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# Author: Hans van Leeuwen
#         Department of Plant Sciences
#         University of California, Davis
#         Mail Stop 3
#         One Shields Ave
#         Davis, CA  95616         
#         Email: hvanleeuwen@ucdavis.edu
#         Web: http://elp.ucdavis.edu/data/analysis/sfp_map/SFPscan.html
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# Date:   JUNE 2005
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######################### IMPORTANT ######################################
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########### THE LINES MARKED WITH 'CHANGE' MUST  #########################
########### BE MODIFIED USING YOUR PATH          #########################
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######################### IMPORTANT ######################################
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######################### IMPORTANT ######################################
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########### THIS SCRIPT CAN TAKE A WHILE TO RUN  #########################
########### IF YOU HAVE MORE THAN 100 FILES      #########################
########### IT CAN TAKE MORE THAN AN HOUR!!      #########################
########### DEPENDING ON YOUR SYSTEM             #########################
##########################################################################
######################### IMPORTANT ######################################
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# Set work directory to the directory where your .CEL files are located
setwd("C:/rw1081/hans_temp") ######### CHANGE ########






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# Read in file with chip ID's for which the CEL files will be read later
# This file should have format:
# R5.CEL
# R85.CEL
# R221.CEL
# R277.CEL
# R30.CEL
# R82.CEL
# R270.CEL
#
# etc...
#
##### This file should have the filename 'chips.txt' #####################
chips <- read.table("chips.txt")





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# Load affy package
library(affy)






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# Open cel files one by one
for (i in 1:length(chips$V1)){
  # Set work directory to the directory where your .CEL files are located
  setwd("C:/rw1081/hans_temp") ######### CHANGE ########
  data <- ReadAffy(filenames = as.character(chips$V1[i]))
  data.bg <- bg.correct.rma(data)
  data.bg.matrix <- pm(data.bg)
  # Set work directory to the directory where the background corrected files
  # will be saved. This can not be the same work directory that contains the original .CEL files!!
  setwd("C:/rw1081/hans_temp/bg_files") ######### CHANGE ########
  write.table(data.bg.matrix, file = as.character(chips$V1[i]), append = FALSE, quote = TRUE, sep = ",", eol = "\n", na = "NA", dec = ".", row.names = TRUE, col.names = TRUE, qmethod = c("escape", "double"))
} # end for