# Supplementary Table 1. Multiple alignment of HLA Class II haplotypes. # # ASCII text file. Only the comment lines in this header start with #. # Alignment is presented in blocks of 50 nucleotides. For each block, # 24 haplotypes are listed, always in the same order (21 human haplotypes # labeled ref ... 14663_2, one chimpanzee, and two gorilla haplotypes). # The ref coordinate for the first nucleotide and the last nucleotide # in each line is given. A ^ symbol signifies missing data; since there # is no missing data internal to the sequences, strings of ^ symbols are # found only at the beginning and end of a particular haplotype sequence. # ONLY POSITIONS IN THE SEQUENCE IN WHICH ALL HAPLOTYPES FOR WHICH DATA # ARE AVAILABLE ARE SHOWN (i.e., if there is an insertion in any haplotype # relative to any of the other haplotypes, this sequence is removed from # the multi-alignment. ref 30001 TGCAAAACAACCAGCTAGCATCATGATGACAGGATCAAATTCACACATAA 30050 00576_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 00576_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01018_1 TGCAAAACAACCAGCTAGCATCATGATGACAGGATCAAATTCACACATAA 01018_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_2 TGCAAAACAACCAGCCAGCATCATGATGACAGGATCAAATTCACACATAA 04535_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 04535_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10540_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10540_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10923_1 TGCAAAACAACCAGCTAGCATCATGATGACAGGATCAAATTCACACATAA 10923_2 TGCAAAACAACCAGCTAGCATCATGATGACAGGATCAAATTCACACATAA 14660_1 TGCAAAACAACCAGCTAGCATCATGATGACAGGATCAAATTCACACATAA 14660_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14661_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14661_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14663_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14663_2 TGCAAAACAACCAGCTAGCATCATGATGACAGGATCAAATTCACACATAA chimpanzee ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ gorilla_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ gorilla_2 TGCAAAACAACCAGCTAGCATCATGATGACAGGATCAAATTCACACATAA * ref 30051 CAATATTAACCTTAAATATAAATAGGCTAAATGCCCCAATTAAAAGACAC 30100 00576_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 00576_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01018_1 CAATATTAACCTTAAATATAAATAGGCTAAATGCCCCAATTAAAAGACAC 01018_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_2 GAATATTAACCTTAAATATAAATAGGCTAAATGCCCCAATTAAAAGGCAC 04535_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 04535_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10540_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10540_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10923_1 CAATATTAACCTTAAATATAAATAGGCTAAATGCCCCAATTAAAAGACAC 10923_2 CAATATTAACCTTAAATATAAATAGGCTAAATGCCCCAATTAAAAGACAC 14660_1 CAATATTAACCTTAAATATAAATAGGCTAAATGCCCCAATTAAAAGACAC 14660_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14661_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14661_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14663_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14663_2 CAATATTAACCTTAAATATAAATAGGCTAAATGCCCCAATTAAAAGACAC chimpanzee ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ gorilla_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ gorilla_2 CAATATTAACCTTAAATATAAATAGGCTAAATGCCCCAATTAAAAGACAC * * ref 30101 AGAATGACAAGCTGGATAAAGAGTCAAGACTCATCAGTGTGTTGTATGCA 30150 00576_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 00576_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01018_1 AGAATGACAAGCTGGATAAAGAGTCAAGACTCATCAGTGTGTTGTATGCA 01018_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_2 ACAATGACAAGCTGGATAAAGAGTCAAGACTCATCAGTGTGTTGTATGCA 04535_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 04535_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10540_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10540_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10923_1 AGAATGACAAGCTGGATAAAGAGTCAAGACTCATCAGTGTGTTGTATGCA 10923_2 AGAATGACAAGCTGGATAAAGAGTCAAGACTCATCAGTGTGTTGTATGCA 14660_1 AGAATGACAAGCTGGATAAAGAGTCAAGACTCATCAGTGTGTTGTATGCA 14660_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14661_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14661_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14663_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14663_2 AGAATGACAAGCTGGATAAAGAGTCAAGACTCATCAGTGTGTTGTATGCA chimpanzee ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ gorilla_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ gorilla_2 AGAATGACAAGCTGGATAAAGAGTCAAGACTCATCAGTGTGTTGTATGCA * ref 30151 AGAGACCCATCTCATGTGCGAAGACACGCATACATTCAAAATAAAGGAAT 30200 00576_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 00576_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01018_1 AGAGACCCATCTCATGTGCGAAGACACGCATACATTCAAAATAAAGGAAT 01018_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_2 ACAGATCCATCTCATGTGCGAAGACACACATACACTCAAAATAAAGGAAT 04535_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 04535_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10540_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10540_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10923_1 AGAGACCCATCTCATGTGCGAAGACACGCATACATTCAAAATAAAGGAAT 10923_2 AGAGACCCATCTCATGTGCGAAGACACGCATACATTCAAAATAAAGGAAT 14660_1 AGAGACCCATCTCATGTGCGAAGACACGCATACATTCAAAATAAAGGAAT 14660_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14661_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14661_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14663_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14663_2 AGAGACCCATCTCATGTGCGAAGACACGCATACATTCAAAATAAAGGAAT chimpanzee ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ gorilla_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ gorilla_2 ACAGACCCATCTCATGTGTGAAGACATGCATACATTCAAAATAAAGGAGT * * * ** * * ref 30201 GGAGGAAAATCTACCAAGCAAATGGACAGCAGAAAAAAAAGCAGGGGTTG 30250 00576_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 00576_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01018_1 GGAGGAAAATCTACCAAGCAAATGGACAGCAGAAAAAAAAGCAGGGGTTG 01018_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_2 GGAGGAAAATCTACCAAGCAAATGGAAAACAGAAAAAAAAGCAGGGGTTG 04535_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 04535_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10540_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10540_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10923_1 GGAGGAAAATCTACCAAGCAAATGGACAGCAGAAAAAAAAGCAGGGGTTG 10923_2 GGAGGAAAATCTACCAAGCAAATGGACAGCAGAAAAAAAAGCAGGGGTTG 14660_1 GGAGGAAAATCTACCAAGCAAATGGACAGCAGAAAAAAAAGCAGGGGTTG 14660_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14661_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14661_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14663_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14663_2 GGAGGAAAATCTACCAAGCAAATGGACAGCAGAAAAAAAAGCAGGGGTTG chimpanzee ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ gorilla_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ gorilla_2 GGAGGAAAATCTGCCAAGCAAATGGACAGCAGAAAAAAAAGCAGGGGTTG * * * ref 30251 CAATCCTAGTTACTGACAAAACAGACTTTAAACCAACAAAGATCATAAAA 30300 00576_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 00576_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01018_1 CAATCCTAGTTACTGACAAAACAGACTTTAAACCAACAAAGATCATAAAA 01018_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_2 CAATCCTAGTTTCTGACAAAACAGACTTTAAACCAACAAAGATCAGAAAA 04535_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 04535_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10540_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10540_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10923_1 CAATCCTAGTTACTGACAAAACAGACTTTAAACCAACAAAGATCATAAAA 10923_2 CAATCCTAGTTACTGACAAAACAGACTTTAAACCAACAAAGATCATAAAA 14660_1 CAATCCTAGTTACTGACAAAACAGACTTTAAACCAACAAAGATCATAAAA 14660_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14661_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14661_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14663_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14663_2 CAATCCTAGTTACTGACAAAACAGACTTTAAACCAACAAAGATCATAAAA chimpanzee ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ gorilla_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ gorilla_2 CAATCCTAGTTACTGACAAAACAGACTTTAAACCAACAAAGATCATAAAA * * ref 30301 GACAAAGAAGAGCATTATATAATGGTAAAGGGTTCAATTCAACAAGAAGA 30350 00576_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 00576_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01018_1 GACAAAGAAGAGCATTATATAATGGTAAAGGGTTCAATTCAACAAGAAGA 01018_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_2 GACAAAGAAGAGCATTATATAACAGTAAAGGGTTCAATTCAACGAGAAGA 04535_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 04535_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10540_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10540_2 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chimpanzee ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ gorilla_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ gorilla_2 GCTAACTAACCTAGATATACATCCGCCAACACAAGAGCACCCAGATTCAT * * * * ref 30401 GAAACAAATTCTTAGAGACCTATAGAGACACTCAGATTCTCACACAATAA 30450 00576_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 00576_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01018_1 GAAACAAATTCTTAGAGACCTATAGAGACACTCAGATTCTCACACAATAA 01018_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_2 GAAACAAATTCTTAGAGACCTATAAAGACACTTAGACTCTCACACAATAA 04535_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 04535_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10540_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10540_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10923_1 GAAACAAATTCTTAGAGACCTATAGAGACACTCAGATTCTCACACAATAA 10923_2 GAAACAAATTCTTAGAGACCTATAGAGACACTCAGATTCTCACACAATAA 14660_1 GAAACAAATTCTTAGAGACCTATAGAGACACTCAGATTCTCACACAATAA 14660_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14661_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14661_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14663_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14663_2 GAAACAAATTCTTAGAGACCTATAGAGACACTCAGATTCTCACACAATAA chimpanzee ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ gorilla_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ gorilla_2 GAAACAAATTCTTAGAGACCTATAGAGACACTTAGACTCTCACACAATAA * * * ref 30451 TAGTGGGAGACTTTAACACCCCACTATCAATATTAGACAGATCATTGAGA 30500 00576_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 00576_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01018_1 TAGTGGGAGACTTTAACACCCCACTATCAATATTAGACAGATCATTGAGA 01018_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_1 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gorilla_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ gorilla_2 TAGTGGGAGACTTTAACACCCCACTATCAATATTAGACAGATCGTTGAGA * * * * ref 30501 CAGGAAATTAACAAAGATATTCATGACTTGAACTCAGCACTGGATCAAGT 30803 00576_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 00576_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01018_1 CAGGAAATTAACAAAGATATTCATGACTTGAACTCAGCACTGGATCAAGT 01018_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_2 CAGGAAATTAACAAAGATATTCATGACTTGAACTCACCACTGGATCAAGT 04535_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 04535_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10540_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10540_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10923_1 CAGGAAATTAACAAAGATATTCATGACTTGAACTCAGCACTGGATCAAGT 10923_2 CAGGAAATTAACAAAGATATTCATGACTTGAACTCAGCACTGGATCAAGT 14660_1 CAGGAAATTAACAAAGATATTCATGACTTGAACTCAGCACTGGATCAAGT 14660_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14661_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14661_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14663_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14663_2 CAGGAAATTAACAAAGATATTCATGACTTGAACTCAGCACTGGATCAAGT chimpanzee ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ gorilla_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ gorilla_2 CAGGAAATTAACAAAGATACTCATGACTTGAACTCAGCACTGGATCAAGT * * ref 30804 GGACCTGAGAGATATCTACAGAACTCTCCGCCCAAAAAAACGGAATATAC 30853 00576_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 00576_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01018_1 GGACCTGAGAGATATCTACAGAACTCTCCGCCCAAAAAAACGGAATATAC 01018_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_2 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gorilla_2 GGACCTGATAGATATCTACAGAACTCTCCACCCAAAAAAACGGAATATAC * * * ** * ref 30854 ATTCTTCTTGGTGCCACATGGCACTTATTCTAAAATTGTTCACATATTTG 30903 00576_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 00576_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01018_1 ATTCTTCTTGGTGCCACATGGCACTTATTCTAAAATTGATCACATATTTG 01018_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_2 ATTCTTCTTGGTGCCACATGGCACTTATTCTAAAATTGATCACATATTTG 04535_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 04535_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10540_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10540_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10923_1 ATTCTTCTTGGTGCCACATGGCACTTATTCTAAAATTGTTCACATATTTG 10923_2 ATTCTTCTTGGTGCCACATGGCACTTATTCTAAAATTGATCACATATTTG 14660_1 ATTCTTCTTGGTGCCACATGGCACTTATTCTAAAATTGATCACATATTTG 14660_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14661_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14661_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14663_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 14663_2 ATTCTTCTTGGTGCCACATGGCACTTATTCTAAAATTGATCACATATTTG chimpanzee ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ gorilla_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ gorilla_2 ATTCTTCTTGGTGCCACATGGCACTTATTCTAAAATTGATCACATATTTG * ref 30904 GAAGTAAAACACTCCTCAGCAAATGCAAAAGAACCGAAATCATAACAGTC 30957 00576_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 00576_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01018_1 GAAGTAAAACACTCCTCAGCAAATGCAAAAGAACCGAAATCATAACAGTC 01018_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_1 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GAAGTAAAACACTCCTCAGCAAATGCAAAAGAACCGAAATCATAACAGTC * * ref 30958 TCTCAAACCATAGTGAAATCAAATTAGAACTCAGGATTAAGAAATTCATT 31007 00576_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 00576_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01018_1 TCTCAAACCATAGTGAAATCAAATTAGAACTCAGGATTAAGAAATTCATT 01018_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 01960_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 03715_2 TCTCAGACCAAAGTGAAATCAAATTAGAATTCAGGATTAAGAAACTCACT 04535_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 04535_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10540_1 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10540_2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 10923_1 TCTCAAACCATAGTGAAATCAAATTAGAACTCAGGATTAAGAAATTCATT 10923_2 TCTCAAACCATAGTGAAATCAAATTAGAACTCAGGATTAAGAAATTCATT 14660_1 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