
seed used = 139990813

K12                                  ATG CAT CAC GCC ACC CCG CTT ATC ACC ACC ATT GTT GGC GGC CTT GTG CTC GCC TTT ATC CTC GGC ATG CTG GCC AAT AAA CTA CGT ATT TCT CCT CTG GTG GGA TAT CTG TTA GCG GGT GTG CTG GCA GGA CCA TTC ACT CCG GGC TTT GTT GCC GAT ACC AAG CTT GCC CCG GAA CTG GCT GAA CTG GGC GTC ATT CTG TTG ATG TTT GGC GTC GGT TTG CAC TTT TCG CTG AAG GAT TTG ATG GCG GTA AAG GCC ATC GCC ATT CCC GGT GCG ATC GCC CAG ATA GCC GTG GCG ACG CTG CTG GGT ATG GCG CTC TCT GCC GTG CTG GGC TGG TCG TTA ATG ACC GGT ATC GTG TTC GGT TTA TGT CTT TCC ACC GCC AGT ACC GTG GTG TTA CTG CGC GCA CTT GAA GAA CGG CAA TTA ATT GAC AGT CAG CGT GGG CAA ATC GCC ATC GGT TGG TTG ATT GTG GAA GAC CTG GTA ATG GTT CTG ACG CTG GTG TTG CTG CCC GCA GTG GCA GGA ATG ATG GAA CAG GGC GAT GTG GGC TTT GCC ACT CTT GCA GTC GAT ATG GGG ATC ACC ATC GGC AAA GTG ATC GCA TTT ATC GCC ATT ATG ATG CTG GTA GGT CGC CGT CTG GTG CCG TGG ATT ATG GCA CGC AGC GCG GCA ACC GGT TCT CGC GAG CTG TTT ACC CTG TCG GTG CTG GCG CTG GCG TTA GGG GTT GCC TTT GGT GCG GTA GAG CTG TTT GAT GTC TCC TTT GCA CTC GGT GCG TTC TTT GCC GGG ATG GTA CTG AAC GAG TCT GAA CTG AGT CAC CGT GCC GCC CAC GAT ACG CTG CCA TTG CGC GAC GCG TTT GCG GTG CTG TTT TTT GTC TCC GTC GGG ATG TTG TTT GAT CCG TTA ATT CTG ATT CAG CAA CCG CTG GCA GTG CTG GCG ACG CTG GCG ATT ATT CTG TTT GGT AAG TCG TTA GCC GCA TTT TTC CTG GTG CGA CTG TTT GGT CAC TCC CAA CGT ACG GCA TTA ACC ATC GCC GCC AGC CTG GCG CAG ATT GGT GAG TTC GCG TTT ATC CTG GCG GGA CTG GGA ATG GCA TTG AAT TTA CTG CCG CAG GCC GGA CAA AAC CTG GTA CTG GCA GGG GCG ATC CTG TCG ATT ATG CTC AAC CCG GTA CTG TTC GCA CTA CTG GAG AAA TAT CTG GCG AAG ACC GAA ACG CTG GAA GAG CAG ACG CTG GAA GAG GCA ATC GAA GAA GAG AAG CAG ATC CCA GTG GAT ATT TGC AAC CAT GCG CTA CTG GTG GGT TAC GGT CGT GTA GGC AGC CTG CTG GGG GAG AAA TTG CTC GCC TCT GAT ATT CCG CTG GTG GTG ATT GAG ACG TCA CGA ACC CGT GTT GAT GAG CTG CGA GAG CGC GGG GTC CGC GCA GTA TTG GGC AAT GCG GCG AAC GAA GAA ATT ATG CAA CTG GCG CAT CTG GAA TGT GCA AAA TGG CTG ATC CTG ACG ATT CCC AAC GGT TAT GAA GCG GGT GAG ATT GTG GCA TCT GCC CGC GCG AAA AAT CCG GAT ATT GAG ATT ATT GCC CGC GCC CAT TAT GAC GAT GAA GTG GCG TAT ATC ACC GAA CGT GGT GCG AAT CAG GTA GTG ATG GGC GAG CGT GAA ATC GCC CGT ACC ATG CTG GAA CTG CTG GAA ACG CCA CCG GCG GGT GAG GTG GTG ACG GGG 
S2457T                               ATG CAT CAC GCC ACC CCG CTT ATC ACC ACC ATT GTT GGC GGC CTT GTG CTC GCC TTT ATC CTC GGC ATG CTG GCC AAT AAA CTA CGT ATT TCT CCT CTG GTG GGA TAT CTG TTA GCG GGT GTG CTG GCA GGA CCA TTC ACT CCG GGC TTT GTT GCC GAT ACC AAG CTT GCG CCG GAA CTG GCT GAA CTG GGC GTT ATT TTG CTG ATG TTC GGC GTC GGT TTG CAT TTT TCG CTC AAG GAT TTG ATG GCG GTA AAG TCC ATC GCC ATT CCC GGC GCG ATC GCC CAG ATA GCC GTG GCG ACG CTG CTG GGT ATG GCG CTC TCC GCC GTG CTG GGC TGG TCG TTA ATG ACC GGT ATC GTG TTC GGC TTA TGT CTT TCC ACC GCC AGT ACC GTG GTG TTA CTG CGC GCA CTT GAA GAA CGG CAA TTA ATA GAC AGT CAG CGT GGG CAA ATC GCC ATC GGT TGG TTG ATT GTG GAA GAC CTG GTG ATG GTT CTG ACG CTG GTG TTG CTG CCC GCA GTG GCA GGA ATG ATG GAA CAG GGC GAT GTG GGC TTT GCC ACT CTT GCA GTC GAT ATG GGG ATC ACC ATC GGC AAG GTG ATC GCA TTT ATC GCC ATT ATG ATG CTG GTA GGT CGC CGT CTG GTG CCG TGG ATT ATG GCA CGC AGC GCG GCA ACC GGT TCT CGC GAG CTG TTT ACC CTG TCA GTG CTG GCG CTG GCG TTA GGG ATT GCC TTT GGT GCG GTA GAG CTG TTT GAT GTC TCC TTT GCA CTC GGT GCG TTC TTT GCC GGG ATG GTA CTG AAC GAG TCT GAA TTG AGT CAC CGT GCC GCC CAC GAT ACG TTG CCA TTG CGC GAC GCG TTT GCG GTG CTG TTT TTT GTC TCA GTC GGG ATG TTG TTT GAT CCG TTA ATT CTG ATT CAG CAA CCG CTG GCA GTG CTG GCG ACG CTG GCA ATT ATT CTG TTT GGT AAA TCG GTC GCG GCC CTG TTC CTT GTC CGT CTG TTT GGT CAC TCC CAA CGT ACG GCA TTA ACC ATC GCC GCC AGC CTG GCG CAG ATT GGT GAG TTC GCG TTT ATC CTG GCG GGA CTG GGA ATG GCA TTG AAT TTA CTG CCG CAG GCC GGA CAA AAC CTG GTA CTG GCA GGG GCG ATC CTG TCG ATT ATG CTC AAC CCG GTA CTG TTC GCA CTA CTG GAG AAA TAT CTG GCG AAG ACC GAA ACG CTG GAA GAG CAG ACG CTG GAA GAG GCA ATC GAA GAA GAG AAA CAG ATC CCA GTG GAT ATT TGC AAC CAT GCG CTA TTG GTG GGT TAC GGT CGT GTA GGC AGC CTG CTG GGG GAG AAA TTG CTC GCC TCT GAT ATT CCG CTG GTG GTG ATT GAG ACG TCA CGA ACC CGT GTT GAT GAG CTG CGA GAG CGT GGG GTC CGC GCT GTA TTG GGC AAT GCA GCG AAC GAA GAA ATT ATG CAA CTG GCA CAT CTG GAA TGT GCA AAA TGG CTG ATC CTG ACG ATC CCC AAC GGT TAT GAA GCG GGT GAG ATT GTG GCG TCT GCC CGC GCG AAA AAC CCG GAT ATT GAG ATT ATC GCC CGC GCC CAT TAT GAC GAT GAA GTG ACG TAT ATC ACC GAA CGT GGC GCG AAT CAG GTA GTG ATG GGT GAA CGT GAA ATT GCC CGT ACT ATG CTG GAA CTG CTG GAA ACG CCA CCG GCG GGT GAA GTG GTG ACG GGG 
Shig4337                             ATG CAT CAC GCC ACC CCG CTT ATC ACC ACC ATT GTT GGC GGC CTT GTG CTC GCC TTT ATC CTC GGC ATG CTG GCC AAT AAA CTA CGT ATT TCT CCT CTG GTG GGA TAT CTG TTA GCG GGT GTG CTG GCA GGA CCA TTC ACT CCG GGC TTT GTT GCC GAT ACC AAG CTT GCG CCG GAA CTG GCT GAA CTG GGC GTT ATT TTG CTG ATG TTC GGC GTC GGT TTG CAT TTT TCG CTC AAG GAT TTG ATG GCG GTA AAG TCC ATC GCC ATT CCC GGC GCG ATC GCC CAG ATA GCC GTG GCG ACG CTG CTG GGT ATG GCG CTC TCC GCC GTG CTG GGC TGG TCG TTA ATG ACC GGT ATC GTG TTC GGC TTA TGT CTT TCC ACC GCC AGT ACC GTG GTG TTA CTG CGC GCA CTT GAA GAA CGG CAA TTA ATA GAC AGT CAG CGT GGG CAA ATC GCC ATC GGT TGG TTG ATT GTG GAA GAC CTG GTG ATG GTT CTG ACG CTG GTG TTG CTG CCC GCA GTG GCA GGA ATG ATG GAA CAG GGC GAT GTG GGC TTT GCC ACT CTT GCA GTC GAT ATG GGG ATC ACC ATC GGC AAG GTG ATC GCA TTT ATC GCC ATT ATG ATG CTG GTA GGT CGC CGT CTG GTG CCG TGG ATT ATG GCA CGC AGC GCG GCA ACC GGT TCT CGC GAG CTG TTT ACC CTG TCA GTG CTG GCG CTG GCG TTA GGG ATT GCC TTT GGT GCG GTA GAG CTG TTT GAT GTC TCC TTT GCA CTC GGT GCG TTC TTT GCC GGG ATG GTA CTG AAC GAG TCT GAA TTG AGT CAC CGT GCC GCC CAC GAT ACG TTG CCA TTG CGC GAC GCG TTT GCG GTG CTG TTT TTT GTC TCA GTC GGG ATG TTG TTT GAT CCG TTA ATT CTG ATT CAG CAA CCG CTG GCA GTG CTG GCG ACG CTG GCA ATT ATT CTG TTT GGT AAA TCG GTC GCG GCC CTG TTC CTT GTC CGT CTG TTT GGT CAC TCC CAA CGT ACG GCA TTA ACC ATC GCC GCC AGC CTG GCG CAG ATT GGT GAG TTC GCG TTT ATC CTG GCG GGA CTG GGA ATG GCA TTG AAT TTA CTG CCG CAG GCC GGA CAA AAC CTG GTA CTG GCA GGG GCG ATC CTG TCG ATT ATG CTC AAC CCG GTA CTG TTC GCA CTA CTG GAG AAA TAT CTG GCG AAG ACC GAA ACG CTG GAA GAG CAG ACG CTG GAA GAG GCA ATC GAA GAA GAG AAA CAG ATC CCA GTG GAT ATT TGC AAC CAT GCG CTA TTG GTG GGT TAC GGT CGT GTA GGC AGC CTG CTG GGG GAG AAA TTG CTC GCC TCT GAT ATT CCG CTG GTG GTG ATT GAG ACG TCA CGA ACC CGT GTT GAT GAG CTG CGA GAG CGT GGG GTC CGC GCT GTA TTG GGC AAT GCA GCG AAC GAA GAA ATT ATG CAA CTG GCA CAT CTG GAA TGT GCA AAA TGG CTG ATC CTG ACG ATC CCC AAC GGT TAT GAA GCG GGT GAG ATT GTG GCG TCT GCC CGC GCG AAA AAC CCG GAT ATT GAG ATT ATC GCC CGC GCC CAT TAT GAC GAT GAA GTG ACG TAT ATC ACC GAA CGT GGC GCG AAT CAG GTA GTG ATG GGT GAA CGT GAA ATT GCC CGT ACT ATG CTG GAA CTG CTG GAA ACG CCA CCG GCG GGT GAA GTG GTG ACG GGG 
CFT073                               ATG CAT CAC GCC ACC CCG CTT ATC ACC ACC ATT GTT GGC GGC CTT GTG CTC GCC TTT ATC CTC GGC ATG CTG GCC AAT AAA CTA CGT ATT TCT CCT CTG GTG GGA TAT CTG TTA GCG GGT GTG CTG GCA GGA CCA TTC ACT CCG GGC TTT GTT GCC GAT ACC AAG CTT GCG CCG GAA CTG GCT GAA CTG GGC GTT ATT TTG CTG ATG TTC GGC GTC GGT TTG CAT TTT TCG CTC AAG GAT TTG ATG GCG GTA AAG TCC ATC GCC ATT CCC GGC GCG ATC GCC CAG ATA GCC GTG GCG ACG CTG CTG GGT ATG GCG CTC TCC GCC GTG CTG GGC TGG TCG TTA ATG ACC GGT ATC GTG TTC GGC TTA TGT CTT TCC ACC GCC AGT ACC GTG GTG TTA CTG CGC GCA CTT GAA GAA CGG CAA TTA ATT GAC AGT CAG CGT GGG CAA ATC GCC ATC GGT TGG TTG ATT GTG GAA GAC CTG GTG ATG GTC CTG ACG CTG GTA TTG CTA CCC GCG GTA GCA GGA ATG ATG GAA CAG GGC GAT GTG GGC TTT GCC ACT CTT GCA GTC GAT ATG GGG ATC ACC ATC GGC AAG GTG ATC GCA TTT ATC GCC ATT ATG ATG TTG GTA GGT CGC CGT CTG GTG CCG TGG ATT ATG GCA CGC AGC GCA GCA ACC GGT TCC CGC GAG CTG TTT ACC CTG TCG GTG CTA GCG CTG GCG TTA GGG ATT GCC TTT GGT GCG GTA GAG CTG TTT GAT GTC TCC TTT GCA CTC GGT GCG TTC TTT GCC GGG ATG GTA CTG AAC GAG TCT GAA CTG AGT CAC CGT GCC GCC CAC GAT ACA CTG CCA TTG CGC GAC GCG TTT GCG GTG CTG TTT TTT GTC TCC GTC GGG ATG TTG TTT GAT CCG TTA ATT CTG ATT CAG CAA CCG CTG GCA GTA CTG GCG ACG CTG GCA ATT ATT CTG TTT GGT AAA TCG GTC GCG GCC CTG TTC CTT GTG CGT TTG TTT GGT CAC TCC CAG CGC ACG GCG TTA ACC ATC GCC GCC AGC CTG GCG CAG ATT GGT GAG TTC GCG TTT ATC CTG GCG GGA CTA GGA ATG GCA TTG AAT TTA CTG CCG CAG GCC GGA CAA AAC CTG GTA CTG GCA GGG GCG ATC CTG TCG ATT ATG CTC AAC CCG GTA CTG TTC GCA CTA CTG GAA AAA TAT CTG GCG AAG ACC GAA ACG CTG GAA GAG CAG ACG CTG GAA GAG GCA ATC GAA GAA GAG AAG CAG ATC CCA GTG GAT ATT TGC AAC CAT GCG CTA CTG GTG GGT TAC GGT CGT GTA GGC AGC CTG CTG GGG GAG AAA TTG CTC GCC TCT GAT ATT CCG CTG GTG GTG ATT GAG ACG TCA CGA ACT CGT GTT GAT GAG CTG CGC GAG CGC GGG GTC CGC GCA GTA TTG GGC AAT GCG GCG AAC GAA GAA ATT ATG CAA CTG GCG CAT CTG GAA TGT GCA AAA TGG CTG ATC CTG ACG ATT CCC AAC GGC TAT GAA GCG GGC GAG ATT GTG GCA TCT GCC CGC GCG AAA AAT CCG GAT ATT GAG ATT ATT GCC CGC GCC CAT TAT GAC GAT GAA GTG GCG TAT ATC ACC GAA CGT GGT GCG AAT CAG GTA GTG ATG GGT GAG CGT GAA ATT GCC CGT ACT ATG CTG GAA CTG CTG GAA ACG CCA CCG GCG GGT GAG GTG GTG ACG AGG 
O157                                 ATG CAT CAC GCC ACC CCG CTT ATC ACC ACC ATT GTT GGC GGC CTT GTG CTC GCC TTT ATC CTC GGC ATG CTG GCC AAT AAA CTA CGT ATT TCT CCT CTG GTG GGA TAT CTG TTA GCG GGT GTG CTG GCA GGA CCA TTC ACT CCG GGC TTT GTT GCC GAT ACC AAG CTT GCG CCG GAA CTG GCT GAA CTG GGC GTC ATT CTG TTG ATG TTT GGC GTG GGT CTG CAC TTT TCG CTC AAG GAT TTG ATG GCG GTA AAG GCC ATC GCC ATT CCC GGT GCG ATC GCC CAG ATA GCC GTG GCG ACG CTG CTG GGT ATG GCG CTC TCT GCC GTG CTG GGC TGG TCG TTA ATG ACC GGT ATC GTG TTC GGT TTA TGT CTT TCC ACC GCC AGT ACC GTG GTG TTA CTG CGC GCA CTT GAA GAA CGG CAA TTA ATT GAC AGT CAG CGT GGG CAA ATC GCC ATC GGT TGG TTG ATT GTG GAA GAC CTG GTA ATG GTT CTG ACG CTG GTG TTG CTG CCC GCA GTG GCA GGA ATG ATG GAA CAG GGC GAT GTG GGC TTT GCC ACT CTT GCA GTC GAT ATG GGG ATC ACC ATC GGC AAA GTG ATC GCG TTT ATC GCC ATT ATG ATG CTG GTA GGT CGC CGT CTG GTG CCG TGG ATT ATG GCA CGC AGC GCG GCA ACC GGT TCT CGC GAG CTG TTT ACC CTG TCG GTG CTG GCG CTG GCG TTA GGG ATT GCC TTT GGT GCG GTA GAG CTG TTT GAT GTC TCC TTT GCA CTC GGT GCG TTC TTT GCC GGG ATG GTA CTG AAC GAG TCT GAA CTG AGT CAC CGT GCC GCC CAC GAT ACG CTG CCA TTG CGC GAC GCG TTT GCG GTG CTG TTT TTT GTC TCC GTC GGG ATG TTG TTT GAT CCG TTA ATT CTG ATT CAG CAA CCG CTG GCA GTG CTG GCG ACG CTG GCG ATT ATT CTG TTT GGT AAG TCG TTA GCC GCG TTT TTC CTG GTG CGA CTG TTT GGT CAC TCC CAA CGT ACG GCA TTA ACT ATC GCC GCC AGC CTG GCG CAG ATT GGT GAG TTC GCG TTT ATC CTG GCG GGA CTG GGA ATG GCA TTG AAT TTA CTG CCG CAG GCC GGA CAA AAC CTG GTA CTG GCA GGG GCG ATC CTG TCG ATT ATG CTC AAC CCA GTA CTG TTC GCA CTA CTG GAG AAA TAT CTG GCG AAG ACC GAA ACG CTG GAA GAG CAG ACG CTG GAA GAG GCA ATC GAA GAA GAG AAG CAG ATC CCA GTG GAT ATT TGC AAC CAT GCG CTA TTG GTG GGT TAC GGT CGT GTA GGC AGC CTG CTG GGG GAG AAA TTG CTC GCC TCT GAT ATT CCG CTG GTG GTG ATT GAG ACG TCA CGA ACC CGT GTT GAT GAG CTG CGA GAG CGC GGG GTC CGC GCA GTA TTG GGC AAT GCG GCG AAC GAA GAA ATT ATG CAA CTG GCG CAT CTG GAA TGT GCA AAA TGG CTG ATC CTG ACG ATC CCC AAC GGT TAT GAA GCG GGT GAG ATT GTG GCA TCT GCC CGC GCG AAA AAT CCG GAT ATT GAG ATT ATT GCC CGC GCC CAT TAT GAC GAT GAA GTG GCG TAT ATC ACC GAA CGT GGT GCG AAT CAA GTA GTG ATG GGC GAG CGT GAA ATT GCC CGT ACT ATG CTG GAA CTG CTG GAA ACG CCA CCG GCG GGT GAA GTG GTG ACG GGG 
EDL933                               ATG CAT CAC GCC ACC CCG CTT ATC ACC ACC ATT GTT GGC GGC CTT GTG CTC GCC TTT ATC CTC GGC ATG CTG GCC AAT AAA CTA CGT ATT TCT CCT CTG GTG GGA TAT CTG TTA GCG GGT GTG CTG GCA GGA CCA TTC ACT CCG GGC TTT GTT GCC GAT ACC AAG CTT GCG CCG GAA CTG GCT GAA CTG GGC GTC ATT CTG TTG ATG TTT GGC GTG GGT CTG CAC TTT TCG CTC AAG GAT TTG ATG GCG GTA AAG GCC ATC GCC ATT CCC GGT GCG ATC GCC CAG ATA GCC GTG GCG ACG CTG CTG GGT ATG GCG CTC TCT GCC GTG CTG GGC TGG TCG TTA ATG ACC GGT ATC GTG TTC GGT TTA TGT CTT TCC ACC GCC AGT ACC GTG GTG TTA CTG CGC GCA CTT GAA GAA CGG CAA TTA ATT GAC AGT CAG CGT GGG CAA ATC GCC ATC GGT TGG TTG ATT GTG GAA GAC CTG GTA ATG GTT CTG ACG CTG GTG TTG CTG CCC GCA GTG GCA GGA ATG ATG GAA CAG GGC GAT GTG GGC TTT GCC ACT CTT GCA GTC GAT ATG GGG ATC ACC ATC GGC AAA GTG ATC GCG TTT ATC GCC ATT ATG ATG CTG GTA GGT CGC CGT CTG GTG CCG TGG ATT ATG GCA CGC AGC GCG GCA ACC GGT TCT CGC GAG CTG TTT ACC CTG TCG GTG CTG GCG CTG GCG TTA GGG ATT GCC TTT GGT GCG GTA GAG CTG TTT GAT GTC TCC TTT GCA CTC GGT GCG TTC TTT GCC GGG ATG GTA CTG AAC GAG TCT GAA CTG AGT CAC CGT GCC GCC CAC GAT ACG CTG CCA TTG CGC GAC GCG TTT GCG GTG CTG TTT TTT GTC TCC GTC GGG ATG TTG TTT GAT CCG TTA ATT CTG ATT CAG CAA CCG CTG GCA GTG CTG GCG ACG CTG GCG ATT ATT CTG TTT GGT AAG TCG TTA GCC GCG TTT TTC CTG GTG CGA CTG TTT GGT CAC TCC CAA CGT ACG GCA TTA ACT ATC GCC GCC AGC CTG GCG CAG ATT GGT GAG TTC GCG TTT ATC CTG GCG GGA CTG GGA ATG GCA TTG AAT TTA CTG CCG CAG GCC GGA CAA AAC CTG GTA CTG GCA GGG GCG ATC CTG TCG ATT ATG CTC AAC CCA GTA CTG TTC GCA CTA CTG GAG AAA TAT CTG GCG AAG ACC GAA ACG CTG GAA GAG CAG ACG CTG GAA GAG GCA ATC GAA GAA GAG AAG CAG ATC CCA GTG GAT ATT TGC AAC CAT GCG CTA TTG GTG GGT TAC GGT CGT GTA GGC AGC CTG CTG GGG GAG AAA TTG CTC GCC TCT GAT ATT CCG CTG GTG GTG ATT GAG ACG TCA CGA ACC CGT GTT GAT GAG CTG CGA GAG CGC GGG GTC CGC GCA GTA TTG GGC AAT GCG GCG AAC GAA GAA ATT ATG CAA CTG GCG CAT CTG GAA TGT GCA AAA TGG CTG ATC CTG ACG ATC CCC AAC GGT TAT GAA GCG GGT GAG ATT GTG GCA TCT GCC CGC GCG AAA AAT CCG GAT ATT GAG ATT ATT GCC CGC GCC CAT TAT GAC GAT GAA GTG GCG TAT ATC ACC GAA CGT GGT GCG AAT CAA GTA GTG ATG GGC GAG CGT GAA ATT GCC CGT ACT ATG CTG GAA CTG CTG GAA ACG CCA CCG GCG GGT GAA GTG GTG ACG GGG 


CODONML (in paml 3.14, January 2004)    H:\users\mt269\runpaml\NEWdna80\b0478.phy   Model: One dN/dS ratio 
Codon frequencies: F3x4
Site-class models:  PositiveSelection

ns = 6  	ls = 558
# site patterns = 121
   20    4    4   24   12   10    6   18   20    3   12   23    6   17   47
    4    5    3    9    4    1    6    5    9   23   15   13    4    6    2
   12    4    1   21    1    1    1    1    1    1    1    1    4    1    8
    9    1    3    2    8    1   10    1    4    2    3    3    8    1    5
    1    4    8    1    1    3    3    2    5    1    1    2    3    1    1
   13    1    1    6    2    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1
    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1
    1    2    1    2    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1    1
    1

1       
K12                   ATG CAT CAC GCC ACC CCG CTT ATC ATT GTT GGC GTG CTC TTT CTG AAT AAA CTA CGT TCT CCT GGA TAT TTA GCG GGT GCA CCA TTC ACT GAT AAG GCC GAA GCT GTC CTG TTG TTT GTC TTG CAC TCG CTG TTG GTA GCC CCC GGT CAG ATA ACG TCT TGG TGT TCC AGT CGC CGG CAA ATT GAC GGG GTA GTT GTG CTG GCA GTC AAA GCA CTG AGC GCG TCT GAG TCG GTT AAC CTG ACG TCC GCG AAG TTA GCC GCA TTT CTG GTG CGA CAA CGT ACC CCG GAG AAG TGC CTG TAC TCA CGA ACC CGA CGC GCA GCG ATT GGT GCA AAT ATT GCG GGT CAG GGC GAG ATC ACC GAG GGG 
S2457T                ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ..T T.. C.. ..C ... ... ..T ... ..C ... ... T.. ... ..C ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ..A ... ... ..G ... ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... ..A A.. ... T.. ... ..A ..A ..A G.C ..G ..C C.G ..T ..C ..T ... ... ... ... ... ..A ... T.. ... ... ... ... ... ..T ..T ..A ..C ... ..G ..C ..C A.. ..C ... ..T ..A ..T ..T ..A ... 
Shig4337              ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ..T T.. C.. ..C ... ... ..T ... ..C ... ... T.. ... ..C ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ..A ... ... ..G ... ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... ..A A.. ... T.. ... ..A ..A ..A G.C ..G ..C C.G ..T ..C ..T ... ... ... ... ... ..A ... T.. ... ... ... ... ... ..T ..T ..A ..C ... ..G ..C ..C A.. ..C ... ..T ..A ..T ..T ..A ... 
CFT073                ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ..T T.. C.. ..C ... ... ..T ... ..C ... ... T.. ... ..C ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ..C ..A ..A ..G ... ..G ... T.. ... ..A ..C ... ... A.. ... ... ..A ... ..A ..A G.C ..G ..C C.G ..T ... ..T ..G ..C ... ... ..A ... ... ... ... ... ... ..T ..C ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ..T ... ..T ..T ... A.. 
O157                  ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... ..G C.. ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... A.. ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... ..T ..A ... ... ... T.. ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ..A ... ... ..T ..T ..A ... 
EDL933                ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... ..G C.. ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... A.. ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... ..T ..A ... ... ... T.. ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ..A ... ... ..T ..T ..A ... 

Codon usage in sequences
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Phe TTT 19 17 17 17 19 19 | Ser TCT  6  5  5  4  6  6 | Tyr TAT  5  5  5  5  5  5 | Cys TGT  2  2  2  2  2  2
    TTC  6  7  7  7  6  6 |     TCC  4  5  5  7  4  4 |     TAC  1  1  1  1  1  1 |     TGC  1  1  1  1  1  1
Leu TTA 10  9  9  9 10 10 |     TCA  1  3  3  1  1  1 | *** TAA  0  0  0  0  0  0 | *** TGA  0  0  0  0  0  0
    TTG 10 13 13 12 10 10 |     TCG  5  4  4  5  5  5 |     TAG  0  0  0  0  0  0 | Trp TGG  4  4  4  4  4  4
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Leu CTT  6  7  7  7  6  6 | Pro CCT  1  1  1  1  1  1 | His CAT  4  5  5  5  4  4 | Arg CGT 10 12 12 10 10 10
    CTC  6  7  7  7  7  7 |     CCC  3  3  3  3  3  3 |     CAC  5  4  4  4  5  5 |     CGC  9  8  8 11  9  9
    CTA  3  3  3  6  3  3 |     CCA  4  4  4  4  5  5 | Gln CAA  6  6  6  5  7  7 |     CGA  3  2  2  1  3  3
    CTG 58 54 54 52 57 57 |     CCG 11 11 11 11 10 10 |     CAG  9  9  9 10  8  8 |     CGG  1  1  1  1  1  1
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Ile ATT 23 22 22 25 24 24 | Thr ACT  2  3  3  4  4  4 | Asn AAT  5  4  4  5  5  5 | Ser AGT  3  3  3  3  3  3
    ATC 19 20 20 18 19 19 |     ACC 15 14 14 13 13 13 |     AAC  6  7  7  6  6  6 |     AGC  3  3  3  3  3  3
    ATA  1  2  2  1  1  1 |     ACA  0  0  0  1  0  0 | Lys AAA  6  7  7  6  6  6 | Arg AGA  0  0  0  0  0  0
Met ATG 20 20 20 20 20 20 |     ACG 11 12 12 10 11 11 |     AAG  6  5  5  6  6  6 |     AGG  0  0  0  1  0  0
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Val GTT  5  5  5  4  4  4 | Ala GCT  1  2  2  1  1  1 | Asp GAT 12 12 12 12 12 12 | Gly GGT 20 18 18 17 20 20
    GTC  7  8  8  8  6  6 |     GCC 27 25 25 25 26 26 |     GAC  4  4  4  4  4  4 |     GGC 13 15 15 16 13 13
    GTA 10  9  9 12 10 10 |     GCA 19 19 19 18 17 17 | Glu GAA 21 23 23 22 22 22 |     GGA  6  6  6  6  6  6
    GTG 27 27 27 25 28 28 |     GCG 28 27 27 30 31 31 |     GAG 16 14 14 15 15 15 |     GGG  9  9  9  8  9  9
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Codon position x base (3x4) table for each sequence.

#1: K12            
position  1:    T:0.13262    C:0.24910    A:0.21505    G:0.40323
position  2:    T:0.41219    C:0.24731    A:0.18996    G:0.15054
position  3:    T:0.22222    C:0.23118    A:0.16129    G:0.38530

#2: S2457T         
position  1:    T:0.13620    C:0.24552    A:0.21864    G:0.39964
position  2:    T:0.41219    C:0.24731    A:0.18996    G:0.15054
position  3:    T:0.22043    C:0.23656    A:0.16667    G:0.37634

#3: Shig4337       
position  1:    T:0.13620    C:0.24552    A:0.21864    G:0.39964
position  2:    T:0.41219    C:0.24731    A:0.18996    G:0.15054
position  3:    T:0.22043    C:0.23656    A:0.16667    G:0.37634

#4: CFT073         
position  1:    T:0.13441    C:0.24731    A:0.21864    G:0.39964
position  2:    T:0.41219    C:0.24731    A:0.18996    G:0.15054
position  3:    T:0.21864    C:0.24014    A:0.16487    G:0.37634

#5: O157           
position  1:    T:0.13262    C:0.24910    A:0.21685    G:0.40143
position  2:    T:0.41219    C:0.24731    A:0.18996    G:0.15054
position  3:    T:0.22581    C:0.22581    A:0.16308    G:0.38530

#6: EDL933         
position  1:    T:0.13262    C:0.24910    A:0.21685    G:0.40143
position  2:    T:0.41219    C:0.24731    A:0.18996    G:0.15054
position  3:    T:0.22581    C:0.22581    A:0.16308    G:0.38530

Sums of codon usage counts
------------------------------------------------------------------------------
Phe F TTT     108 | Ser S TCT      32 | Tyr Y TAT      30 | Cys C TGT      12
      TTC      39 |       TCC      29 |       TAC       6 |       TGC       6
Leu L TTA      57 |       TCA      10 | *** * TAA       0 | *** * TGA       0
      TTG      68 |       TCG      28 |       TAG       0 | Trp W TGG      24
------------------------------------------------------------------------------
Leu L CTT      39 | Pro P CCT       6 | His H CAT      27 | Arg R CGT      64
      CTC      41 |       CCC      18 |       CAC      27 |       CGC      54
      CTA      21 |       CCA      26 | Gln Q CAA      37 |       CGA      14
      CTG     332 |       CCG      64 |       CAG      53 |       CGG       6
------------------------------------------------------------------------------
Ile I ATT     140 | Thr T ACT      20 | Asn N AAT      28 | Ser S AGT      18
      ATC     115 |       ACC      82 |       AAC      38 |       AGC      18
      ATA       8 |       ACA       1 | Lys K AAA      38 | Arg R AGA       0
Met M ATG     120 |       ACG      67 |       AAG      34 |       AGG       1
------------------------------------------------------------------------------
Val V GTT      27 | Ala A GCT       8 | Asp D GAT      72 | Gly G GGT     113
      GTC      43 |       GCC     154 |       GAC      24 |       GGC      85
      GTA      60 |       GCA     109 | Glu E GAA     133 |       GGA      36
      GTG     162 |       GCG     174 |       GAG      89 |       GGG      53
------------------------------------------------------------------------------


Codon position x base (3x4) table, overall

position  1:    T:0.13411    C:0.24761    A:0.21744    G:0.40084
position  2:    T:0.41219    C:0.24731    A:0.18996    G:0.15054
position  3:    T:0.22222    C:0.23268    A:0.16428    G:0.38082

Codon frequencies under model, for use in evolver:
  0.01249909  0.01308709  0.00923992  0.02141981
  0.00749945  0.00785225  0.00554395  0.01285189
  0.00576045  0.00603144  0.00000000  0.00000000
  0.00456489  0.00477963  0.00000000  0.00782289
  0.02307739  0.02416302  0.01705990  0.03954794
  0.01384643  0.01449781  0.01023594  0.02372877
  0.01063567  0.01113600  0.00786239  0.01822644
  0.00842826  0.00882475  0.00623057  0.01444360
  0.02026579  0.02121915  0.01498143  0.03472968
  0.01215947  0.01273149  0.00898886  0.02083781
  0.00933988  0.00977926  0.00690448  0.01600585
  0.00740142  0.00774960  0.00547148  0.01268388
  0.03735809  0.03911552  0.02761686  0.06402091
  0.02241485  0.02346931  0.01657012  0.03841255
  0.01721721  0.01802715  0.01272777  0.02950529
  0.01364382  0.01428567  0.01008616  0.02338155



Nei & Gojobori 1986. dN/dS (dN, dS)
(Note: This matrix is not used in later m.l. analysis.
Use runmode = -2 for ML pairwise comparison.)

K12                 
S2457T               0.0462 (0.0045 0.0978)
Shig4337             0.0462 (0.0045 0.0978)-1.0000 (0.0000 0.0000)
CFT073               0.0439 (0.0045 0.1029) 0.0174 (0.0016 0.0943) 0.0174 (0.0016 0.0943)
O157                 0.0260 (0.0008 0.0316) 0.0387 (0.0037 0.0954) 0.0387 (0.0037 0.0954) 0.0319 (0.0037 0.1158)
EDL933               0.0260 (0.0008 0.0316) 0.0387 (0.0037 0.0954) 0.0387 (0.0037 0.0954) 0.0319 (0.0037 0.1158)-1.0000 (0.0000 0.0000)


TREE #  1:  ((1, (2, 3)), (4, (5, 6)));   MP score: 96
This is a rooted tree.  Please check!
lnL(ntime: 10  np: 15):  -2673.658631     +0.000000
   7..8     8..1     8..9     9..2     9..3     7..10   10..4    10..11   11..5    11..6  
  0.00000  0.01910  0.10353  0.00000  0.00000  0.00000  0.11989  0.01962  0.00000  0.00000  5.65883  0.99452  0.00000  0.01534 44.42855
Note: Branch length is defined as number of nucleotide substitutions per codon (not per neucleotide site).

tree length =   0.26216

((1: 0.019101, (2: 0.000004, 3: 0.000004): 0.103535): 0.000000, (4: 0.119891, (5: 0.000004, 6: 0.000004): 0.019620): 0.000000);

((K12: 0.019101, (S2457T: 0.000004, Shig4337: 0.000004): 0.103535): 0.000000, (CFT073: 0.119891, (O157: 0.000004, EDL933: 0.000004): 0.019620): 0.000000);

Detailed output identifying parameters

kappa (ts/tv) =  5.65883


dN/dS for site classes (K=3)

p:   0.99452  0.00000  0.00548
w:   0.01534  1.00000 44.42855

dN & dS for each branch

 branch           t        S        N    dN/dS       dN       dS   S*dS   N*dN

   7..8       0.000    545.4   1128.6   0.2588   0.0000   0.0000    0.0    0.0
   8..1       0.019    545.4   1128.6   0.2588   0.0033   0.0127    6.9    3.7
   8..9       0.104    545.4   1128.6   0.2588   0.0179   0.0690   37.6   20.1
   9..2       0.000    545.4   1128.6   0.2588   0.0000   0.0000    0.0    0.0
   9..3       0.000    545.4   1128.6   0.2588   0.0000   0.0000    0.0    0.0
   7..10      0.000    545.4   1128.6   0.2588   0.0000   0.0000    0.0    0.0
  10..4       0.120    545.4   1128.6   0.2588   0.0207   0.0799   43.6   23.3
  10..11      0.020    545.4   1128.6   0.2588   0.0034   0.0131    7.1    3.8
  11..5       0.000    545.4   1128.6   0.2588   0.0000   0.0000    0.0    0.0
  11..6       0.000    545.4   1128.6   0.2588   0.0000   0.0000    0.0    0.0


Positively selected sites (*: P>95%; **: P>99%)

            Pr(w>1)     post mean +- SE for w

    86 A      0.995**       44.228
   318 L      1.000**       44.428
   321 F      0.998**       44.361


Bayes Empirical Bayes (BEB) analysis
Positively selected sites (*: P>95%; **: P>99%)

            Pr(w>1)     post mean +- SE for w

    86 A      0.793         3.372 +- 2.678
   318 L      0.878         3.592 +- 2.652
   321 F      0.787         3.359 +- 2.681



The grid (see ternary graph for p0-p1)

w0:   0.050  0.150  0.250  0.350  0.450  0.550  0.650  0.750  0.850  0.950
w2:   1.500  2.500  3.500  4.500  5.500  6.500  7.500  8.500  9.500 10.500


Posterior on the grid

w0:   1.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000  0.000
w2:   0.355  0.198  0.120  0.080  0.059  0.047  0.040  0.036  0.033  0.032

Posterior for p0-p1 (see the ternary graph)

 0.000
 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000

sum of density on p0-p1 =   1.000000
