
seed used = 139995997

K12                                  ATG GCC TTT ATG CTA AGT CCT TTG CTC AAA CGC TAT ACC TGG AAC AGC GCC TGG CTG TAT TAC GCG CGT ATT TTT ATT GCG CTT TGT GGA ACC ACA GCG TTT CCG TGG TGG CTG GGT GAT GTA AAA CTG ACG ATT CCG CTA ACG CTG GGG ATG GTG GCA GCG GCG CTG ACC GAT CTC GAT GAC CGA CTG GCG GGA CGT TTG CGT AAC CTC ATC ATT ACG CTG TTC TGC TTT TTT ATC GCC TCG GCC TCA GTA GAA TTG CTG TTT CCC TGG CCC TGG CTA TTT GCG ATT GGC TTA ACG CTC TCT ACC AGC GGC TTC ATT TTG CTC GGC GGT CTG GGT CAA CGC TAT GCA ACA ATT GCC TTC GGT GCA TTG CTG ATC GCC ATT TAC ACT ATG TTG GGA ACA TCA CTG TAT GAG CAC TGG TAT CAG CAG CCG ATG TAT CTG CTG GCC GGT GCC GTC TGG TAC AAC GTC CTG ACA CTT ATT GGT CAT CTG CTG TTC CCG GTC CGC CCG CTG CAG GAC AAC CTG GCG CGT TGC TAT GAA CAA CTG GCG CGT TAT CTT GAG CTC AAG TCG CGC ATG TTT GAT CCT GAT ATT GAA GAT CAA AGC CAG GCA CCG CTG TAC GAT TTG GCT CTC GCC AAC GGT CTG CTG ATG GCG ACA TTG AAT CAG ACG AAA CTC TCG CTG CTG ACC CGC TTA CGT GGC GAT CGT GGT CAA CGG GGA ACG CGT CGC ACG CTG CAT TAT TAC TTT GTC GCA CAG GAT ATT CAC GAG CGT GCC AGC TCT TCT CAT ATT CAG TAT CAA ACA TTG CGT GAA CAT TTT CGC CAC AGC GAC GTG CTG TTC CGT TTT CAG CGG CTG ATG TCG ATG CAG GGC CAG GCG TGC CAG CAA CTG TCA CGC TGT ATT TTG TTG CGT CAG CCT TAT CAA CAT GAT CCG CAT TTT GAG CGC GCT TTT ACG CAT ATT GAT GCT GCG CTG GAG CGG ATG CGC GAT AAC GGC GCA CCC GCC GAT TTA CTC AAA ACA CTG GGA TTT TTG CTG AAC AAT TTA CGC GCC ATT GAT GCC CAA CTG GCA ACA ATT GAA TCA GAA CAG GCC CAG GCA CTA CCC CAT AAT AAT GAC GAA AAT GAG CTC GCT GAT GAC AGC CCG CAC GGG TTG AGT GAT ATC TGG CTG CGT CTT AGC CGT CAC TTC ACG CCG GAA TCC GCC CTC TTC CGT CAT GCG GTA AGA ATG TCG CTG GTG TTG TGC TTC GGC TAC GCC ATC ATT CAG ATA ACC GGA ATG CAT CAC GGG TAT TGG ATC TTG CTG ACA AGT TTG TTT GTC TGC CAG CCA AAC TAT AAC GCC ACG CGC CAC CGC CTG AAG TTA AGG ATT ATT GGT ACG CTG GTA GGT ATC GCC ATT GGC ATT CCT GTG CTG TGG TTT GTG CCA TCA CTG GAA GGG CAG CTG GTG CTG CTG GTT ATT ACC GGC GTG CTC TTT TTT GCC TTC CGT AAC GTG CAA TAC GCT CAT GCA ACG ATG TTC ATC ACA CTT TTG GTG CTA CTG TGT TTT AAC TTA CTG GGT GAA GGT TTT GAA GTA GCG TTA CCT CGC GTA ATC GAT ACG CTG ATT GGT TGT GCC ATT GCG TGG GCG GCA GTG AGC TAC ATC TGG CCT GAC TGG CAG TTT CGC AAT CTG CCG CGC ATG CTC GAA CGC GCC ACA GAG GCC AAC TGT CGG TAT CTC GAT GCC ATA CTG GAG CAA TAC CAT CAG GGG CGT GAT AAC CGT CTG GCG TAT CGT ATT GCC CGC CGC GAT GCA CAC AAC CGT GAT GCT GAG CTG GCG TCG GTG GTA TCA AAT ATG TCC AGC GAG CCG AAC GTT ACC CCG CAA ATT CGC GAA GCC GCG TTT CGG TTG CTG TGC CTT AAC CAT ACG TTT ACC AGC TAT ATC TCA GCC CTC GGT GCT CAC CGG GAG CAG TTA ACT AAT CCT GAA ATT CTG GCG TTT CTT GAT GAC GCA GTT TGC TAT GTT GAT GAC GCG TTA CAT CAT CAA CCT GCT GAT GAA GAA CGC GTC AAT GAG GCA TTA GCT AGC CTG AAA CAG CGG ATG CAG CAA CTT GAA CCA CGG GCA GAC AGC AAA GAA CCT CTG GTC GTA CAA CAA GTT GGA TTA TTG ATT GCA TTA CTG CCT GAG ATT GGT CGT CTG CAA CGC CAG ATT ACT CAA GTT CCG CAG GAA ACT CCT GTT TCG GCG 
S2457T                               ATG GCC TTT ATG CTA AGT CCT TTG CTC AAA CGC TAT ACC TGG AAC AGC GCC TGG CTG TAT TAC GCG CGT ATT TTT ATT GCG CTT TGT GGA ACC ACA GCG TTT CCG TGG TGG CTG GGT GAT GTA AAA CTG ACG ATT CCG CTA ACG CTG GGG ATG GTG GCA GCG GCG CTG ACC GAT CTC GAT GAC CGA CTG GCG GGA CGT TTG CGT AAC CTC ATC ATT ACG CTG TTC TGC TTT TTT ATC GCC TCG GCC TCA GTA GAA TTG CTG TTT CCC TGG CCC TGG CTA TTT GCG ATT GGC TTA ACG CTC TCT ACC AGC GGC TTC ATT TTG CTC GGC GGT CTG GGT CAA CGC TAT GCA ACA ATT GCC TTC GGT GCA TTG CTG ATC GCC ATT TAC ACT ATG TTG GGA ACA TCA CTG TAT GAG CAC TGG TAT CAG CAG CCG ATG TAT CTG CTG GCC GGT GCC GTC TGG TAC AAC GTC CTG ACA CTT ATT GGT CAT CTG CTG TTC CCG GTC CGC CCG CTG CAG GAC AAC CTG GCG CGT TGC TAT GAA CAA CTG GCG CGT TAT CTT GAG CTC AAG TCG CGC ATG TTT GAT CCT GAT ATT GAA GAT GAA AGC CAG GCA CCG CTG TAC GAT TTG GCT CTC GCC AAC GGT CAG CTG ATG GCG ACA TTG AAT CAG ACG AAA CTC TCG CTG CTG ACC CGC TTA CGT GGC GAT CGT GGT CAA CGG GGA ACG CGT CGC ACG CTG CAT TAT TAC TTT GTC GCA CAG GAT ATT CAC GAG CGT GCC AGC TCT TCT CAT ATT CAG TAT CAA ACA TTG CGT GAA CAT TTT CGC CAC AGC GAC GTG CTG TTC CGT TTT CAG CGG CTG ATG TCG ATG CAG GGC CAG GCG TGC CAG CAA CTG TCA CGC TGT ATT TTG TTG CGT CAG TCT TAT CAA CAT GAT CCG CAT TTT GAG CGC GCT TTT ACG CAT ATT GAT GCT GCG CTG GAG CGG ATA CGC GAT AAC GGC GCA CCC GCC GAT TTA CTC AAA ACA CTG GGA TTT TTG CTG AAC AAT TTA CGC GCC ATT GAT GCC CAA CTG GCA ACA ATT GAA TCA GAA CAG GCC CAG GCA CTA CCC CGT AAT AAT GAC GAA AAT GAG CTC GCT GAT GAC AGC CCG CAC GGA TTG AGT GAT ATC TGG CTG CGT CTT AGC CGT CAC TTC ACG CCG GAA TCC GCC CTC TTC CGT CAT GCG GTA AGA ATG TCG CTG GTG TTG TGC TTC GGC TAC GCC ATC ATT CAA ATA ACC GGA ATG CAT CAC GGG TAT TGG ATC TTG CTG ACA AGT TTG TTT GTC TGC CAG CCA AAC TAT AAC GCC ACG CGC CAC CGC CTG AAG TTA AGG ATT ATT GGT ACG CTG GTA GGT ATC GCG ATT GGC ATT CCT GTG CTG TGG TTT GTG CCA TCA CTG GAA GGG CAG CTG GTG CTG CTG GTT ATT ACC GGC GTG CTC TTT TTT GCC TTC CGT AAC GTG CAA TAC GCT CAT GCA ACG ATG TTC ATC ACA CTT TTG GTG CTA CTG TGT TTT AAC TTA CTG GGT GAA GGT TTT GAA GTA GCG TTA CCT CGC GTA ATC GAT ACG CTG ATT GGT TGT GCC ATT GCG TGG GCG GCA GTG AGC TAC ATC TGG CCT GAC TGG AAG TTT CGC AAT CTG CCG CGA ATG CTC GAA CGC GCC ACA GAG GCC AAC TGT CGC TAT CTC GAT GCC ATA CTG GAG CAA TAC CAT CAG GGG CGT GAT AAC CGT CTG GCG TAT CGT ATT GCC CGC CGC GAT GCA CAC AAC CGT GAT GCT GAA CTG GCG TCG GTG GTA TCA AAT ATG TCC AGC GAA CCG AAC GTT ACC CCG CAA ATT CGC GAA GCC GCG TTT CGC TTG CTG TGC CTT AAC CAT ACG TTT ACC AGC TAT ATC TCA GCC CTC GGT GCT CAC CGG GAG CAG TTA ACT AAT CCT GAA ATT CTG GCG TTT CTT GAT GAC GCA GTT TGC TAT GTT GAT GAC GCG TTA CAT CAT CAA CCT GCT GAT GAA GAA CGC GTC AAT CAG GCA TTA GCT GGC CTG AAA CAG CGG ATG CAG CAA CTT GAA CCA CGG GCA GAT AGC AAA GAA CCT CTG GTC GTA CAA CAA GTT GGG TTA TTG ATT GCA TTA CTG CCA GAG ATT GGT CGT CTG CAA CGC CAG ATT ACA --- GTC CCA ACA TCC GGG CGA ACT GGC GTG 
Shig4337                             ATG GCC TTT ATG CTA AGT CCT TTG CTC AAA CGC TAT ACC TGG AAC AGC GCC TGG CTG TAT TAC GCG CGT ATT TTT ATT GCG CTT TGT GGA ACC ACA GCG TTT CCG TGG TGG CTG GGT GAT GTA AAA CTG ACG ATT CCG CTA ACG CTG GGG ATG GTG GCA GCG GCG CTG ACC GAT CTC GAT GAC CGA CTG GCG GGA CGT TTG CGT AAC CTC ATC ATT ACG CTG TTC TGC TTT TTT ATC GCC TCG GCC TCA GTA GAA TTG CTG TTT CCC TGG CCC TGG CTA TTT GCG ATT GGC TTA ACG CTC TCT ACC AGC GGC TTC ATT TTG CTC GGC GGT CTG GGT CAA CGC TAT GCA ACA ATT GCC TTC GGT GCA TTG CTG ATC GCC ATT TAC ACT ATG TTG GGA ACA TCA CTG TAT GAG CAC TGG TAT CAG CAG CCG ATG TAT CTG CTG GCC GGT GCC GTC TGG TAC AAC GTC CTG ACA CTT ATT GGT CAT CTG CTG TTC CCG GTC CGC CCG CTG CAG GAC AAC CTG GCG CGT TGC TAT GAA CAA CTG GCG CGT TAT CTT GAG CTC AAG TCG CGC ATG TTT GAT CCT GAT ATT GAA GAT GAA AGC CAG GCA CCG CTG TAC GAT TTG GCT CTC GCC AAC GGT CAG CTG ATG GCG ACA TTG AAT CAG ACG AAA CTC TCG CTG CTG ACC CGC TTA CGT GGC GAT CGT GGT CAA CGG GGA ACG CGT CGC ACG CTG CAT TAT TAC TTT GTC GCA CAG GAT ATT CAC GAG CGT GCC AGC TCT TCT CAT ATT CAG TAT CAA ACA TTG CGT GAA CAT TTT CGC CAC AGC GAC GTG CTG TTC CGT TTT CAG CGG CTG ATG TCG ATG CAG GGC CAG GCG TGC CAG CAA CTG TCA CGC TGT ATT TTG TTG CGT CAG TCT TAT CAA CAT GAT CCG CAT TTT GAG CGC GCT TTT ACG CAT ATT GAT GCT GCG CTG GAG CGG ATA CGC GAT AAC GGC GCA CCC GCC GAT TTA CTC AAA ACA CTG GGA TTT TTG CTG AAC AAT TTA CGC GCC ATT GAT GCC CAA CTG GCA ACA ATT GAA TCA GAA CAG GCC CAG GCA CTA CCC CGT AAT AAT GAC GAA AAT GAG CTC GCT GAT GAC AGC CCG CAC GGA TTG AGT GAT ATC TGG CTG CGT CTT AGC CGT CAC TTC ACG CCG GAA TCC GCC CTC TTC CGT CAT GCG GTA AGA ATG TCG CTG GTG TTG TGC TTC GGC TAC GCC ATC ATT CAA ATA ACC GGA ATG CAT CAC GGG TAT TGG ATC TTG CTG ACA AGT TTG TTT GTC TGC CAG CCA AAC TAT AAC GCC ACG CGC CAC CGC CTG AAG TTA AGG ATT ATT GGT ACG CTG GTA GGT ATC GCG ATT GGC ATT CCT GTG CTG TGG TTT GTG CCA TCA CTG GAA GGG CAG CTG GTG CTG CTG GTT ATT ACC GGC GTG CTC TTT TTT GCC TTC CGT AAC GTG CAA TAC GCT CAT GCA ACG ATG TTC ATC ACA CTT TTG GTG CTA CTG TGT TTT AAC TTA CTG GGT GAA GGT TTT GAA GTA GCG TTA CCT CGC GTA ATC GAT ACG CTG ATT GGT TGT GCC ATT GCG TGG GCG GCA GTG AGC TAC ATC TGG CCT GAC TGG AAG TTT CGC AAT CTG CCG CGA ATG CTC GAA CGC GCC ACA GAG GCC AAC TGT CGC TAT CTC GAT GCC ATA CTG GAG CAA TAC CAT CAG GGG CGT GAT AAC CGT CTG GCG TAT CGT ATT GCC CGC CGC GAT GCA CAC AAC CGT GAT GCT GAA CTG GCG TCG GTG GTA TCA AAT ATG TCC AGC GAA CCG AAC GTT ACC CCG CAA ATT CGC GAA GCC GCG TTT CGC TTG CTG TGC CTT AAC CAT ACG TTT ACC AGC TAT ATC TCA GCC CTC GGT GCT CAC CGG GAG CAG TTA ACT AAT CCT GAA ATT CTG GCG TTT CTT GAT GAC GCA GTT TGC TAT GTT GAT GAC GCG TTA CAT CAT CAA CCT GCT GAT GAA GAA CGC GTC AAT CAG GCA TTA GCT GGC CTG AAA CAG CGG ATG CAG CAA CTT GAA CCA CGG GCA GAT AGC AAA GAA CCT CTG GTC GTA CAA CAA GTT GGG TTA TTG ATT GCA TTA CTG CCA GAG ATT GGT CGT CTG CAA CGC CAG ATT ACA --- GTC CCA ACA TCC GGG CGA ACT GGC GTG 
CFT073                               ATG GCC TTT ATG CTA AGT CCT TTG CTC AAA CGC TAT ACC TGG AAC AGC GCC TGG CTG TAT TAC GCG CGT ATT TTT ATT GCG CTT TGT GGA ACC ACA GCG TTT CCG TGG TGG CTG GGT GAT GTA AAA CTG ACG ATT CCG CTG ACG CTT GGG ATG GTG GCA GCG GCG CTG ACC GAT CTC GAT GAC CGA CTG GCG GGA CGT TTG CGT AAC CTC ATC ATT ACG CTG TTC TGC TTT TTT ATC GCC TCG GCC TCA GTA GAA TTG CTG TTT CCC TGG CCC TGG CTA TTT GCG ATT GGC TTA ACG CTC TCT ACC AGC GGC TTC ATT TTG CTC GGC GGT CTG GGT CAA CGC TAT GCA ACA ATT GCC TTC GGT GCA TTG CTG ATC GCC ATT TAC ACT ATG TTG GGA ACA TCA CTG TAT GAG CAC TGG TAT CAG CAG CCG ATG TAT CTT CTG GCC GGT GCC GTC TGG TAC AAC GTC CTG ACA CTT ATT GGT CAT CTG CTG TTC CCG GTC CGC CCG CTG CAG GAC AAC CTG GCG CGT TGC TAT GAA CAA CTG GCG CGT TAT CTT GAG CTC AAG TCG CGC ATG TTT GAT CCT GAT ATT GAA GAT GAA AGC CAG GCA CCG CTG TAC GAT TTG GCT CTC GCC AAC GGT CAG CTG ATG GCG ACA TTG AAT CAG ACG AAA CTC TCG CTG CTG ACC CGC TTA CGT GGC GAT CGT GGT CAA CGG GGA ACG CGT CGC ACA CTG CAT TAT TAC TTT GTC GCA CAG GAT ATT CAC GAG CGT GCC AGC TCT TCT CAT ATT CAA TAT CAA ACA TTG CGT GAA CAT TTT CGC CAC AGC GAC GTG CTG TTC CGT TTT CAG CGG CTG ATG TCG ATG CAG GGC CAG GCG TGC CAG CAA CTG TCA CGC TGT ATT TTG CTG CGT CAG CCT TAT CAA CAT GAT CCG CAT TTT GAG CGC GCT TTT ACG CAT ATT GAT GCT GCG CTG GAG CGG ATG CGC GAT AAC GGC GCT CCT GCT GAT TTA CTC AAA ACA CTG GGA TTT TTA CTG AAC AAT TTA CGT GCC ATT GAT GCC CAA CTG GCA ACA ATT GAA TCA GAA CAG GCC CAG GCA CTG CCC CAT AAT AAT GAC GAA AAT GAG CTC GCT GAT GAC AGC CCG CAC GGA TTG AGT GAT ATC TGG CTG CGT CTT AGC CGT CAC TTC ACG CCG GAA TCC GCC CTC TTC CGT CAT GCG GTA AGA ATG TCG CTG GTG TTG TGC TTC GGC TAC GCC ATC ATT CAG ATA ACC GGA ATG CAT CAC GGG TAT TGG ATC TTG CTG ACA AGT TTG TTT GTC TGC CAG CCA AAC TAT AAC GCC ACG CGC CAC CGC CTG AAG TTA AGG ATT ATT GGT ACG CTG GTA GGT ATC GCA ATT GGC ATT CCT GTG CTG TGG TTT GTA CCG TCA CTG GAA GGG CAA CTG GTG CTA CTG GTT ATT ACC GGC GTG CTC TTT TTT GCC TTC CGT AAC GTG CAA TAC GCC CAT GCA ACG ATG TTC ATC ACA CTT TTG GTG CTA CTT TGT TTT AAC TTG CTG GGT GAA GGT TTT GAA GTG GCG TTA CCT CGC GTA ATC GAT ACG CTG ATT GGT TGT GCC ATT GCG TGG GCG GCG GTG AGC TAC ATC TGG CCT GAC TGG AAG TTT CGC AAT CTG CCG CGC ATG CTC GAA CGT GCC ACC GAG GCC AAC TGT CGC TAT CTC GAT GCC ATA CTG GAG CAA TAC CAT CAG GGG CGT GAT AAC CGT CTG GCG TAT CGT ATT GCC CGC CGC GAT GCA CAC AAC CGT GAT GCT GAA CTG GCG TCG GTG GTA TCA AAT ATG TCC AGC GAG CCG AAC GTT ACC CCG CAA ATT CGC GAG GCC GCG TTT CGG TTG CTG TGC CTT AAC CAT ACG TTT ACC AGC TAT ATC TCA GCC CTC GGT GCT CAC CGG GAG CAG TTA ACT AAT CCT GAA ATT CTG GCG TTT CTT GAT GAC GCA GTT TGC TAT GTT GAT GAC GCG CTA CAT CAT CAA CCT GCT GAT GAA GAA CGC GTC AAT CAG GCA TTA GCT GGC CTG AAA CAG CGG ATG CAG CAA CTT GAA CCA CGG GCA GAC AGC AAA GAA CCT CTG GTC GTA CAA CAA GTT GGG TTA TTG ATT GCA TTA CTG CCA GAG ATT GGT CGT CTG CAA CGC CAG ATT ACT CAA GTT CCG CAG GAA ACT CCT GTT TCG GCG 
O157                                 ATG GCC TTT ATG CTA AGT CCT TTG CTC AAA CGC TAT ACC TGG AAC AGC GCC TGG CTG TAT TAC GCG CGT ATT TTT ATT GCG CTT TGT GGA ACC ACA GCG TTT CCG TGG TGG CTG GGT GAT GTA AAA CTG ACG ATT CCG CTA ACG CTG GGG ATG GTG GCA GCG GCG CTG ACC GAT CTC GAT GAC CGA CTG GCG GGA CGT TTG CGT AAC CTC ATC ATT ACG CTG TTC TGC TTT TTT ATC GCC TCG GCC TCA GTA GAA TTG CTG TTT CCC TGG CCC TGG CTA TTT GCG ATT GGC TTA ACG CTC TCT ACC AGC GGC TTC ATT TTG CTC GGC GGT CTG GGT CAA CGC TAT GCA ACA ATT GCC TTC GGT GCA TTG CTG ATC GCC ATT TAC ACT ATG TTG GGA ACA TCA CTG TAT GAG CAC TGG TAT CAG CAG CCG ATG TAT CTG CTG GCC GGT GCC GTC TGG TAC AAC GTC CTG ACA CTT ATT GGT CAT CTG CTG TTC CCG GTC CGC CCG CTG CAG GAC AAC CTG GCG CGT TGC TAT GAA CAA CTG GCG CGT TAT CTT GAG CTC AAG TCG CGC ATG TTT GAT CCT GAT ATT GAA GAT GAA AGC CAG GCA CCG CTG TAC GAT TTG GCT CTC GCC AAC GGT CTG CTG ATG GCG ACA TTG AAT CAG ACG AAA CTC TCG CTG CTG ACC CGC TTA CGT GGC GAT CGT GGT CAA CGG GGA ACG CGT CGC ACG CTG CAT TAT TAC TTT GTC GCA CAG GAT ATT CAC GAG CGT GCC AGC TCT TCT CAT ATT CAG TAT CAA ACA TTG CGT GAA CAT TTT CGC CAC AGC GAC GTG CTG TTC CGT TTT CAG CGG CTG ATG TCG ATG CAG GGC CAG GCG TGC CAG CAA CTG TCA CGC TGT ATT TTG TTG CGT CAG CCT TAT CAA CAT GAT CCG CAT TTT GAG CGC GCT TTT ACG CAT ATT GAT GCT GCG CTG GAG CGG ATG CGC GAT AAC GGC GCA CCC GCC GAT TTA CTC AAA ACA CTG GGA TTT TTG CTG AAC AAT TTA CGC GCC ATT GAT GCC CAA CTG GCA ACA ATT GAA TCA GAA CAG GCC CAG GCA CTA CCC CAT AAT AAT GAC GAA AAT GAG CTC GCT GAT GAC AGC CCG CAC GGG TTG AGT GAT ATC TGG CTG CGT CTT AGC CGT CAC TTC ACG CCG GAA TCC GCC CTC TTC CGT CAT GCG GTA AGA ATG TCG CTG GTG TTG TGC TTC GGC TAC GCC ATC ATT CAG ATA ACC GGA ATG CAT CAC GGG TAT TGG ATC TTG CTG ACA AGT TTG TTT GTC TGC CAG CCA AAC TAT AAC GCC ACG CGC CAC CGC CTG AAG TTA AGG ATT ATT GGT ACG CTG GTA GGT ATC GCC ATT GGC ATT CCT GTG CTG TGG TTT GTG CCA TCA CTG GAA GGG CAG CTG GTG CTG CTG GTT ATT ACC GGC GTG CTC TTT TTT GCC TTC CGT AAC GTG CAA TAC GCT CAT GCA ACG ATG TTC ATC ACA CTT TTG GTG CTA CTG TGT TTT AAC TTA CTG GGT GAA GGT TTT GAA GTA GCG TTA CCT CGC GTA ATC GAT ACG CTG ATT GGT TGT GCC ATT GCG TGG GCG GCA GTG AGC TAC ATC TGG CCT GAC TGG CAG TTT CGC AAT CTG CCG CGC ATG CTC GAA CGC GCC ACA GAG GCC AAC TGT CGG TAT CTC GAT GCC ATA CTG GAG CAA TAC CAT CAG GGG CGT GAT AAC CGT CTG GCG TAT CGT ATT GCC CGC CGC GAT GCA CAC AAC CGT GAT GCT GAG CTG GCG TCG GTG GTA TCA AAT ATG TCC AGC GAG CCG AAC GTT ACC CCG CAA ATT CGC GAA GCC GCG TTT CGG TTG CTG TGC CTT AAC CAT ACG TTT ACC AGC TAT ATC TCA GCC CTC GGT GCT CAC CGG GAG CAG TTA ACT AAT CCT GAA ATT CTG GCG TTT CTT GAT GAC GCA GTT TGC TAT GTT GAT GAC GCG TTA CAT CAT CAA CCT GCT GAT GAA GAA CGC GTC AAT GAG GCA TTA GCT AGC CTG AAA CAG CGG ATG CAG CAA CTT GAA CCA CGG GCA GAC AGC AAA GAA CCT CTG GTC GTA CAA CAA GTT GGA TTA TTG ATT GCA TTA CTG CCT GAG ATT GGT CGT CTG CAA CGC CAG ATT ACT CAA GTT CCG CAG GAA ACT CCT GTT TCG GCG 


CODONML (in paml 3.14, January 2004)    H:\users\mt269\runpaml\NEWdna80\b0960.phy   Model: One dN/dS ratio 
Codon frequencies: F3x4
Site-class models:  PositiveSelection

ns = 5  	ls = 720
# site patterns = 111
   15   24   24    3    3    8   17   15    6   19   17    9   14   16   11
   50    9   21   21   30    8    5    6   10   12   15   24    7   13    2
    3    4   10   13    8    1   11   10    7    6    7   17    3    9   10
    3   15    2   10    9   19    7   14    2    1    8    1    9    6    1
    2    1    1    1    1    1    1    1    2    1    1    2    1    1    2
    2    1    1    1    1    1    5    1    1    1    1    1    1    1    1
    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1
    1    1    1    1    1    1

K12                                  ATG GCC TTT CTA AGT CCT TTG CTC AAA CGC TAT ACC TGG AAC AGC CTG TAC GCG CGT ATT CTT TGT GGA ACA CCG GGT GAT GTA ACG CTA CTG GGG GTG GCA GAC CGA ATC TTC TGC TCG TCA GAA CCC GGC TTA TCT CAA ACT GAG CAC CAG GTC CAT AAG CAA GCT CTG AAT CGG ACG CAG TTG CCT ATG GCA CCC GCC TTG CGC CAT GGG TCC AGA CAG ATA CCA AGG GCC GTG CCA CTG GTT GCT TTA GTA GCA CAG CGC ACA CGG GAG GAG GAA CGG TTA GAG AGC GAC GGA CCT ACT CAA GTT CCG CAG GAA ACT CCT GTT TCG GCG 
S2457T                               ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... G.. ... .A. ... ... ... ... ... T.. ..A ... ... ... ... ... .G. ..A ... ... ..A ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... ... ... A.. ..A ... ..C ..A ..A ... ..C ... C.. G.. ..T ..G ..A ..A --- ..C ..A ACA TCC GGG .GA AC. GGC .T. 
Shig4337                             ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... G.. ... .A. ... ... ... ... ... T.. ..A ... ... ... ... ... .G. ..A ... ... ..A ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... ... ... A.. ..A ... ..C ..A ..A ... ..C ... C.. G.. ..T ..G ..A ..A --- ..C ..A ACA TCC GGG .GA AC. GGC .T. 
CFT073                               ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... G.. ... .A. ... ... ..A ..A C.. ... ... ..T ..T ..T ..A ..T ... ..A ... ... ... ... ... ... ..A ..A ..G ..A ... ..C ..G ..G ..G A.. ... ..C ..C ..A ... ..G ... C.. C.. G.. ... ..G ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 
O157                                 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 



Codon usage in sequences
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Phe TTT 24 24 24 24 24 | Ser TCT  3  4  4  3  3 | Tyr TAT 17 17 17 17 17 | Cys TGT  5  5  5  5  5
    TTC 10 10 10 10 10 |     TCC  2  3  3  2  2 |     TAC  9  9  9  9  9 |     TGC  7  7  7  7  7
Leu TTA 12 12 12 11 12 |     TCA  7  7  7  7  7 | *** TAA  0  0  0  0  0 | *** TGA  0  0  0  0  0
    TTG 19 19 19 18 19 |     TCG  7  6  6  7  7 |     TAG  0  0  0  0  0 | Trp TGG 14 14 14 14 14
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Leu CTT  8  8  8 11  8 | Pro CCT 11  8  8 11 11 | His CAT 15 14 14 15 15 | Arg CGT 21 22 22 23 21
    CTC 15 15 15 15 15 |     CCC  4  4  4  3  4 |     CAC  9  9  9  9  9 |     CGC 22 23 23 21 22
    CTA  5  5  5  5  5 |     CCA  3  5  5  3  3 | Gln CAA 17 16 16 18 16 |     CGA  1  3  3  1  1
    CTG 55 54 54 53 55 |     CCG 13 12 12 14 13 |     CAG 24 23 23 23 24 |     CGG  8  6  6  7  8
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Ile ATT 30 30 30 30 30 | Thr ACT  4  3  3  4  4 | Asn AAT  9  9  9  9  9 | Ser AGT  3  3  3  3  3
    ATC 11 11 11 11 11 |     ACC  9  9  9 10  9 |     AAC 16 16 16 16 16 |     AGC 12 11 11 11 12
    ATA  2  3  3  2  2 |     ACA 11 13 13 11 11 | Lys AAA  6  6  6  6  6 | Arg AGA  1  1  1  1  1
Met ATG 16 15 15 16 16 |     ACG 14 14 14 13 14 |     AAG  2  3  3  3  2 |     AGG  1  1  1  1  1
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Val GTT  7  5  5  7  7 | Ala GCT  9  9  9 10  9 | Asp GAT 24 25 25 24 24 | Gly GGT 15 15 15 15 15
    GTC  7  8  8  7  7 |     GCC 26 25 25 25 26 |     GAC  9  8  8  9  9 |     GGC  9 11 11 10  9
    GTA  8  8  8  8  8 |     GCA 15 15 15 14 15 | Glu GAA 19 21 21 20 20 |     GGA  7  7  7  7  7
    GTG 11 12 12 11 11 |     GCG 22 22 22 23 22 |     GAG 13 10 10 12 13 |     GGG  5  6  6  5  5
--------------------------------------------------------------------------------------------------

Codon position x base (3x4) table for each sequence.

#1: K12            
position  1:    T:0.18889    C:0.32083    A:0.20417    G:0.28611
position  2:    T:0.33333    C:0.22222    A:0.26250    G:0.18194
position  3:    T:0.28472    C:0.24583    A:0.15833    G:0.31111

#2: S2457T         
position  1:    T:0.19054    C:0.31572    A:0.20584    G:0.28790
position  2:    T:0.33241    C:0.22114    A:0.25869    G:0.18776
position  3:    T:0.27955    C:0.24896    A:0.16968    G:0.30181

#3: Shig4337       
position  1:    T:0.19054    C:0.31572    A:0.20584    G:0.28790
position  2:    T:0.33241    C:0.22114    A:0.25869    G:0.18776
position  3:    T:0.27955    C:0.24896    A:0.16968    G:0.30181

#4: CFT073         
position  1:    T:0.18611    C:0.32222    A:0.20417    G:0.28750
position  2:    T:0.33194    C:0.22222    A:0.26389    G:0.18194
position  3:    T:0.29306    C:0.24306    A:0.15833    G:0.30556

#5: O157           
position  1:    T:0.18889    C:0.31944    A:0.20417    G:0.28750
position  2:    T:0.33333    C:0.22222    A:0.26250    G:0.18194
position  3:    T:0.28472    C:0.24583    A:0.15833    G:0.31111

Sums of codon usage counts
------------------------------------------------------------------------------
Phe F TTT     120 | Ser S TCT      17 | Tyr Y TAT      85 | Cys C TGT      25
      TTC      50 |       TCC      12 |       TAC      45 |       TGC      35
Leu L TTA      59 |       TCA      35 | *** * TAA       0 | *** * TGA       0
      TTG      94 |       TCG      33 |       TAG       0 | Trp W TGG      70
------------------------------------------------------------------------------
Leu L CTT      43 | Pro P CCT      49 | His H CAT      73 | Arg R CGT     109
      CTC      75 |       CCC      19 |       CAC      45 |       CGC     111
      CTA      25 |       CCA      19 | Gln Q CAA      83 |       CGA       9
      CTG     271 |       CCG      64 |       CAG     117 |       CGG      35
------------------------------------------------------------------------------
Ile I ATT     150 | Thr T ACT      18 | Asn N AAT      45 | Ser S AGT      15
      ATC      55 |       ACC      46 |       AAC      80 |       AGC      57
      ATA      12 |       ACA      59 | Lys K AAA      30 | Arg R AGA       5
Met M ATG      78 |       ACG      69 |       AAG      13 |       AGG       5
------------------------------------------------------------------------------
Val V GTT      31 | Ala A GCT      46 | Asp D GAT     122 | Gly G GGT      75
      GTC      37 |       GCC     127 |       GAC      43 |       GGC      50
      GTA      40 |       GCA      74 | Glu E GAA     101 |       GGA      35
      GTG      57 |       GCG     111 |       GAG      58 |       GGG      27
------------------------------------------------------------------------------

(Ambiguity data are not used in the counts.)


Codon position x base (3x4) table, overall

position  1:    T:0.18899    C:0.31879    A:0.20484    G:0.28738
position  2:    T:0.33268    C:0.22179    A:0.26126    G:0.18427
position  3:    T:0.28432    C:0.24653    A:0.16287    G:0.30628

Codon frequencies under model, for use in evolver:
  0.01840784  0.01596066  0.01054447  0.01982937
  0.01227190  0.01064044  0.00702965  0.01321958
  0.01445562  0.01253385  0.00000000  0.00000000
  0.01019582  0.00884037  0.00000000  0.01098318
  0.03104970  0.02692188  0.01778605  0.03344748
  0.02069980  0.01794792  0.01185736  0.02229832
  0.02438322  0.02114166  0.01396732  0.02626619
  0.01719796  0.01491162  0.00985142  0.01852605
  0.01995085  0.01729854  0.01142835  0.02149154
  0.01330057  0.01153236  0.00761890  0.01432769
  0.01566734  0.01358449  0.00897464  0.01687723
  0.01105047  0.00958140  0.00632999  0.01190383
  0.02799075  0.02426960  0.01603380  0.03015231
  0.01866050  0.01617973  0.01068920  0.02010154
  0.02198104  0.01905883  0.01259129  0.02367850
  0.01550365  0.01344256  0.00888088  0.01670090



Nei & Gojobori 1986. dN/dS (dN, dS)
(Pairwise deletion)
(Note: This matrix is not used in later m.l. analysis.
Use runmode = -2 for ML pairwise comparison.)

K12                 
S2457T               0.3798 (0.0130 0.0343)
Shig4337             0.3798 (0.0130 0.0343)-1.0000 (0.0000 0.0000)
CFT073               0.0520 (0.0031 0.0596) 0.1335 (0.0099 0.0739) 0.1335 (0.0099 0.0739)
O157                -1.0000 (0.0006 0.0000) 0.3614 (0.0124 0.0343) 0.3614 (0.0124 0.0343) 0.0415 (0.0025 0.0596)


TREE #  1:  ((1, (2, 3)), (4, 5));   MP score: -1
This is a rooted tree.  Please check!
lnL(ntime:  8  np: 13):  -3318.375537     +0.000000
   6..7     7..1     7..8     8..2     8..3     6..9     9..4     9..5  
  0.00000  0.00139  0.06720  0.00000  0.00000  0.00000  0.05653  0.00000  2.23967  0.95086  0.03108  0.00000 17.58063
Note: Branch length is defined as number of nucleotide substitutions per codon (not per neucleotide site).

tree length =   0.12513

((1: 0.001388, (2: 0.000004, 3: 0.000004): 0.067201): 0.000000, (4: 0.056526, 5: 0.000004): 0.000000);

((K12: 0.001388, (S2457T: 0.000004, Shig4337: 0.000004): 0.067201): 0.000000, (CFT073: 0.056526, O157: 0.000004): 0.000000);

Detailed output identifying parameters

kappa (ts/tv) =  2.23967


dN/dS for site classes (K=3)

p:   0.95086  0.03108  0.01806
w:   0.00000  1.00000 17.58063

dN & dS for each branch

 branch           t        S        N    dN/dS       dN       dS   S*dS   N*dN

   6..7       0.000    629.7   1530.3   0.3486   0.0000   0.0000    0.0    0.0
   7..1       0.001    629.7   1530.3   0.3486   0.0003   0.0009    0.5    0.5
   7..8       0.067    629.7   1530.3   0.3486   0.0145   0.0416   26.2   22.2
   8..2       0.000    629.7   1530.3   0.3486   0.0000   0.0000    0.0    0.0
   8..3       0.000    629.7   1530.3   0.3486   0.0000   0.0000    0.0    0.0
   6..9       0.000    629.7   1530.3   0.3486   0.0000   0.0000    0.0    0.0
   9..4       0.057    629.7   1530.3   0.3486   0.0122   0.0350   22.0   18.7
   9..5       0.000    629.7   1530.3   0.3486   0.0000   0.0000    0.0    0.0


Positively selected sites (*: P>95%; **: P>99%)

            Pr(w>1)     post mean +- SE for w

   198 Q      0.590         10.787
   212 L      0.965*        17.006
   538 Q      0.944         16.649
   665 E      0.936         16.515
   669 S      0.959*        16.907
   714 Q      0.980*        17.254
   715 E      0.998**       17.545
   716 T      0.991**       17.430
   717 P      0.776         13.859
   718 V      0.941         16.611
   719 S      0.992**       17.450


Bayes Empirical Bayes (BEB) analysis
Positively selected sites (*: P>95%; **: P>99%)

            Pr(w>1)     post mean +- SE for w

   198 Q      0.560         5.197 +- 4.385
   212 L      0.965*        8.672 +- 2.069
   538 Q      0.955*        8.592 +- 2.201
   665 E      0.950*        8.554 +- 2.261
   669 S      0.962*        8.654 +- 2.100
   714 Q      0.970*        8.720 +- 1.985
   715 E      0.995**       8.909 +- 1.572
   716 T      0.983*        8.818 +- 1.787
   717 P      0.640         5.903 +- 4.285
   718 V      0.953*        8.577 +- 2.225
   719 S      0.983*        8.821 +- 1.780



The grid (see ternary graph for p0-p1)

w0:   0.050  0.150  0.250  0.350  0.450  0.550  0.650  0.750  0.850  0.950
w2:   1.500  2.500  3.500  4.500  5.500  6.500  7.500  8.500  9.500 10.500


Posterior on the grid

w0:   1.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
w2:   0.000  0.000  0.001  0.009  0.032  0.074  0.131  0.194  0.254  0.304

Posterior for p0-p1 (see the ternary graph)

 0.000
 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.001
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.999

sum of density on p0-p1 =   1.000000
