGG GCG CTC AGC GGC GGT AGA ATA ACC GGA GAC AGT TTG GCT ATC ACC GGC GCG GCA GGA GCC AGG GGG ATT TAT GCC ATG ACC AAC AGC CAG ATC GAC CTC ACG AGC GAT CTG GTC ATT GAT ATG AGT ACA CCC GAC CAG ATG GCC ATC GCA ACG CAA CAT GAC GAT GGT TAT GCC GCC AGC CGC ATC AAC GCC TCG GGT CGT ATG CTT ATC AAC GGT AGC GTT CTT TCC AAA GGT GGG CTA ATC AAT CTG GAT ATG CAC CCT GGG TCG GTT TGG ACA GGT TCC TCC CTC AGC GAT AAT GTC AAT GGC GGG AAA CTG GAC GTT GCA ATG AAT AAC AGC GTC TGG AAC GTA ACA AGT AAT TCT AAT CTC GAC ACG CTG GCG CTG AGC CAT TCA ACT GTC GAT TTT GCC AGC CAC GGG TCA ACT GCC GGC ACA TTT ACC ACA TTA AAC GTA GAG AAC CTG AGC GGT AAC AGT ACC TTT ATT ATG CGT GCT GAT GTT GTT GGC GAG GGT AAT GGC GTT AAG CCC TGG GCC 
EDL933                               ATG GGC ATC AAA CAA CAC AAT GGG AAT ACC AAA GCC GAT CGT CTC GCT GAA TTA AAA ATC CGT TCG CCC TCA ATT CAA CTG ATA AAA TTT GGC GCT ATT GGT TTG AAT GCA ATT CTC TTT TCC CCC CTG CTG ATA GCT GCT GAT ACA GGA AGT CAA TAT GGC ACC AAT ATT ACT ATT AAT GAT GGT GAC AGA ATT ACT GGA GAT ACC GCC GAT CCA TCA GGA AAC CTC TAT GGT GTA ATG ACC CCA GCA GGA AAC ACG CCT GGC AAT ATC AAC CTG GGT AAT GAT GTC ACC GTC AAT GTC AAC GAC GCC TCT GGA TAT GCA AAA GGA ATC ATT ATT CAG GGC --- AAA AAC AGC TCC CTG ACA GCT AAC CGA CTC ACA GTA GAT GTT GTT GGT CAA ACC TCT GCC ATC GGC ATT AAT TTA ATT GGT GAC TAT ACC CAT GCT GAC TTA GGC ACA GGC AGC ACC ATT AAG AGT AAC GAT GAC GGC ATC ATT ATT GGG CAT AGC TCA ACA CTA ACA GCC ACT CAA TTC ACC ATT GAA AAC TCG AAC GGT ATA GGC CTA ACC ATC AAT GAC TAT GGC ACC AGT GTC GAT CTT GGA AGC GGA AGT AAA ATC AAG ACC GAT GGA AGT ACA GGT GTT TAT ATC GGT GGT CTC AAC GGC AAT AAC GCC AAT GGT GCT GCG CGT TTT ACG GCG ACA GAC CTG ACA ATC GAT GTT CAG GGC TAC AGC GCC ATG GGG ATA AAC GTA CAG AAA AAC TCT GTT GTC GAT CTC GGA ACA AAC AGT TCC ATT AAA ACC AGT GGC GAT AAT GCA CAC GGC CTC TGG AGC TTT GGC CAG GTT AGC GCG AAT GCA CTC ACT GTT GAT GTA ACT GGA GCC GCG GCC AAT GGC GTC GAA GTT CGT GGT GGT ACA ACC ACT ATC GGT GCA GAT AGC CAT ATT TCT TCC GCG CAG GGC GGT GGT CTC GTC ACC AGT GGT TCA GAC GCG ACA ATC AAT TTT TCT GGC ACG GCA GCG CAA CGA AAC AGC ATC TTT TCC GGC GGT TCT TAT GGT GCC TCG --- GCC CAG ACG GCA ACG GCT GTT ATC AAC ATG CAA AAT ACC GAT ATT ACG GTT GAT CGT AAT GGC AGT CTG GCG CTG GGT TTG TGG GCG CTC AGC GGC GGT AGA ATA ACC GGA GAC AGT TTG GCT ATC ACC GGC GCG GCA GGA GCC AGG GGG ATT TAT GCC ATG ACC AAC AGC CAG ATC GAC CTC ACG AGC GAT CTG GTC ATT GAT ATG AGT ACA CCC GAC CAG ATG GCC ATC GCA ACG CAA CAT GAC GAT GGT TAT GCC GCC AGC CGC ATC AAC GCC TCG GGT CGT ATG CTT ATC AAC GGT AGC GTT CTT TCC AAA GGT GGG CTA ATC AAT CTG GAT ATG CAC CCT GGG TCG GTT TGG ACA GGT TCC TCC CTC AGC GAT AAT GTC AAT GGC GGG AAA CTG GAC GTT GCA ATG AAT AAC AGC GTC TGG AAC GTA ACA AGT AAT TCT AAT CTC GAC ACG CTG GCG CTG AGC CAT TCA ACT GTC GAT TTT GCC AGC CAC GGG TCA ACT GCC GGC ACA TTT ACC ACA TTA AAC GTA GAG AAC CTG AGC GGT AAC AGT ACC TTT ATT ATG CGT GCT GAT GTT GTT GGC GAG GGT AAT GGC GTT AAG CCC TGG GCC 


CODONML (in paml 3.14, January 2004)    H:\users\mt269\runpaml\NEWdna80\b1202.phy   Model: One dN/dS ratio 
Codon frequencies: F3x4
Site-class models:  PositiveSelection

ns = 5  	ls = 549
# site patterns = 78
   11   27   19   11    8    4   24    6   20    1   24    7   12   10    3
    4    5    3    6   20   14    5    9   26    3   10    1    7   16   13
   12    9    7   14    2    1   18    2   24    6    8    2   11    6    8
    2   19    2   16    1    5    1    3    1    3    1    9    2    1    1
    1    1    4    1    1    1    1    1    1    1    2    1    1    2    1
    1    1    1

K12                                  ATG GGC ATC AAA CAA CAC AAT GGG ACC GCA GAT CGT CTC GCT GAA TTA TCG CCC TCA ATT CTG ATA TTT GGT TTG GCA ATC TCC ACA GGA AGT TAT ACT GAC AGA ACA GCC CCA AAC GTA ACG CCT GTC TCT CAG --- AGC CGA GTT AAC CAT AAG CTA TTC CTT ACG GCG GCT TAC ACC AAT GCT TGG GGC GGT ATA ACT GTC ACA AGG GGA CGC GCC GAG AAT AAT AAA GGG 
S2457T                               ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... --- ... ... ... ... ... ... ... ... ... .A. ... ..G ... ... ... ... ... ... A.. .C. T.. A.. ..G ..A ..G ... A.. ... ... ... .G. ... 
Shig4337                             ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... --- ... ... ... ... ... ... ... ... ... .A. ... ..G ... ... ... ... ... ... A.. .C. T.. A.. ..G ..A ..G ... A.. ... ... ... .G. ... 
O157                                 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... C.. ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... --- ... ... ... ..T ... ... ... ... ... .A. ... ..G ... T.. .G. ..A ... ..T ... .C. T.. A.. ..G ... ..G ... A.. ... ..G CCC TGG .CC 
EDL933                               ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... C.. ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... --- ... ... ... ..T ... ... ... ... ... .A. ... ..G ... T.. .G. ..A ... ..T ... .C. T.. A.. ..G ... ..G ... A.. ... ..G CCC TGG .CC 



Codon usage in sequences
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Phe TTT  9  9  9  9  9 | Ser TCT  6  7  7  7  7 | Tyr TAT  9  9  9  9  9 | Cys TGT  0  0  0  0  0
    TTC  1  1  1  1  1 |     TCC  7  7  7  8  8 |     TAC  1  1  1  1  1 |     TGC  0  0  0  0  0
Leu TTA  4  4  4  4  4 |     TCA  6  6  6  6  6 | *** TAA  0  0  0  0  0 | *** TGA  0  0  0  0  0
    TTG  3  3  3  3  3 |     TCG  5  5  5  5  5 |     TAG  0  0  0  0  0 | Trp TGG  4  4  4  5  5
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Leu CTT  3  3  3  3  3 | Pro CCT  2  2  2  2  2 | His CAT  5  5  5  5  5 | Arg CGT  7  7  7  7  7
    CTC 12 12 12 13 13 |     CCC  3  3  3  4  4 |     CAC  4  4  4  4  4 |     CGC  1  1  1  1  1
    CTA  3  3  3  3  3 |     CCA  2  2  2  2  2 | Gln CAA  8  8  8  8  8 |     CGA  2  2  2  2  2
    CTG 14 14 14 14 14 |     CCG  0  0  0  0  0 |     CAG  8  8  8  8  8 |     CGG  0  0  0  0  0
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Ile ATT 20 20 20 20 20 | Thr ACT  8  7  7  8  8 | Asn AAT 27 27 27 25 25 | Ser AGT 12 13 13 13 13
    ATC 20 21 21 20 20 |     ACC 21 22 22 21 21 |     AAC 25 25 25 24 24 |     AGC 19 19 19 19 19
    ATA  6  5  5  5  5 |     ACA 18 18 18 17 17 | Lys AAA 12 11 11 11 11 | Arg AGA  2  4  4  2  2
Met ATG 11 11 11 11 11 |     ACG  9  9  9  9  9 |     AAG  1  2  2  3  3 |     AGG  1  0  0  1  1
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Val GTT 16 16 16 16 16 | Ala GCT 13 11 11 10 10 | Asp GAT 24 24 24 24 24 | Gly GGT 27 26 26 28 28
    GTC 12 11 11 11 11 |     GCC 19 19 19 20 20 |     GAC 14 14 14 14 14 |     GGC 28 28 28 27 27
    GTA  6  6  6  6  6 |     GCA 11 10 10 11 11 | Glu GAA  3  3  3  3  3 |     GGA 15 13 13 13 13
    GTG  0  0  0  0  0 |     GCG  9 11 11 11 11 |     GAG  2  2  2  2  2 |     GGG  7  9  9  8  8
--------------------------------------------------------------------------------------------------

Codon position x base (3x4) table for each sequence.

#1: K12            
position  1:    T:0.10055    C:0.13528    A:0.38757    G:0.37660
position  2:    T:0.25594    C:0.25411    A:0.26143    G:0.22852
position  3:    T:0.34369    C:0.34186    A:0.17916    G:0.13528

#2: S2457T         
position  1:    T:0.10238    C:0.13528    A:0.39122    G:0.37112
position  2:    T:0.25411    C:0.25411    A:0.26143    G:0.23035
position  3:    T:0.34004    C:0.34369    A:0.17367    G:0.14260

#3: Shig4337       
position  1:    T:0.10238    C:0.13528    A:0.39122    G:0.37112
position  2:    T:0.25411    C:0.25411    A:0.26143    G:0.23035
position  3:    T:0.34004    C:0.34369    A:0.17367    G:0.14260

#4: O157           
position  1:    T:0.10603    C:0.13894    A:0.38208    G:0.37294
position  2:    T:0.25411    C:0.25777    A:0.25777    G:0.23035
position  3:    T:0.34004    C:0.34369    A:0.17002    G:0.14625

#5: EDL933         
position  1:    T:0.10603    C:0.13894    A:0.38208    G:0.37294
position  2:    T:0.25411    C:0.25777    A:0.25777    G:0.23035
position  3:    T:0.34004    C:0.34369    A:0.17002    G:0.14625

Sums of codon usage counts
------------------------------------------------------------------------------
Phe F TTT      45 | Ser S TCT      34 | Tyr Y TAT      45 | Cys C TGT       0
      TTC       5 |       TCC      37 |       TAC       5 |       TGC       0
Leu L TTA      20 |       TCA      30 | *** * TAA       0 | *** * TGA       0
      TTG      15 |       TCG      25 |       TAG       0 | Trp W TGG      22
------------------------------------------------------------------------------
Leu L CTT      15 | Pro P CCT      10 | His H CAT      25 | Arg R CGT      35
      CTC      62 |       CCC      17 |       CAC      20 |       CGC       5
      CTA      15 |       CCA      10 | Gln Q CAA      40 |       CGA      10
      CTG      70 |       CCG       0 |       CAG      40 |       CGG       0
------------------------------------------------------------------------------
Ile I ATT     100 | Thr T ACT      38 | Asn N AAT     131 | Ser S AGT      64
      ATC     102 |       ACC     107 |       AAC     123 |       AGC      95
      ATA      26 |       ACA      88 | Lys K AAA      56 | Arg R AGA      14
Met M ATG      55 |       ACG      45 |       AAG      11 |       AGG       3
------------------------------------------------------------------------------
Val V GTT      80 | Ala A GCT      55 | Asp D GAT     120 | Gly G GGT     135
      GTC      56 |       GCC      97 |       GAC      70 |       GGC     138
      GTA      30 |       GCA      53 | Glu E GAA      15 |       GGA      67
      GTG       0 |       GCG      53 |       GAG      10 |       GGG      41
------------------------------------------------------------------------------

(Ambiguity data are not used in the counts.)


Codon position x base (3x4) table, overall

position  1:    T:0.10347    C:0.13675    A:0.38684    G:0.37294
position  2:    T:0.25448    C:0.25558    A:0.25996    G:0.22998
position  3:    T:0.34077    C:0.34333    A:0.17331    G:0.14260

Codon frequencies under model, for use in evolver:
  0.00908774  0.00915600  0.00462188  0.00380281
  0.00912692  0.00919547  0.00464180  0.00381920
  0.00928360  0.00935333  0.00000000  0.00000000
  0.00821292  0.00827460  0.00000000  0.00343674
  0.01200995  0.01210016  0.00610807  0.00502562
  0.01206172  0.01215231  0.00613439  0.00504729
  0.01226879  0.01236093  0.00623970  0.00513393
  0.01085382  0.01093534  0.00552008  0.00454184
  0.03397468  0.03422985  0.01727897  0.01421687
  0.03412112  0.03437739  0.01735344  0.01427815
  0.03470689  0.03496756  0.01765136  0.01452327
  0.03070413  0.03093474  0.01561562  0.01284829
  0.03275441  0.03300042  0.01665836  0.01370625
  0.03289560  0.03314267  0.01673016  0.01376532
  0.03346033  0.03371164  0.01701738  0.01400164
  0.02960133  0.02982366  0.01505475  0.01238682



Nei & Gojobori 1986. dN/dS (dN, dS)
(Pairwise deletion)
(Note: This matrix is not used in later m.l. analysis.
Use runmode = -2 for ML pairwise comparison.)

K12                 
S2457T               0.3256 (0.0057 0.0175)
Shig4337             0.3256 (0.0057 0.0175)-1.0000 (0.0000 0.0000)
O157                 0.3491 (0.0114 0.0327) 0.3662 (0.0073 0.0200) 0.3662 (0.0073 0.0200)
EDL933               0.3491 (0.0114 0.0327) 0.3662 (0.0073 0.0200) 0.3662 (0.0073 0.0200)-1.0000 (0.0000 0.0000)


TREE #  1:  ((1, (2, 3)), (4, 5));   MP score: -1
This is a rooted tree.  Please check!
lnL(ntime:  8  np: 13):  -2339.815877     +0.000000
   6..7     7..1     7..8     8..2     8..3     6..9     9..4     9..5  
  0.02586  0.14572  0.02670  0.00000  0.00000  0.11108  0.00000  0.00000  1.16831  0.99597  0.00000  0.30396 999.00000
Note: Branch length is defined as number of nucleotide substitutions per codon (not per neucleotide site).

tree length =   0.30938

((1: 0.145725, (2: 0.000004, 3: 0.000004): 0.026700): 0.025861, (4: 0.000004, 5: 0.000004): 0.111082);

((K12: 0.145725, (S2457T: 0.000004, Shig4337: 0.000004): 0.026700): 0.025861, (O157: 0.000004, EDL933: 0.000004): 0.111082);

Detailed output identifying parameters

kappa (ts/tv) =  1.16831


dN/dS for site classes (K=3)

p:   0.99597  0.00000  0.00403
w:   0.30396  1.00000999.00000

dN & dS for each branch

 branch           t        S        N    dN/dS       dN       dS   S*dS   N*dN

   6..7       0.026    408.9   1238.1   4.3332   0.0107   0.0025    1.0   13.2
   7..1       0.146    408.9   1238.1   4.3332   0.0600   0.0139    5.7   74.3
   7..8       0.027    408.9   1238.1   4.3332   0.0110   0.0025    1.0   13.6
   8..2       0.000    408.9   1238.1   4.3332   0.0000   0.0000    0.0    0.0
   8..3       0.000    408.9   1238.1   4.3332   0.0000   0.0000    0.0    0.0
   6..9       0.111    408.9   1238.1   4.3332   0.0458   0.0106    4.3   56.7
   9..4       0.000    408.9   1238.1   4.3332   0.0000   0.0000    0.0    0.0
   9..5       0.000    408.9   1238.1   4.3332   0.0000   0.0000    0.0    0.0


Positively selected sites (*: P>95%; **: P>99%)

            Pr(w>1)     post mean +- SE for w

   547 N      0.996**       994.842
   548 K      0.998**       997.080


Bayes Empirical Bayes (BEB) analysis
Positively selected sites (*: P>95%; **: P>99%)

            Pr(w>1)     post mean +- SE for w

   547 N      0.852         6.019 +- 3.260
   548 K      0.872         6.149 +- 3.195
   549 G      0.509         3.810 +- 3.704



The grid (see ternary graph for p0-p1)

w0:   0.050  0.150  0.250  0.350  0.450  0.550  0.650  0.750  0.850  0.950
w2:   1.500  2.500  3.500  4.500  5.500  6.500  7.500  8.500  9.500 10.500


Posterior on the grid

w0:   0.492  0.307  0.138  0.047  0.013  0.003  0.001  0.000  0.000  0.000
w2:   0.072  0.071  0.077  0.087  0.099  0.108  0.116  0.121  0.124  0.125

Posterior for p0-p1 (see the ternary graph)

 0.000
 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.001
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.003
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.014
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.001 0.002 0.007 0.046
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.001 0.002 0.005 0.023 0.122
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.001 0.003 0.006 0.013 0.060 0.226
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.001 0.002 0.003 0.006 0.012 0.028 0.131 0.279

sum of density on p0-p1 =   1.000000
